Tato bakalářská práce se zabývá hledáním polymorfních mikrosatelitních lokusů u čápa bílého (Ciconia ciconia) pomocí cross-species PCR amplifikace.
Teoretická část se věnuje fylogenezi a charakteristice řádu brodiví a čeledi čápovití, dále popisu čápa bílého, jeho rozšíření a rozmnožování. V další kapitole jsou charakterizovány mikrosatelity a v neposlední řadě jednotlivé polymorfní mikrosatelity u druhů z řádu trubkonosí, které byly cross-species PCR testovány u čápa bílého.
Experimentální část se zaobírá cross-species PCR amplifikací s použitím 213 párů primerů, kdy 207 pocházelo od zástupců z řádu trubkonosí, 5 od zástupců z řádu dlouhokřídlí a 1 z řádu pěvci. Tyto mikrosatelitní lokusy byly testovány na genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa bílého. Pomocí cross-species PCR amplifikace jsem nalezla 18 polymorfních mikrosatelitních lokusů s počtem alel od dvou do šesti. Mikrosatelitní lokus Paequ2 neposkytl žádný produkt. Zbývajících 194 lokusů poskytlo produkt monomorfní.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis deals with the search for polymorphic microsatellite loci in white storks (Ciconia ciconia) using cross-species PCR amplification.
The theoretical part deals with the phylogeny and characteristics of the order of Ciconiiformes and family Ciconiidae, further there is a description of the white stork, its distribution and reproduction. The next chapter characterizes microsatellites and polymorphic microsatellites in species from the order of the Procellariiformes, which were cross-species PCR tested in white storks.
The experimental part deals with cross-species PCR amplification using 213 pairs of primers, 207 of which were from species of the order Procellariiformes, 5 from species of the order Charadriiformes and 1 from the order Passeriformes. These microsatellites were tested on the genomic DNA of 6 unrelated white storks individuals. Using cross-species PCR amplification, I found 18 polymorphic microsatellite loci with number of alleles ranged from 2 to 6. Microsatellite loci Paequ2 did not amplified product. The remaining 194 loci gave the product monomorphic.
White stork, microsatellites, cross-species PCR amplification, Ciconia ciconia, Procellariiformes
Rozsah průvodní práce
VII. + 49 s
Jazyk
CZ
Anotace
Tato bakalářská práce se zabývá hledáním polymorfních mikrosatelitních lokusů u čápa bílého (Ciconia ciconia) pomocí cross-species PCR amplifikace.
Teoretická část se věnuje fylogenezi a charakteristice řádu brodiví a čeledi čápovití, dále popisu čápa bílého, jeho rozšíření a rozmnožování. V další kapitole jsou charakterizovány mikrosatelity a v neposlední řadě jednotlivé polymorfní mikrosatelity u druhů z řádu trubkonosí, které byly cross-species PCR testovány u čápa bílého.
Experimentální část se zaobírá cross-species PCR amplifikací s použitím 213 párů primerů, kdy 207 pocházelo od zástupců z řádu trubkonosí, 5 od zástupců z řádu dlouhokřídlí a 1 z řádu pěvci. Tyto mikrosatelitní lokusy byly testovány na genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa bílého. Pomocí cross-species PCR amplifikace jsem nalezla 18 polymorfních mikrosatelitních lokusů s počtem alel od dvou do šesti. Mikrosatelitní lokus Paequ2 neposkytl žádný produkt. Zbývajících 194 lokusů poskytlo produkt monomorfní.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis deals with the search for polymorphic microsatellite loci in white storks (Ciconia ciconia) using cross-species PCR amplification.
The theoretical part deals with the phylogeny and characteristics of the order of Ciconiiformes and family Ciconiidae, further there is a description of the white stork, its distribution and reproduction. The next chapter characterizes microsatellites and polymorphic microsatellites in species from the order of the Procellariiformes, which were cross-species PCR tested in white storks.
The experimental part deals with cross-species PCR amplification using 213 pairs of primers, 207 of which were from species of the order Procellariiformes, 5 from species of the order Charadriiformes and 1 from the order Passeriformes. These microsatellites were tested on the genomic DNA of 6 unrelated white storks individuals. Using cross-species PCR amplification, I found 18 polymorphic microsatellite loci with number of alleles ranged from 2 to 6. Microsatellite loci Paequ2 did not amplified product. The remaining 194 loci gave the product monomorphic.
White stork, microsatellites, cross-species PCR amplification, Ciconia ciconia, Procellariiformes
Zásady pro vypracování
1. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce.
2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
3. PCR amplifikace DNA čápa bílého s využitím cross-species primerů pro mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu trubkonosí.
Rozsah práce 40 stran.
Zásady pro vypracování
1. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce.
2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
3. PCR amplifikace DNA čápa bílého s využitím cross-species primerů pro mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu trubkonosí.
Rozsah práce 40 stran.
Seznam doporučené literatury
Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573.
Moodley, Y. et al. (2015): Evolutionary factors affecting the cross-species utility of newly developer microsatellite markers in seabirds. Molecular Ecology Resources, 15, 1046-1058.
Kennedy, M. et al. (2013): The phylogenetic relationships of the extant pelicans inferred from DNA sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 66, 215-222.
Bicknell, A.W.J. et al. (2011): Characterisation and predicted genome locations of Leach's storm-petrel (Oceanodroma leucorhoa) microsatellite loci (Procellariidae, Aves). Conservation Genetics Resources, 3, 711-716.
Briedl, J. et al. (2012): Eighteen polymorphic microsatellite markers in Monteiro's storm-petrel, Oceanodroma monteiroi, and cross-species amplification in three other Procellariiformes. Molecular Ecology Resources, 9, 913-915.
Seznam doporučené literatury
Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573.
Moodley, Y. et al. (2015): Evolutionary factors affecting the cross-species utility of newly developer microsatellite markers in seabirds. Molecular Ecology Resources, 15, 1046-1058.
Kennedy, M. et al. (2013): The phylogenetic relationships of the extant pelicans inferred from DNA sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 66, 215-222.
Bicknell, A.W.J. et al. (2011): Characterisation and predicted genome locations of Leach's storm-petrel (Oceanodroma leucorhoa) microsatellite loci (Procellariidae, Aves). Conservation Genetics Resources, 3, 711-716.
Briedl, J. et al. (2012): Eighteen polymorphic microsatellite markers in Monteiro's storm-petrel, Oceanodroma monteiroi, and cross-species amplification in three other Procellariiformes. Molecular Ecology Resources, 9, 913-915.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
tabulky
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce studentky Petry Krňávkové zahájil prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucího práce RNDr. Petra Nádvorníka, Ph.D. a oponenta RNDr. Miloslava Kitnera, Ph.D.
Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
- Čáp bílý - charakteristika druhu
- Testované mikrosatelity
- Design experimentální práce
- Identifikace mikrosatelitů polymorfních u čápa bílého
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
- Obohacování DNA o mikrosatelitní (zakoncentrování) DNA při izolaci
- Původ testovaných vzorků
- Populačně genetické studie realizované u čápů
- Fylogenetický vztah mezi buřňákem a čápem, evoluční příbuznost mezi jejich mikrosatelity
- Nepříbuznost jedinců, etologie a biologické indicie jejich nepříbuznosti
- Cross-species mikrosatelity - důvody jejich použití v populačním studii
Studentka na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagovala adekveátně, se znalostí problematiky.