Virus zakrslosti pšenice (WDV), je závažný virový patogen, způsobující vysoké ekonomické ztráty při pěstování pšenice a ječmene. Pomocí metod genového inženýrství by bylo možné získat rezistentní rostliny. Bakalářská práce se zabývá detekcí rekombinantní DNA v T0 a T1 generaci rostlin jarního ječmene, nesoucí systém CRISPR/Cas9. Rostliny jarního ječmene odrůdy Golden Promise byly transformovány pomocí Agrobacterium tumefaciens, třemi různými typy sgRNA komplementární k úsekům virových genů CP, MP, Rep. K detekci transgenů na úrovni DNA byla použita metoda PCR.
Anotace v angličtině
Wheat Dwarf virus (WDV) is a serious viral pathogen, causing high economic losses in the wheat and barely cultivation. Using genetic engineering methods, it would be possible to obtain resistant plants. The bachelors thesis deals with the detection of recombinant DNA in T0 and T1 generation plants of the spring barley, which carry CRISPR/Cas9 system. Golden Promise spring barely plants were transformed by three different types of sgRNA complementary to the stretches of viral genes CP, MP, Rep using Agrobacterium tumefaciens. The PCR method was used to detect transgenes at the DNA level.
Virus zakrslosti pšenice (WDV), je závažný virový patogen, způsobující vysoké ekonomické ztráty při pěstování pšenice a ječmene. Pomocí metod genového inženýrství by bylo možné získat rezistentní rostliny. Bakalářská práce se zabývá detekcí rekombinantní DNA v T0 a T1 generaci rostlin jarního ječmene, nesoucí systém CRISPR/Cas9. Rostliny jarního ječmene odrůdy Golden Promise byly transformovány pomocí Agrobacterium tumefaciens, třemi různými typy sgRNA komplementární k úsekům virových genů CP, MP, Rep. K detekci transgenů na úrovni DNA byla použita metoda PCR.
Anotace v angličtině
Wheat Dwarf virus (WDV) is a serious viral pathogen, causing high economic losses in the wheat and barely cultivation. Using genetic engineering methods, it would be possible to obtain resistant plants. The bachelors thesis deals with the detection of recombinant DNA in T0 and T1 generation plants of the spring barley, which carry CRISPR/Cas9 system. Golden Promise spring barely plants were transformed by three different types of sgRNA complementary to the stretches of viral genes CP, MP, Rep using Agrobacterium tumefaciens. The PCR method was used to detect transgenes at the DNA level.
Provést skrining rostlin T0 a T1 generace jarního ječmene. Identifikovat transgenní rostliny v T1 generaci a charakterizovat expresi transgennů Cas9 a sgRNA na úrovni RNA. Identifikace transgenů bude prováděna pomocí molekulárních technik, PCR. Charakterizace exprese bude prováděna na úrovni RNA s pomocí RT-PCR.
Zásady pro vypracování
Provést skrining rostlin T0 a T1 generace jarního ječmene. Identifikovat transgenní rostliny v T1 generaci a charakterizovat expresi transgennů Cas9 a sgRNA na úrovni RNA. Identifikace transgenů bude prováděna pomocí molekulárních technik, PCR. Charakterizace exprese bude prováděna na úrovni RNA s pomocí RT-PCR.
Seznam doporučené literatury
Stewart C.N. Jr., Touraev A., Citovsky V., Tzfira T., (Eds). Plant Transformation Technologies. Wiley-Blackwell Scientific publishing, Ames Iova, 2011.
Sambrook J., Russel D.W.: Molecular cloning: A laboratory manual (3rd edition). Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, USA, 2001.
A. Kis, É. Hamar, G. Tholt, R. Bán, Z. Havelda, Creating highly efficient resistance againts wheat dwarf virus in barley by employin CRISPR/Cas9 system, Plant Biotechnol. J. 17 (2019) 1004-1006. doi:10.1111/pbi.13077.
M. Jinek, K. Chylinski, I. Fonfara, M. Hauer, J.A. Doudna, E. Charpentier, A Programmable Dual-RNA-Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity, Science (80-.). 337 (2012) 816-822.
Z. Ali, A. Abulfaraj, A. Idris, S. Ali, M. Tashkandi, M.M. Mahfouz, CRISPR/Cas9-mediated viral interference in plants, Genome Biol. (2015) 1-11. doi:10.1186/s13059-015-0799-6
Seznam doporučené literatury
Stewart C.N. Jr., Touraev A., Citovsky V., Tzfira T., (Eds). Plant Transformation Technologies. Wiley-Blackwell Scientific publishing, Ames Iova, 2011.
Sambrook J., Russel D.W.: Molecular cloning: A laboratory manual (3rd edition). Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, USA, 2001.
A. Kis, É. Hamar, G. Tholt, R. Bán, Z. Havelda, Creating highly efficient resistance againts wheat dwarf virus in barley by employin CRISPR/Cas9 system, Plant Biotechnol. J. 17 (2019) 1004-1006. doi:10.1111/pbi.13077.
M. Jinek, K. Chylinski, I. Fonfara, M. Hauer, J.A. Doudna, E. Charpentier, A Programmable Dual-RNA-Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity, Science (80-.). 337 (2012) 816-822.
Z. Ali, A. Abulfaraj, A. Idris, S. Ali, M. Tashkandi, M.M. Mahfouz, CRISPR/Cas9-mediated viral interference in plants, Genome Biol. (2015) 1-11. doi:10.1186/s13059-015-0799-6