Tato bakalářská práce se zabývá stabilitou cirkulujících nádorových buněk a RNA v transportních zkumavkách. Cirkulující nádorové buňky se uvolňují z primárního nádoru do periferního krevního oběhu nebo lymfatického systému a účastní se procesu zakládání vzdálených metastáz. Molekuly RNA přítomné v periferním krevním oběhu poskytují obrovské množství důležitých informací o stavu pacienta. Molekuly RNA i cirkulující nádorové buňky jsou po opuštění přirozeného prostředí velmi náchylné k degradaci. Cílem této práce bylo identifikovat nejvhodnější stabilizační systém pro současnou stabilizaci RNA i cirkulujících nádorových buněk. Vzorky periferní krve byly v různých typech transportních zkumavek skladovány při pokojové teplotě po stanovenou dobu. Schopnost stabilizace RNA byla analyzována pomocí real-time PCR a schopnost stabilizace cirkulujících nádorových buněk pomocí přístroje CytoTrack.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis deals with stability of circulating tumor cells and RNA in blood preservative tubes. Circulating tumor cells are releasing from primary tumor into peripheral bloodstream or lymphatic system and participate in a process of establishing distant metastases. RNA molecules, which are present in peripheral bloodstream, are providing an immense amount of important information about the patient´s condition. RNA molecules and circulating tumor cells are extremely prone to degradation after leaving their natural environment. The goal of the thesis was to identify the most suitable stabilization system for simultaneous stabilization of RNA and circulating tumor cells. Peripheral blood samples were stored in different types of blood preservative tubes at room temperature for a specified time. The ability of RNA stabilization was analyzed by real-time PCR and the ability of circulating tumor cells stabilization was analyzed by CytoTrack device.
Tato bakalářská práce se zabývá stabilitou cirkulujících nádorových buněk a RNA v transportních zkumavkách. Cirkulující nádorové buňky se uvolňují z primárního nádoru do periferního krevního oběhu nebo lymfatického systému a účastní se procesu zakládání vzdálených metastáz. Molekuly RNA přítomné v periferním krevním oběhu poskytují obrovské množství důležitých informací o stavu pacienta. Molekuly RNA i cirkulující nádorové buňky jsou po opuštění přirozeného prostředí velmi náchylné k degradaci. Cílem této práce bylo identifikovat nejvhodnější stabilizační systém pro současnou stabilizaci RNA i cirkulujících nádorových buněk. Vzorky periferní krve byly v různých typech transportních zkumavek skladovány při pokojové teplotě po stanovenou dobu. Schopnost stabilizace RNA byla analyzována pomocí real-time PCR a schopnost stabilizace cirkulujících nádorových buněk pomocí přístroje CytoTrack.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis deals with stability of circulating tumor cells and RNA in blood preservative tubes. Circulating tumor cells are releasing from primary tumor into peripheral bloodstream or lymphatic system and participate in a process of establishing distant metastases. RNA molecules, which are present in peripheral bloodstream, are providing an immense amount of important information about the patient´s condition. RNA molecules and circulating tumor cells are extremely prone to degradation after leaving their natural environment. The goal of the thesis was to identify the most suitable stabilization system for simultaneous stabilization of RNA and circulating tumor cells. Peripheral blood samples were stored in different types of blood preservative tubes at room temperature for a specified time. The ability of RNA stabilization was analyzed by real-time PCR and the ability of circulating tumor cells stabilization was analyzed by CytoTrack device.
Provést rešerši na dané téma, zorientovat se v problematice izolace, degradace a stability různých typů RNA a CTCs v transportních zkumavkách. Získat teoretické a praktické znalosti v oblasti izolací RNA, reverzní transkripce, qPCR a analýz CTCs.
Provést hodnocení stability CTCs a RNA v různých typech transportních zkumavek metodami qPCR a imunofluorescence.
Identifikovat nejvhodnější stabilizační systém pro konkrétní vědecko-výzkumné účely.
Zásady pro vypracování
Provést rešerši na dané téma, zorientovat se v problematice izolace, degradace a stability různých typů RNA a CTCs v transportních zkumavkách. Získat teoretické a praktické znalosti v oblasti izolací RNA, reverzní transkripce, qPCR a analýz CTCs.
Provést hodnocení stability CTCs a RNA v různých typech transportních zkumavek metodami qPCR a imunofluorescence.
Identifikovat nejvhodnější stabilizační systém pro konkrétní vědecko-výzkumné účely.
Seznam doporučené literatury
Whole blood stabilization for the microfluidic isolation and molecular characterization of circulating tumor cells. Wong KHK et al. Nat Commun. (2017)
Stabilization of cellular RNA in blood during storage at room temperature: a comparison of cell-free RNA BCT(?) with K3EDTA tubes. Das K et al. Mol Diagn Ther. (2014)
Evaluation of nucleic acid stabilization products for ambient temperature shipping and storage of viral RNA and antibody in a dried whole blood format. Dauner AL et al. Am J Trop Med Hyg. (2015)
Seznam doporučené literatury
Whole blood stabilization for the microfluidic isolation and molecular characterization of circulating tumor cells. Wong KHK et al. Nat Commun. (2017)
Stabilization of cellular RNA in blood during storage at room temperature: a comparison of cell-free RNA BCT(?) with K3EDTA tubes. Das K et al. Mol Diagn Ther. (2014)
Evaluation of nucleic acid stabilization products for ambient temperature shipping and storage of viral RNA and antibody in a dried whole blood format. Dauner AL et al. Am J Trop Med Hyg. (2015)