Sinice jsou prastaré prokaryotické organismy vyskytující se po celém světě, kde také zaujímají významnou roli v mnoha oblastech. Tradičně je taxonomie založena na morfologii, ale s příchodem genetických informací se ukázala jako neplatná. Genetická variabilita je mnohem větší než morfologická. Rod Microcoleus je kosmopolitní vláknitá půdní sinice. Taxonomie tohoto rodu je problematická a prochází mnoha změnami. Cílem této práce bylo přinést nové poznatky do taxonomie tohoto rodu s použitím 43 kmenů, které byly získány z pěti kontinentů. Na základě genetické analýzy genu 16S rRNA bylo sestaveno 11 skupin, z nichž 10 je přiřazeno do již existujících druhů a 1 je potencionálně novým druhem.
Anotace v angličtině
Cyanobacteria are ancient prokaryotic organisms found throughout the world, where they also play an important role in many areas. Traditionally, taxonomy is based on morphology, but with the advent of genetic information, this has been shown to be invalid. Genetic variability is much greater than morphological. The genus Microcoleus is a cosmopolitan filamentous soil cyanobacterium. The taxonomy of this genus is problematic and undergoes many changes. The aim of this work was to bring new knowledge to the taxonomy of this genus using 43 strains that were obtained from five continents. Based on the genetic analysis of the 16S rRNA gene, 11 groups were compiled, which of 10 are assigned to existing species and 1 is a potentially new species.
Klíčová slova
Microcoleus, taxonomie, morfologie, fylogeneze
Klíčová slova v angličtině
Microcoleus, taxonomy, morphology, phylogeny
Rozsah průvodní práce
45s. (63 928 znaků)
Jazyk
CZ
Anotace
Sinice jsou prastaré prokaryotické organismy vyskytující se po celém světě, kde také zaujímají významnou roli v mnoha oblastech. Tradičně je taxonomie založena na morfologii, ale s příchodem genetických informací se ukázala jako neplatná. Genetická variabilita je mnohem větší než morfologická. Rod Microcoleus je kosmopolitní vláknitá půdní sinice. Taxonomie tohoto rodu je problematická a prochází mnoha změnami. Cílem této práce bylo přinést nové poznatky do taxonomie tohoto rodu s použitím 43 kmenů, které byly získány z pěti kontinentů. Na základě genetické analýzy genu 16S rRNA bylo sestaveno 11 skupin, z nichž 10 je přiřazeno do již existujících druhů a 1 je potencionálně novým druhem.
Anotace v angličtině
Cyanobacteria are ancient prokaryotic organisms found throughout the world, where they also play an important role in many areas. Traditionally, taxonomy is based on morphology, but with the advent of genetic information, this has been shown to be invalid. Genetic variability is much greater than morphological. The genus Microcoleus is a cosmopolitan filamentous soil cyanobacterium. The taxonomy of this genus is problematic and undergoes many changes. The aim of this work was to bring new knowledge to the taxonomy of this genus using 43 strains that were obtained from five continents. Based on the genetic analysis of the 16S rRNA gene, 11 groups were compiled, which of 10 are assigned to existing species and 1 is a potentially new species.
Klíčová slova
Microcoleus, taxonomie, morfologie, fylogeneze
Klíčová slova v angličtině
Microcoleus, taxonomy, morphology, phylogeny
Zásady pro vypracování
Microcoleus je vláknitá sinice, která se vyskytuje v aridních oblastech celého světa. Morfologická a genomická diverzita v rámci tohoto rodu je velice rozáhlá a jen omezeně prozkoumaná. Poznání také stěžuje fakt, že variabilita genomu převyšuje variabilitu morfologie. Cílem této bakalářské práce bude charakterizovat asi 50 kmenů ze sbírky druhů identikovaných jako Microcoleus. Bude použito světelného mikroskopu k charakterizaci morfologie a sekvenování genu 16S rRNA k rekonstrukci fylogenetických vztahů.
Zásady pro vypracování
Microcoleus je vláknitá sinice, která se vyskytuje v aridních oblastech celého světa. Morfologická a genomická diverzita v rámci tohoto rodu je velice rozáhlá a jen omezeně prozkoumaná. Poznání také stěžuje fakt, že variabilita genomu převyšuje variabilitu morfologie. Cílem této bakalářské práce bude charakterizovat asi 50 kmenů ze sbírky druhů identikovaných jako Microcoleus. Bude použito světelného mikroskopu k charakterizaci morfologie a sekvenování genu 16S rRNA k rekonstrukci fylogenetických vztahů.
Seznam doporučené literatury
Dvořák, P., Hašler, P. & Poulíčková, A. (2012). Phylogeography of the Microcoleus vaginatus (cyanobacteria) from three continents – a spatial and temporal characterization. PLoS ONE 7: e40153. Dvořák, P., Poulíčková, A., Hašler, P., Belli, M., Casamatta, D.A. & Papini, A. (2015). Species concepts and speciation factors in cyanobacteria, with connection to the problems of diversity and classification. Biodiversity and Conservation. 24: 739-757. Dvořák, P., Casamatta, D.A., Hašler, P., Jahodářová, E., Norwich, A.R. & Poulíčková, A. (2017). Diversity of the Cyanobacteria. In Modern Topics in the Phototrophic Prokaryotes. Springer, Cham. pp. 3-46. Whitton, B.A. & Potts, M. (2000). The ecology of cyanobacteria: their diversity in time and space. Springer, Berlin.
Seznam doporučené literatury
Dvořák, P., Hašler, P. & Poulíčková, A. (2012). Phylogeography of the Microcoleus vaginatus (cyanobacteria) from three continents – a spatial and temporal characterization. PLoS ONE 7: e40153. Dvořák, P., Poulíčková, A., Hašler, P., Belli, M., Casamatta, D.A. & Papini, A. (2015). Species concepts and speciation factors in cyanobacteria, with connection to the problems of diversity and classification. Biodiversity and Conservation. 24: 739-757. Dvořák, P., Casamatta, D.A., Hašler, P., Jahodářová, E., Norwich, A.R. & Poulíčková, A. (2017). Diversity of the Cyanobacteria. In Modern Topics in the Phototrophic Prokaryotes. Springer, Cham. pp. 3-46. Whitton, B.A. & Potts, M. (2000). The ecology of cyanobacteria: their diversity in time and space. Springer, Berlin.