V mé bakalářské práci rešeršního typu jsem charakterizovala druh brusnice chocholičnatá (Vaccinium corymbosum) a několik dalších významných druhů rodu Vaccinium, které jsou šlechtiteli často využívány ke křížení s brusnicí chocholičnatou. Popsala jsem také základy pěstování a pěstitelskou typologii kultivarů brusnice chocholičnaté. Především se ale v této práci zabývám charakteristikou mikrosatelitních markerů, které slouží pro identifikaci kultivarů druhů rodu Vaccinium, především kultivarů brusnice chocholičnaté.
Popsala jsem zde 2 systémy mikrosatelitních markerů pro identifikaci kultivarů. První systém vycházel původně z 49 mikrosatelitních lokusů, z nichž bylo vybráno 28 polymorfních mikrosatelitních lokusů a ty byly použity k úspěšné identifikaci 71 kultivarů několika druhů rodu Vaccinium. Z těchto 28 mikrosatelitů autoři vybrali 9 mikrosatelitních lokusů, které měly spolehlivě hodnotitelný produkt bez artefaktů, a proto mají univerzální využití v rámci různých laboratoří. Druhý systém zahrnuje 11 polymorfních mikrosatelitních lokusů, podle kterých se dokáží spolehlivě identifikovat kultivary druhů rodu Vaccinium sekce Cyanococcus, kam patří brusnice chocholičnatá.
Anotace v angličtině
In my Bachelor thesis, there is characterized specie Vaccinium corymbosum and several types of species of genus Vaccinium which are most commonly crossed with this specie. The basics of breeding and cultivation typology of cultivars of V. corymbosum are there also described. However, primary aim of this thesis is description microsallite markers which can be used for identification of especially V. corymbosum cultivars.
There are covered two systems of microsatellite markers for identification of mainly V. corymbosum cultivars. The first system was based on forty nine microsatellite locuses. It was selected twenty eight polymorphic microsatellite locuses and these were used to successfully identication of seventy-one cultivars of Vaccinium species. It was selected only nine microsatellite locuses. These have offered useful product without artifacts and it is predicted posibility of its universal application within various laboratories. The second system includes eleven polymorphic microsatellite locuses which are useful for reliable identification cultivars of species of genus Vaccinium section Cyanococcus.
V mé bakalářské práci rešeršního typu jsem charakterizovala druh brusnice chocholičnatá (Vaccinium corymbosum) a několik dalších významných druhů rodu Vaccinium, které jsou šlechtiteli často využívány ke křížení s brusnicí chocholičnatou. Popsala jsem také základy pěstování a pěstitelskou typologii kultivarů brusnice chocholičnaté. Především se ale v této práci zabývám charakteristikou mikrosatelitních markerů, které slouží pro identifikaci kultivarů druhů rodu Vaccinium, především kultivarů brusnice chocholičnaté.
Popsala jsem zde 2 systémy mikrosatelitních markerů pro identifikaci kultivarů. První systém vycházel původně z 49 mikrosatelitních lokusů, z nichž bylo vybráno 28 polymorfních mikrosatelitních lokusů a ty byly použity k úspěšné identifikaci 71 kultivarů několika druhů rodu Vaccinium. Z těchto 28 mikrosatelitů autoři vybrali 9 mikrosatelitních lokusů, které měly spolehlivě hodnotitelný produkt bez artefaktů, a proto mají univerzální využití v rámci různých laboratoří. Druhý systém zahrnuje 11 polymorfních mikrosatelitních lokusů, podle kterých se dokáží spolehlivě identifikovat kultivary druhů rodu Vaccinium sekce Cyanococcus, kam patří brusnice chocholičnatá.
Anotace v angličtině
In my Bachelor thesis, there is characterized specie Vaccinium corymbosum and several types of species of genus Vaccinium which are most commonly crossed with this specie. The basics of breeding and cultivation typology of cultivars of V. corymbosum are there also described. However, primary aim of this thesis is description microsallite markers which can be used for identification of especially V. corymbosum cultivars.
There are covered two systems of microsatellite markers for identification of mainly V. corymbosum cultivars. The first system was based on forty nine microsatellite locuses. It was selected twenty eight polymorphic microsatellite locuses and these were used to successfully identication of seventy-one cultivars of Vaccinium species. It was selected only nine microsatellite locuses. These have offered useful product without artifacts and it is predicted posibility of its universal application within various laboratories. The second system includes eleven polymorphic microsatellite locuses which are useful for reliable identification cultivars of species of genus Vaccinium section Cyanococcus.
1. Shromáždění dostupných literárních zdrojů. 2. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce - charakteristika druhu brusnice chocholičnatá s důrazem k pěstovaným kultivarům a DNA markerům (mikrosatelitům) vhodným k jejich identifikaci.
Zásady pro vypracování
1. Shromáždění dostupných literárních zdrojů. 2. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce - charakteristika druhu brusnice chocholičnatá s důrazem k pěstovaným kultivarům a DNA markerům (mikrosatelitům) vhodným k jejich identifikaci.
Seznam doporučené literatury
1. Rowland, L.J., Mehra, S., Dhanaraj, A.L., Ogden, E.L., Slovin, J.P. (2003): Development of EST-PCR markers for DNA fingerprinting and genetic relationship studies in blueberry (Vaccinium section Cyanococcus). Journal of the American Society for Horticultural Science, 128: 682\textendash690. 2. Boches, P., Bassil, N.V., Rowland, L. (2005): Microsatellite markers for Vaccinium from EST and genomic libraries. Molecular Ecology Notes, 5: 657-660. 3. Bassil, N.V. (2012): Microsatellite Markers: Valuable in Vaccinium L. International Journal of Fruit Science, 12: 288\textendash293. 4. Bian, Y., Ballington, J., Raja, A., Brouwer, C., Reid, R., Burke, M., Wang, X., Rowland, L.J., Bassil, N., Brown, A. (2014): Patterns of simple sequence repeats in cultivated blueberries (Vaccinium section Cyanococcus spp.) and their use in revealing genetic diversity and population structure. Molecular Breeding, 34: 675\textendash689. 5. Basil, N., Bidani, A., Hummer, K., Rowland, L.J., Olmstead, J., Lyrene, P., Richards, C. (2018): Assessing genetic diversity of wild southeastern North American Vaccinium species using microsatellite markers. Genetic Resources and Crop Evolution, 65: 939\textendash950. 6. Basil, N., Bidani, A., Nyberg, A., Hummer, K., Rowland, L.J. (2020): Microsatellite markers confirm identity of blueberry (Vaccinium spp.) plants in the USDA-ARS National Clonal Germplasm Repository collection. Genetic Resources and Crop Evolution, 67: 393\textendash409.
Seznam doporučené literatury
1. Rowland, L.J., Mehra, S., Dhanaraj, A.L., Ogden, E.L., Slovin, J.P. (2003): Development of EST-PCR markers for DNA fingerprinting and genetic relationship studies in blueberry (Vaccinium section Cyanococcus). Journal of the American Society for Horticultural Science, 128: 682\textendash690. 2. Boches, P., Bassil, N.V., Rowland, L. (2005): Microsatellite markers for Vaccinium from EST and genomic libraries. Molecular Ecology Notes, 5: 657-660. 3. Bassil, N.V. (2012): Microsatellite Markers: Valuable in Vaccinium L. International Journal of Fruit Science, 12: 288\textendash293. 4. Bian, Y., Ballington, J., Raja, A., Brouwer, C., Reid, R., Burke, M., Wang, X., Rowland, L.J., Bassil, N., Brown, A. (2014): Patterns of simple sequence repeats in cultivated blueberries (Vaccinium section Cyanococcus spp.) and their use in revealing genetic diversity and population structure. Molecular Breeding, 34: 675\textendash689. 5. Basil, N., Bidani, A., Hummer, K., Rowland, L.J., Olmstead, J., Lyrene, P., Richards, C. (2018): Assessing genetic diversity of wild southeastern North American Vaccinium species using microsatellite markers. Genetic Resources and Crop Evolution, 65: 939\textendash950. 6. Basil, N., Bidani, A., Nyberg, A., Hummer, K., Rowland, L.J. (2020): Microsatellite markers confirm identity of blueberry (Vaccinium spp.) plants in the USDA-ARS National Clonal Germplasm Repository collection. Genetic Resources and Crop Evolution, 67: 393\textendash409.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce studentky Moniky Balažíkové zahájil prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucího práce RNDr. Petra Nádvorníka, Ph.D. a oponenta RNDr. Miloslava Kitnera, Ph.D.
Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
- Cíle práce
- Rod Vaccinium - charakteristika
- Brusnice chocholičnatá
- Mikrosatelity - systémy mikrosatelitních markerů používané k identifikaci kultivarů brusnice chocholičnaté
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
- Výběr tématu bakalářské práce
- Význam systémů identifikace odrůd a kultivarů kulturních plodin
- Molekulární metody (jiné než mikrosatelity) používané k identifikace kultivarů
Studentka na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagovala pohotově a adekvátně.