Diplomová práce se zabývá problematikou exprese dvou nových antimikrobiálních peptidů v rostlinném a bakteriálním systému. Podle těchto peptidů je diplomová práce rozdělena na dvě části. Cílem první části je dosáhnout transientní exprese lidského antimikrobiálního peptidu v rostliném expresiním systému. Cílem druhé části je optimalizace exprese a purifikace antimikrobiální peptidedu mateřského mléka klokana dama bakteriálním expresním systému.
Anotace v angličtině
The diploma thesis is focused on the expression of two novel antimicrobial peptides in plant and bacteria-based expression systems. Based on the peptides is thesis divided into two parts. The Aim of the first part is a transient expression of a human antimicrobial peptide in a plant-based expression system. The aim of the second part is the optimization of the expression and purification of an antimicrobial peptide from the breast milk of the Tammar wallaby bacteria-based expression system.
Klíčová slova
Antimikrobiální peptidy, elafin, WAM1
Klíčová slova v angličtině
Antimicrobial peptides, elafin, WAM1
Rozsah průvodní práce
70 s
Jazyk
AN
Anotace
Diplomová práce se zabývá problematikou exprese dvou nových antimikrobiálních peptidů v rostlinném a bakteriálním systému. Podle těchto peptidů je diplomová práce rozdělena na dvě části. Cílem první části je dosáhnout transientní exprese lidského antimikrobiálního peptidu v rostliném expresiním systému. Cílem druhé části je optimalizace exprese a purifikace antimikrobiální peptidedu mateřského mléka klokana dama bakteriálním expresním systému.
Anotace v angličtině
The diploma thesis is focused on the expression of two novel antimicrobial peptides in plant and bacteria-based expression systems. Based on the peptides is thesis divided into two parts. The Aim of the first part is a transient expression of a human antimicrobial peptide in a plant-based expression system. The aim of the second part is the optimization of the expression and purification of an antimicrobial peptide from the breast milk of the Tammar wallaby bacteria-based expression system.
Klíčová slova
Antimikrobiální peptidy, elafin, WAM1
Klíčová slova v angličtině
Antimicrobial peptides, elafin, WAM1
Zásady pro vypracování
V rámci této diplomové práce bude probíhat práce s dvěmi antimikrobiálnímy peptidy. Prvním z nich je lidský antimikrobiální peptid elafin. Cílem u práce s elafinem je dosáhnout transietní exprese v Nicotiana benthamiana. Druhým antimikrobiálním peptidem je wal1, který je jeden ze dvou hlavních antimikrobiálních peptidů mateřského mléka klokana dama. Cílem u práce s wal1 je optimalizace exprese peptidu v Escherichia coli.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie https://www.prf.upol.cz/katedra-biochemie/studium/bakalarske-a-diplomove-prace/.
Student je povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Student odevzdá jeden svázaný výtisk závěrečné práce přímo zkušební komisi v den obhajoby. CD s elektronickou verzí BP/DP není požadováno.
Zásady pro vypracování
V rámci této diplomové práce bude probíhat práce s dvěmi antimikrobiálnímy peptidy. Prvním z nich je lidský antimikrobiální peptid elafin. Cílem u práce s elafinem je dosáhnout transietní exprese v Nicotiana benthamiana. Druhým antimikrobiálním peptidem je wal1, který je jeden ze dvou hlavních antimikrobiálních peptidů mateřského mléka klokana dama. Cílem u práce s wal1 je optimalizace exprese peptidu v Escherichia coli.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie https://www.prf.upol.cz/katedra-biochemie/studium/bakalarske-a-diplomove-prace/.
Student je povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Student odevzdá jeden svázaný výtisk závěrečné práce přímo zkušební komisi v den obhajoby. CD s elektronickou verzí BP/DP není požadováno.
Seznam doporučené literatury
ZHAO, Chun-Xia, Mirjana Dimitrijev DWYER, Alice Lei YU, Yang WU, Sheng FANG a Anton P.J. MIDDELBERG, 2015. A simple and low-cost platform technology for producing pexiganan antimicrobial peptide in E. coli. Biotechnology and Bioengineering. 112(5), 957-964. ISSN 00063592. Dostupné z: doi:10.1002/bit.25505
PANE, Katia, Lorenzo DURANTE, Elio PIZZO, et al., 2016. Rational Design of a Carrier Protein for the Production of Recombinant Toxic Peptides in Escherichia coli. PLOS ONE. 11(1). ISSN 1932-6203. Dostupné z: doi:10.1371/journal.pone.0146552
SUN, Baode, David WIBOWO, Anton P. J. MIDDELBERG a Chun-Xia ZHAO, 2018. Cost-effective downstream processing of recombinantly produced pexiganan peptide and its antimicrobial activity. AMB Express. 8(1). ISSN 2191-0855. Dostupné z: doi:10.1186/s13568-018-0541-3
Seznam doporučené literatury
ZHAO, Chun-Xia, Mirjana Dimitrijev DWYER, Alice Lei YU, Yang WU, Sheng FANG a Anton P.J. MIDDELBERG, 2015. A simple and low-cost platform technology for producing pexiganan antimicrobial peptide in E. coli. Biotechnology and Bioengineering. 112(5), 957-964. ISSN 00063592. Dostupné z: doi:10.1002/bit.25505
PANE, Katia, Lorenzo DURANTE, Elio PIZZO, et al., 2016. Rational Design of a Carrier Protein for the Production of Recombinant Toxic Peptides in Escherichia coli. PLOS ONE. 11(1). ISSN 1932-6203. Dostupné z: doi:10.1371/journal.pone.0146552
SUN, Baode, David WIBOWO, Anton P. J. MIDDELBERG a Chun-Xia ZHAO, 2018. Cost-effective downstream processing of recombinantly produced pexiganan peptide and its antimicrobial activity. AMB Express. 8(1). ISSN 2191-0855. Dostupné z: doi:10.1186/s13568-018-0541-3
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, grafy, tabulky
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
V úvodu obhajoby předseda komise prof. Mgr. Marek Petřivalský, Dr. představil studenta přítomným akademickým pracovníkům a hostům. V rámci prezentace své práce Rekombinantní exprese dvou nových antimikrobiálních peptidů v bacteriálním a rostliném expresním systému student seznámil všechny zúčastněné s cíli práce a hlavními metodami využitými při jejím zpracování, dále se získanými výsledky a z nich vyplývajícími závěry.
Následně byl přečten posudek vedoucí práce a oponentský posudek. Student zodpověděl dotazy položené v posudku oponentky. Odpověděl také na dotazy členů zkušební komise:
doc. Luhová: Jaká je výtěžnost antimikrobiálních peptidů při použití IPTG expresních bakteriálních systémů?
dr. Dostálková: Jaká je MIC peptidu pro různé typy bakterií Testoval to někdo před Vámi?
prof. Petřivalský: Jak byste vysvětlit kvantifikaci na western blotu? Kolik cysteinových zbytků a kolik disulfidických vazeb má aktivní elafin?
dr. Škrabišová: Jaký je procentuální výtěžek peptidu na celkový obsah proteinů? V čem byla rozpuštěna pozitivní kontrola při antimikrobiálních testech?
doc. Luhová: Jaká je cena syntetického peptidu?