Ječmen setý (Hordeum vulgare L.) je jednou z nejvýznamnějších polnohospodářských plodin. Zvyšování produkce takto významných plodin je důležitou úlohou v molekulárním šlechtitelství. Minulá zjištění naznačují, že by gen THOUSAND GRAIN WEIGHT 6 (TGW6) mohl mít přínosný vliv na zlepšení výnosových charakteristik u rýže případně i dalších plodin. Cílem experimentální části této práce bylo amplifikovat DNA fragment obsahující gen TGW6 a cca 3000 nukleotidů nacházejících se před tímto genem, kde by se měl nacházet nativní promotor tohoto genu, a vložit ho do vektoru obsahujícího gen pro GFP protein. Pomocí metody tzv. "seamless" klonování byl nakonec úspěšně připraven gen TGW6 s nativním promotorem fúzovaný s GFP jako reportérovou značkou. Tento konstrukt může být dále použitý pro klonování do vektoru pro transformaci ječmene, pomocí kterého by bylo možné lokalizovat expresi proteinu TGW6 a přispět tak k porozumění jeho úlohy při vývinu zrn ječmene.
Anotace v angličtině
Barley (Hordeum vulgare L.) is one of the most important agricultural crops. Increasing the production of such important crops is an important task in molecular breeding. Past findings suggest that the THOUSAND GRAIN WEIGHT 6 (TGW6) gene could have a beneficial effect on improving the yield characteristics in rice and possibly other crops. The aim of the experimental part of this work was to amplify a DNA fragment containing the TGW6 gene and approximately 3,000 nucleotides upstream of this gene, where the native promoter of this gene should be located, and insert it into the plasmid containing gene encoding GFP protein The TGW6 gene with a native promoter fused to GFP as a reporter tag was prepared using the method called seamless cloning. This construct can be further used for cloning into a barely transformation vector, which can allow us to localize TGW6 protein and contribute to the understanding of the role of the protein during the development of barley grains.
Klíčová slova
Hordeum vulgare L., "seamless" klonování, TGW6 gen
Klíčová slova v angličtině
Hordeum vulgare L., seamless cloning, TGW6 gene
Rozsah průvodní práce
39 s. + 6 s. (81 890 znaků)
Jazyk
CZ
Anotace
Ječmen setý (Hordeum vulgare L.) je jednou z nejvýznamnějších polnohospodářských plodin. Zvyšování produkce takto významných plodin je důležitou úlohou v molekulárním šlechtitelství. Minulá zjištění naznačují, že by gen THOUSAND GRAIN WEIGHT 6 (TGW6) mohl mít přínosný vliv na zlepšení výnosových charakteristik u rýže případně i dalších plodin. Cílem experimentální části této práce bylo amplifikovat DNA fragment obsahující gen TGW6 a cca 3000 nukleotidů nacházejících se před tímto genem, kde by se měl nacházet nativní promotor tohoto genu, a vložit ho do vektoru obsahujícího gen pro GFP protein. Pomocí metody tzv. "seamless" klonování byl nakonec úspěšně připraven gen TGW6 s nativním promotorem fúzovaný s GFP jako reportérovou značkou. Tento konstrukt může být dále použitý pro klonování do vektoru pro transformaci ječmene, pomocí kterého by bylo možné lokalizovat expresi proteinu TGW6 a přispět tak k porozumění jeho úlohy při vývinu zrn ječmene.
Anotace v angličtině
Barley (Hordeum vulgare L.) is one of the most important agricultural crops. Increasing the production of such important crops is an important task in molecular breeding. Past findings suggest that the THOUSAND GRAIN WEIGHT 6 (TGW6) gene could have a beneficial effect on improving the yield characteristics in rice and possibly other crops. The aim of the experimental part of this work was to amplify a DNA fragment containing the TGW6 gene and approximately 3,000 nucleotides upstream of this gene, where the native promoter of this gene should be located, and insert it into the plasmid containing gene encoding GFP protein The TGW6 gene with a native promoter fused to GFP as a reporter tag was prepared using the method called seamless cloning. This construct can be further used for cloning into a barely transformation vector, which can allow us to localize TGW6 protein and contribute to the understanding of the role of the protein during the development of barley grains.
Klíčová slova
Hordeum vulgare L., "seamless" klonování, TGW6 gen
Klíčová slova v angličtině
Hordeum vulgare L., seamless cloning, TGW6 gene
Zásady pro vypracování
Cílem práce je: 1. připravit literární rešerši na téma související s experimentální části. 2. zvládnutí samostatné laboratorní praxe a technik molekulární biologie 3. příprava plasmidového vektoru obsahující gen TGW6 fúzovaný s fluorescenčním proteinem GFP.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce studijního programu Biotechnologie a genové inženýrství PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biotechnologií (http://kbt.upol.cz/)
Práce bude studentem nejdříve vložena v elektronické podobě ve formátu PDF do systému STAG a doplněna povinnými údaji o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení
Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Odevzdání závěrečné práce na sekretariátě Katedry biotechnologií ve dvou svázaných výtiscích obsahujících CD s elektronickou verzí závěrečné práce proběhne v řádném termínu uvedeném v harmonogramu na webové stránce
Katedry biotechnologií.( http://kbt.upol.cz )
Zásady pro vypracování
Cílem práce je: 1. připravit literární rešerši na téma související s experimentální části. 2. zvládnutí samostatné laboratorní praxe a technik molekulární biologie 3. příprava plasmidového vektoru obsahující gen TGW6 fúzovaný s fluorescenčním proteinem GFP.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce studijního programu Biotechnologie a genové inženýrství PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biotechnologií (http://kbt.upol.cz/)
Práce bude studentem nejdříve vložena v elektronické podobě ve formátu PDF do systému STAG a doplněna povinnými údaji o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení
Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Odevzdání závěrečné práce na sekretariátě Katedry biotechnologií ve dvou svázaných výtiscích obsahujících CD s elektronickou verzí závěrečné práce proběhne v řádném termínu uvedeném v harmonogramu na webové stránce
Katedry biotechnologií.( http://kbt.upol.cz )
Seznam doporučené literatury
T. A. Brown (2007): Klonování genů a analýza DNA
K. Ishimaru et al. (2013): Loss of function of the IAA-glucose hydrolase gene TGW6 enhances rice grain weight and increases yield
B. R. Glick and C. L. Patten (2017): Molecular Biotechnology: Principles and Applications of Recombinant DNA (ASM Books), 5th Edition
Seznam doporučené literatury
T. A. Brown (2007): Klonování genů a analýza DNA
K. Ishimaru et al. (2013): Loss of function of the IAA-glucose hydrolase gene TGW6 enhances rice grain weight and increases yield
B. R. Glick and C. L. Patten (2017): Molecular Biotechnology: Principles and Applications of Recombinant DNA (ASM Books), 5th Edition
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, tabulky
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Průběh obhajoby:
V úvodu obhajoby předseda komise prof. Mgr. Miroslav Ovečka, Ph.D. představil studentku přítomným akademickým pracovníkům a hostům. V rámci prezentace své práce studentka seznámila všechny zúčastněné s cíli práce a hlavními metodami využitými při jejím zpracování, dále se získanými výsledky a z nich vyplývajícími závěry.
Následně byl přečten posudek vedoucího práce a oponentní posudek. Odpovědi na otázky a připomínky uvedené v posudku vedoucího bakalářské práce a oponenta studentka zodpověděla.
V rámci veřejné diskuse student zodpověděl následující dotazy položené přítomnými odborníky:
Ing. Pavel Křenek, Ph.D.: Jedná se v případě Vámi studovaného genu o endogenní gen z ječmene?
Ing. Pavel Křenek, Ph.D.: Očekáváte pod kontrolou nativního promoteru nějaké efekty u transgenních rostlin?
Ing. Pavel Křenek, Ph.D.: Lze rychle ověřit funkčnost konstruktu in planta?
Mgr. Olga Šamajová, Dr.: Jaké další experimenty byste navrhla v případě pokračování na daném tématu?
prof. Mgr. Miroslav Ovečka, Ph.D.: Připravuje se i stabilní transformace rostlin?