Tato bakalářská práce se soustředí na hledání polymorfních mikrosatelitních lokusů u čápa simbila (Ciconia abdimii) pomocí cross-species PCR amplifikace. Teoretická část této práce se zaobírá charakterizací řádu čápi, rozdíly mezi jednotlivými rody čeledě čápovití a také popisem samotného čápa simbila. Další kapitoly jsou zaměřené na charakterizaci mikrosatelitů a na jejich popsané polymorfní lokusy u druhů z řádu trubkonosí, které byly pomocí cross-species PCR amplifikace testovány u čápa simbila. Experimentální část se zabývá hledáním polymorfních lokusů v genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa simbila pomocí metody cross-species PCR amplifikace s použitím 213 párů mikrosatelitních primerů, z nichž 207 bylo navrženo pro zástupce z řádu trubkonosí, 5 párů pro zástupce z řádu dlouhokřídlí a poslední pár pro lesňáčka žlutonohého (Dendroica petechia) z řádu pěvci. Prostřednictvím této metody jsem nalezl 26 polymorfních mikrosatelitních lokusů s 2 až 6 alelami na lokus. U zbylých 187 lokusů byl detekován monomorfní produkt.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis focuses on the search for polymorphic microsatellite loci in Abdim's Stork (Ciconia abdimii) using cross-species PCR amplification. The theoretical part of this thesis deals with the characterization of the order Ciconiiformes, the differences between the genera of the family Ciconiidae and also with description of the Abdim's stork. The next chapters are focused on the characterization of microsatellites and description of their polymorphic loci in species of the order Procellariiformes, which were tested in the Abdim's stork by cross-species PCR amplification. The experimental part deals with the search for polymorphic loci in the genomic DNA of 6 unrelated Abdim's stork individuals by using the cross-species PCR amplification method with 213 pairs of microsatellite primers, 207 pairs of which were designed for species of the order Procellariiformes, 5 for species of the order Charadriiformes and last pair for Mangrove Warbler (Dendroica petechia) from the order Passeriformes. By using this method I found 26 polymorphic microsatellite loci with 2 to 6 alleles per locus. A monomorphic product was detected in the remaining 187 loci.
Tato bakalářská práce se soustředí na hledání polymorfních mikrosatelitních lokusů u čápa simbila (Ciconia abdimii) pomocí cross-species PCR amplifikace. Teoretická část této práce se zaobírá charakterizací řádu čápi, rozdíly mezi jednotlivými rody čeledě čápovití a také popisem samotného čápa simbila. Další kapitoly jsou zaměřené na charakterizaci mikrosatelitů a na jejich popsané polymorfní lokusy u druhů z řádu trubkonosí, které byly pomocí cross-species PCR amplifikace testovány u čápa simbila. Experimentální část se zabývá hledáním polymorfních lokusů v genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa simbila pomocí metody cross-species PCR amplifikace s použitím 213 párů mikrosatelitních primerů, z nichž 207 bylo navrženo pro zástupce z řádu trubkonosí, 5 párů pro zástupce z řádu dlouhokřídlí a poslední pár pro lesňáčka žlutonohého (Dendroica petechia) z řádu pěvci. Prostřednictvím této metody jsem nalezl 26 polymorfních mikrosatelitních lokusů s 2 až 6 alelami na lokus. U zbylých 187 lokusů byl detekován monomorfní produkt.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis focuses on the search for polymorphic microsatellite loci in Abdim's Stork (Ciconia abdimii) using cross-species PCR amplification. The theoretical part of this thesis deals with the characterization of the order Ciconiiformes, the differences between the genera of the family Ciconiidae and also with description of the Abdim's stork. The next chapters are focused on the characterization of microsatellites and description of their polymorphic loci in species of the order Procellariiformes, which were tested in the Abdim's stork by cross-species PCR amplification. The experimental part deals with the search for polymorphic loci in the genomic DNA of 6 unrelated Abdim's stork individuals by using the cross-species PCR amplification method with 213 pairs of microsatellite primers, 207 pairs of which were designed for species of the order Procellariiformes, 5 for species of the order Charadriiformes and last pair for Mangrove Warbler (Dendroica petechia) from the order Passeriformes. By using this method I found 26 polymorphic microsatellite loci with 2 to 6 alleles per locus. A monomorphic product was detected in the remaining 187 loci.
3. PCR amplifikace DNA čápa simbila s využitím cross-species primerů pro mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu trubkonosí.
Zásady pro vypracování
1. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
2. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce.
3. PCR amplifikace DNA čápa simbila s využitím cross-species primerů pro mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu trubkonosí.
Seznam doporučené literatury
Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569–573.
Dawson, D.A. et al. (2013): High-utility conserved avian microsatellite markers enable parentage and population studies across a wide range of species. BMC Genomics, 14, 176.
Dawson, D.A. et al. (2010): New methods to identify conserved microsatellite loci and develop primer sets of high cross-species utility – as demonstrated for birds. Molecular Ecology Resources, 10, 475–494.
Ahmed, S. et al. (2009): Isolation and characterization of macaroni penguin (Eudyptes chrysolophus) microsatellite loci and their utility in other penguin species (Spheniscidae, AVES). Molecular Ecology Resources, 9, 1530–1535.
Vianna, J.A. et al. (2017): Comparative genome-wide polymorphic microsatellite markers in Antarctic penguins through next generation sequencing. Genetics and Molecular Biology, 840, 676–687.
Seznam doporučené literatury
Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569–573.
Dawson, D.A. et al. (2013): High-utility conserved avian microsatellite markers enable parentage and population studies across a wide range of species. BMC Genomics, 14, 176.
Dawson, D.A. et al. (2010): New methods to identify conserved microsatellite loci and develop primer sets of high cross-species utility – as demonstrated for birds. Molecular Ecology Resources, 10, 475–494.
Ahmed, S. et al. (2009): Isolation and characterization of macaroni penguin (Eudyptes chrysolophus) microsatellite loci and their utility in other penguin species (Spheniscidae, AVES). Molecular Ecology Resources, 9, 1530–1535.
Vianna, J.A. et al. (2017): Comparative genome-wide polymorphic microsatellite markers in Antarctic penguins through next generation sequencing. Genetics and Molecular Biology, 840, 676–687.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce studenta Ondřeje Kopeckého zahájil prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc. et Ph.D. Student seznámil komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucího práce RNDr. Petra Nádvorníka, Ph.D. a oponenta RNDr. Miloslava Kitnera, Ph.D. Student pak reagoval na připomínky a dotazy.
Prezentace studenta obsahovala tato témata:
Čáp simbil - charakteristika, zařazení v systému, výskyt, ekologie
Mikrosatelity - charakteristika
Experimentální provedení práce
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
Ilustrační fotografie studovaného objektu
Vysvětlení termínu nidikolní
Masožravost a mrchožravost čápa simbila
Tri- a hexanukleotidové mikrosatelitové repetice a jejich přednostní výskyt v exonech
Postupy získávání nových mikrosatelitových markerů
Jiné publikované použití testovaných mikrosatelitů než v pracech, které je popisují poprvé
Student na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagovala věcně, pohotově a přiměřeně.