´Candidatus Phytoplasma prunorum´ je patogen dřevin rodu Prunus, u kterých způsobuje onemocnění zvané evropská žloutenka peckovin. Toto onemocnění je především rozšířeno ve střední a jižní Evropě. Tato bakalářská práce byla zaměřena na molekulární detekci a genotypizaci jedinců vektorové mery, Cacopsylla pruni, kteří byli odchyceni v různých letech na šesti lokalitách na jižní Moravě. Bylo získáno 40 parciálních sekvencí COI-tRNALeu-COII oblasti mitochondriální DNA. Porovnáním těchto sekvencí se sekvencemi COI a COII dostupnými v databázi GenBank vykazovala většina sekvencí nejvyšší identitu 99-100 % se COI sekvencemi jedinců C. pruni, gt02 a gt03 (Acc. No. KM206191.1, KM206192.1) původem z Itálie. U 7 vzorků série 141 původem z lokality Kalčník byly získány sekvence vykazující 88-90% identitu se COI sekvencemi C. melanoneura. Jedinci série 141 byli s největší pravděpodobností chybně identifikováni jako C. pruni, ale příslušejí k C. melanoneura. Na základě 16S rDNA genotypizace byli všichni jedinci C. pruni zařazeni do potenciálního kryptického druhu C. pruni B, genotyp B. Fylogenetická analýza parciálních sekvencí COI a COII tato zjištění potvrdila. Získané sekvence se vyvětvily do dvou samostatných skupin. Většina z nich se vyvětvila společně se COI sekvencemi C. pruni získanými z databáze GenBank. Analýza potvrdila identitu jedinců série 141, získané sekvence se vyvětvily společně se COI sekvencemi C. melanoneura získanými z databáze GenBank. V případě COII oblasti byla pozorována obdobná topologie fylogenetického stromu.
Anotace v angličtině
´Candidatus Phytoplasma prunorum´ is a pathogen of the genus Prunus, which causes a disease commonly called European stone fruit yellows. This disease is mostly spread in Central and Southern Europe. This bachelor thesis was focused on molecular detection and genotyping of samples of vector Cacopsylla pruni, which have been captured during the period of several years in six different locations of South Moravia. I have obtained 40 partial sequences COI-tRNALeu-COII of mitochondrial DNA. By comparison of these sequences with sequences COI and COII available in the GenBank database, the majority of the sequences had the highest identity match of 99-100 % with COI sequences of C. pruni, gt02 and gt03 (Acc. No. KM206191.1, KM206192.1) originated from Italy. Seven samples of series 141 from the location Kalečník had sequences showing 88-90 % identity match with COI sequences of C. melanoneura. The samples from series 141 have been most likely misidentified as belonging to C. pruni species, even though they probably do belong to C. melanoneura species. Based on 16S rDNA genotyping have been all samples of C. pruni species classified into cryptic species C. pruni B, genotype B. Phylogenetic analysis of partial sequences COI and COII these findings confirmed. Obtained sequences have branched into two individual groups. The majority have branched together with COI sequences of C. pruni obtained from GenBank database. The analysis have confirmed the identity of the samples of 141 series, the obtained sequences have branched together with COI sequences of C. melanoneura - also obtained from GenBank database. In case of COII parts, there have been found corresponding topology of phylogenetic tree.
´Candidatus Phytoplasma prunorum´, European stone fruit yellows phytoplasma, Cacopsylla pruni, COI, COII
Rozsah průvodní práce
57+vii
Jazyk
CZ
Anotace
´Candidatus Phytoplasma prunorum´ je patogen dřevin rodu Prunus, u kterých způsobuje onemocnění zvané evropská žloutenka peckovin. Toto onemocnění je především rozšířeno ve střední a jižní Evropě. Tato bakalářská práce byla zaměřena na molekulární detekci a genotypizaci jedinců vektorové mery, Cacopsylla pruni, kteří byli odchyceni v různých letech na šesti lokalitách na jižní Moravě. Bylo získáno 40 parciálních sekvencí COI-tRNALeu-COII oblasti mitochondriální DNA. Porovnáním těchto sekvencí se sekvencemi COI a COII dostupnými v databázi GenBank vykazovala většina sekvencí nejvyšší identitu 99-100 % se COI sekvencemi jedinců C. pruni, gt02 a gt03 (Acc. No. KM206191.1, KM206192.1) původem z Itálie. U 7 vzorků série 141 původem z lokality Kalčník byly získány sekvence vykazující 88-90% identitu se COI sekvencemi C. melanoneura. Jedinci série 141 byli s největší pravděpodobností chybně identifikováni jako C. pruni, ale příslušejí k C. melanoneura. Na základě 16S rDNA genotypizace byli všichni jedinci C. pruni zařazeni do potenciálního kryptického druhu C. pruni B, genotyp B. Fylogenetická analýza parciálních sekvencí COI a COII tato zjištění potvrdila. Získané sekvence se vyvětvily do dvou samostatných skupin. Většina z nich se vyvětvila společně se COI sekvencemi C. pruni získanými z databáze GenBank. Analýza potvrdila identitu jedinců série 141, získané sekvence se vyvětvily společně se COI sekvencemi C. melanoneura získanými z databáze GenBank. V případě COII oblasti byla pozorována obdobná topologie fylogenetického stromu.
Anotace v angličtině
´Candidatus Phytoplasma prunorum´ is a pathogen of the genus Prunus, which causes a disease commonly called European stone fruit yellows. This disease is mostly spread in Central and Southern Europe. This bachelor thesis was focused on molecular detection and genotyping of samples of vector Cacopsylla pruni, which have been captured during the period of several years in six different locations of South Moravia. I have obtained 40 partial sequences COI-tRNALeu-COII of mitochondrial DNA. By comparison of these sequences with sequences COI and COII available in the GenBank database, the majority of the sequences had the highest identity match of 99-100 % with COI sequences of C. pruni, gt02 and gt03 (Acc. No. KM206191.1, KM206192.1) originated from Italy. Seven samples of series 141 from the location Kalečník had sequences showing 88-90 % identity match with COI sequences of C. melanoneura. The samples from series 141 have been most likely misidentified as belonging to C. pruni species, even though they probably do belong to C. melanoneura species. Based on 16S rDNA genotyping have been all samples of C. pruni species classified into cryptic species C. pruni B, genotype B. Phylogenetic analysis of partial sequences COI and COII these findings confirmed. Obtained sequences have branched into two individual groups. The majority have branched together with COI sequences of C. pruni obtained from GenBank database. The analysis have confirmed the identity of the samples of 141 series, the obtained sequences have branched together with COI sequences of C. melanoneura - also obtained from GenBank database. In case of COII parts, there have been found corresponding topology of phylogenetic tree.
´Candidatus Phytoplasma prunorum´, European stone fruit yellows phytoplasma, Cacopsylla pruni, COI, COII
Zásady pro vypracování
Literární rešerše zaměřená na biologickou a molekulárně genetickou charakteristiku fytoplazmy ´Ca. Phytoplasma prunorum´ (ESFY), významného patogena meruněk, a jejích vektorů, zejména mery Cacopsylla pruni.
Molekulární detekce a genotypizace zástupců r. Cacopsylla pruni za použití DNA markerů, pomocí metody PCR a sekvenování, bioinformatická analýza získaných sekvenčních dat.
Zásady pro vypracování
Literární rešerše zaměřená na biologickou a molekulárně genetickou charakteristiku fytoplazmy ´Ca. Phytoplasma prunorum´ (ESFY), významného patogena meruněk, a jejích vektorů, zejména mery Cacopsylla pruni.
Molekulární detekce a genotypizace zástupců r. Cacopsylla pruni za použití DNA markerů, pomocí metody PCR a sekvenování, bioinformatická analýza získaných sekvenčních dat.
Seznam doporučené literatury
Bertin S., Bosco D. (2013) Molecular identification of phytoplasma vector species.
Peccoud J., Labonne G., Sauvion N. (2013) Molecular test to assign individuals within the Cacopsylla pruni complex.
Marcone, Carmine & Jarausch, Barbara & Jarausch, W.. (2010). Candidatus Phytoplasma prunorum, the causal agent of European stone fruit yellows: An overview.
Necas, Tomas & Ondrášek, I. & Krška, Boris. (2015). ‘ Candidatus Phytoplasma prunorum’ – a pathogen spreading uncontrollably in apricot orchards in the Czech Republic.
Jean Luc Danet et al. (2011) Multilocus sequence analysis reveals the genetic diversity of European fruit tree phytoplasmas and supports the existence of inter-species recombination Microbiology.
Erich Seemüller, Bernd Schneider ‘Candidatus Phytoplasma mali’, ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ and ‘Candidatus Phytoplasma prunorum’, the causal agents of apple proliferation, pear decline and European stone fruit yellows, respectively.
Seznam doporučené literatury
Bertin S., Bosco D. (2013) Molecular identification of phytoplasma vector species.
Peccoud J., Labonne G., Sauvion N. (2013) Molecular test to assign individuals within the Cacopsylla pruni complex.
Marcone, Carmine & Jarausch, Barbara & Jarausch, W.. (2010). Candidatus Phytoplasma prunorum, the causal agent of European stone fruit yellows: An overview.
Necas, Tomas & Ondrášek, I. & Krška, Boris. (2015). ‘ Candidatus Phytoplasma prunorum’ – a pathogen spreading uncontrollably in apricot orchards in the Czech Republic.
Jean Luc Danet et al. (2011) Multilocus sequence analysis reveals the genetic diversity of European fruit tree phytoplasmas and supports the existence of inter-species recombination Microbiology.
Erich Seemüller, Bernd Schneider ‘Candidatus Phytoplasma mali’, ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ and ‘Candidatus Phytoplasma prunorum’, the causal agents of apple proliferation, pear decline and European stone fruit yellows, respectively.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce studentky Elišky Kolonderové zahájil prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc. et Ph.D. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucí práce Mgr. Dany Šafářové, Ph.D. a oponenta prof. RNDr. Milana Navrátila, CSc.
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
Příklad typického otevřeného cyklu šíření fytoplazmy
Dostupnost sekvence celého genomu Candidatus Phytoplasma prunorum
Dostupnost komerčních protilátek pro detekci vybraných fytoplazem
DNA polymerázy použité v experimentu pro amplifikaci dlouhých fragmentů
Lokalizace genů na mitochondriální DNA fytoplazem
Časový úsek sběru mer
Vysvětlení přenosu pomocí kokotice
Vysvětlení zkratek pro amplifikovanou DNA
Studentka na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagovala pohotově a přiměřeně.
Obhajobu bakalářské práce studentky Elišky Kolonderové zahájil prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc. et Ph.D. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucí práce Mgr. Dany Šafářové, Ph.D. a oponenta prof. RNDr. Milana Navrátila, CSc.