Tato bakalářská práce se zaměřuje na charakteristiku fytoplazmy proliferace jabloně (Candidatus Phytoplasma mali) a jejího vektora, meru Cacopsylla picta.
Teoretická část práce je nejprve zaměřena na charakteristiku fytoplazem, jejich klasifikaci a metody detekce. Následně je zde popsána biologická a molekulárně genetická charakteristika fytoplazmy Candidatus Phytoplasma mali a jejích hlavních přenašečů Cacopsylla picta a Cacopsylla melanoneura.
V experimentální části bakalářské práce bylo pracováno se 45 vzorky mer Cacopsylla picta pocházejícími ze čtyř lokalit na Moravě. Pomocí Sangerova sekvenování CPF4/CPR4 PCR amplikonů byly získány parciální sekvence COI u 26 jedinců Cacopsylla picta o délce cca 700 bp. Následným vyhodnocením studovaných vzorků pomocí p-distance metody byla u většiny vzorků zjištěna 99-100% identita COI nukleotidové sekvence se sekvencemi Cacopsylla picta původem z Itálie získanými z databáze GenBank. Pomocí fylogenetické analýzy byla prokázána homogenita genotypů studovaných jedinců bez ohledu na jejich geografický původ, kteří se rozdělili do dvou fylogenetických skupin.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis focuses on the characterization of the proliferating phytoplasma of apple (Candidatus Phytoplasma mali) and its vector, the psyllid Cacopsylla picta.
The theoretical part of the thesis is first focuses on the characteristics of phytoplasmas, their classification and detection methods. Subsequently, the biological and molecular genetic characteristics of the phytoplasma Candidatus Phytoplasma mali and its main vectors Cacopsylla picta and Cacopsylla melanoneura, are described.
In the experimental part of the bachelor thesis, 45 samples of Cacopsylla picta were collected from four sites in Moravia. Using Sanger sequencing of CPF4/CPR4 PCR amplicons, partial COI sequences were obtained for 26 individuals of Cacopsylla picta with lenght of about 700 bp. Evaluation of the samples studied using the p-distance method showed 99-100% identity of the COI nucleotide sequences with Cacopsylla picta sequences from Italy obtained from the GenBank database. Phylogenetic analysis confirmed the homogeneity of genotypes of the individuals studied, regardless of their geographical origin and it allowed their discrimination into two main phylogenetic clusters.
Klíčová slova
Candidatus Phytoplasma mali, metoda PCR, Cacopsylla picta
Tato bakalářská práce se zaměřuje na charakteristiku fytoplazmy proliferace jabloně (Candidatus Phytoplasma mali) a jejího vektora, meru Cacopsylla picta.
Teoretická část práce je nejprve zaměřena na charakteristiku fytoplazem, jejich klasifikaci a metody detekce. Následně je zde popsána biologická a molekulárně genetická charakteristika fytoplazmy Candidatus Phytoplasma mali a jejích hlavních přenašečů Cacopsylla picta a Cacopsylla melanoneura.
V experimentální části bakalářské práce bylo pracováno se 45 vzorky mer Cacopsylla picta pocházejícími ze čtyř lokalit na Moravě. Pomocí Sangerova sekvenování CPF4/CPR4 PCR amplikonů byly získány parciální sekvence COI u 26 jedinců Cacopsylla picta o délce cca 700 bp. Následným vyhodnocením studovaných vzorků pomocí p-distance metody byla u většiny vzorků zjištěna 99-100% identita COI nukleotidové sekvence se sekvencemi Cacopsylla picta původem z Itálie získanými z databáze GenBank. Pomocí fylogenetické analýzy byla prokázána homogenita genotypů studovaných jedinců bez ohledu na jejich geografický původ, kteří se rozdělili do dvou fylogenetických skupin.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis focuses on the characterization of the proliferating phytoplasma of apple (Candidatus Phytoplasma mali) and its vector, the psyllid Cacopsylla picta.
The theoretical part of the thesis is first focuses on the characteristics of phytoplasmas, their classification and detection methods. Subsequently, the biological and molecular genetic characteristics of the phytoplasma Candidatus Phytoplasma mali and its main vectors Cacopsylla picta and Cacopsylla melanoneura, are described.
In the experimental part of the bachelor thesis, 45 samples of Cacopsylla picta were collected from four sites in Moravia. Using Sanger sequencing of CPF4/CPR4 PCR amplicons, partial COI sequences were obtained for 26 individuals of Cacopsylla picta with lenght of about 700 bp. Evaluation of the samples studied using the p-distance method showed 99-100% identity of the COI nucleotide sequences with Cacopsylla picta sequences from Italy obtained from the GenBank database. Phylogenetic analysis confirmed the homogeneity of genotypes of the individuals studied, regardless of their geographical origin and it allowed their discrimination into two main phylogenetic clusters.
Klíčová slova
Candidatus Phytoplasma mali, metoda PCR, Cacopsylla picta
Literární rešerše zaměřená na biologickou a molekulárně genetickou charakteristiku fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´ vybrané fytoplazmy ovocných dřevin a jejích významných vektorů.
Molekulární detekce a genotypizace zástupců r. Cacopsylla picta za použití DNA markerů, pomocí metody PCR a sekvenování, bioinformatická analýza získaných sekvenčních dat.
Zásady pro vypracování
Literární rešerše zaměřená na biologickou a molekulárně genetickou charakteristiku fytoplazmy ´Candidatus Phytoplasma mali´ vybrané fytoplazmy ovocných dřevin a jejích významných vektorů.
Molekulární detekce a genotypizace zástupců r. Cacopsylla picta za použití DNA markerů, pomocí metody PCR a sekvenování, bioinformatická analýza získaných sekvenčních dat.
Seznam doporučené literatury
Bertin S., Bosco D. (2013): Molecular identification of phytoplasma vector species. In: Dickinson M., Hodgetts J. (eds): Phytoplasma. Methods in Molecular Biology (Methods and Protocols) 938: Humana Press, Totowa, NJ.
Danet J. L. et al. (2011): Multilocus sequence analysis reveals the genetic diversity of European fruit tree phytoplasmas and supports the existence of inter-species recombination. Microbiology 157(2):438-450.
Seemüller E., Schneider B. (2004): ‘Candidatus Phytoplasma mali’, ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ and ‘Candidatus Phytoplasma prunorum’, the causal agents of apple proliferation, pear decline and European stone fruit yellows, respectively. Int J of Syst Evol Microbiol 54:1217–1226.
Oettl S, Schlink K. (2015): Molecular identification of two vector species, Cacopsylla melanoneura and Cacopsylla picta (Hemiptera: Psyllidae), of Apple proliferation disease and further common psyllids of Northern Italy. J Econ Entomol. 108(5):2174-83.
Seznam doporučené literatury
Bertin S., Bosco D. (2013): Molecular identification of phytoplasma vector species. In: Dickinson M., Hodgetts J. (eds): Phytoplasma. Methods in Molecular Biology (Methods and Protocols) 938: Humana Press, Totowa, NJ.
Danet J. L. et al. (2011): Multilocus sequence analysis reveals the genetic diversity of European fruit tree phytoplasmas and supports the existence of inter-species recombination. Microbiology 157(2):438-450.
Seemüller E., Schneider B. (2004): ‘Candidatus Phytoplasma mali’, ‘Candidatus Phytoplasma pyri’ and ‘Candidatus Phytoplasma prunorum’, the causal agents of apple proliferation, pear decline and European stone fruit yellows, respectively. Int J of Syst Evol Microbiol 54:1217–1226.
Oettl S, Schlink K. (2015): Molecular identification of two vector species, Cacopsylla melanoneura and Cacopsylla picta (Hemiptera: Psyllidae), of Apple proliferation disease and further common psyllids of Northern Italy. J Econ Entomol. 108(5):2174-83.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce studentky Kristýny Daniely Kruťové zahájil prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc. et Ph.D. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudků vedoucí práce Mgr. Dany Šafářové, Ph.D. a oponenta
prof. RNDr. Milana Navrátila, CSc.
Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
Fytoplazmy – charakteristika, význam, přenos, zástupci
Candidatus Phytoplasma mali – význam, přenos, vektoři, poškození rostlin, hostitelé
Cacopsylla picta – výskyt, charakteristika
Experimentální provedení práce - genetická characteristika jedinců C. picta
hodnocení fylogenetických vztahů mer C. picta původem v ČR
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
Genetická homogenita jedinců fytoplazem testovaných v práci
Počet kompletních genomů fytoplazem v databázi GeneBank
Nejčastější molekulární metody detekce fytoplazem
Křížová kontaminace
Polymeráza použitá v LAMP izotermické amplifikaci
Definice pojmu kmen u bakterií
Ribozomální geny využitelné pro identifikaci fytoplazem
Technika použitá k izolaci mitochondriální DNA
Studentka na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagovala přiměřeně.