Infekce lidským papilomavirem (HPV) je hlavní příčinou rozvoje invazivního cervikálního karcinomu (ICC). Primární HPV testování je stále více zaváděno do cervikálních screeningových programů. Pro primární HPV screening je nutné vyvinout vhodnou triážovou metodu, jejímž cílem je rozlišení HPV pozitivních pacientek s vyšším rizikem a HPV pozitivních pacientek s nižším rizikem následného rozvoje ICC. Detekce různých molekulárních markerů, jako je míra exprese microRNA (miRNA), je slibnou metodou pro triážové testování HPV pozitivních pacientů. Ve screeningové populaci českých žen (n=1044) byla hrHPV pozitivita detekována u 160 žen (15,3 %). U těchto žen byla sledována konkordance detekce HPV u cervikálních a cervikovaginálních stěrů. Výsledek hrHPV detekce se shodoval u 92,9 % párových vzorků. Analýza změny exprese miRNA nepotvrdila možnost použití vybraných miRNA pro triážové testování v primárním HPV screeningu.
Anotace v angličtině
Infection by human papillomavirus (HPV) is the main cause of the developing of invasive cervical cancer (ICC). Primary HPV testing is increasingly implemented in cervical cancer screening programs. It is a necessary to develop new appropriate triage method, that can stratify HPV-positive patients at increased risk of developing ICC and HPV-positive patients at low risk of ICC. Detection of various molecular markers, such as levels of microRNA (miRNA) expression, is promising method for triage testing of HPV-positive patients. In screening population of Czech women (n=1044), 160 women (15,3 %) were tested hrHPV-positive. Concordance of hrHPV detection was tested in cervical and cervicovaginal smears. Concordance of hrHPV testing in paired samples was 92.9%. Analysis of miRNA expression changes did not confirm the usability of selected miRNA for triage testing in primary HPV screening.
human papillomavirus, triage test, microRNA, cervical screening
Rozsah průvodní práce
87 s.
Jazyk
CZ
Anotace
Infekce lidským papilomavirem (HPV) je hlavní příčinou rozvoje invazivního cervikálního karcinomu (ICC). Primární HPV testování je stále více zaváděno do cervikálních screeningových programů. Pro primární HPV screening je nutné vyvinout vhodnou triážovou metodu, jejímž cílem je rozlišení HPV pozitivních pacientek s vyšším rizikem a HPV pozitivních pacientek s nižším rizikem následného rozvoje ICC. Detekce různých molekulárních markerů, jako je míra exprese microRNA (miRNA), je slibnou metodou pro triážové testování HPV pozitivních pacientů. Ve screeningové populaci českých žen (n=1044) byla hrHPV pozitivita detekována u 160 žen (15,3 %). U těchto žen byla sledována konkordance detekce HPV u cervikálních a cervikovaginálních stěrů. Výsledek hrHPV detekce se shodoval u 92,9 % párových vzorků. Analýza změny exprese miRNA nepotvrdila možnost použití vybraných miRNA pro triážové testování v primárním HPV screeningu.
Anotace v angličtině
Infection by human papillomavirus (HPV) is the main cause of the developing of invasive cervical cancer (ICC). Primary HPV testing is increasingly implemented in cervical cancer screening programs. It is a necessary to develop new appropriate triage method, that can stratify HPV-positive patients at increased risk of developing ICC and HPV-positive patients at low risk of ICC. Detection of various molecular markers, such as levels of microRNA (miRNA) expression, is promising method for triage testing of HPV-positive patients. In screening population of Czech women (n=1044), 160 women (15,3 %) were tested hrHPV-positive. Concordance of hrHPV detection was tested in cervical and cervicovaginal smears. Concordance of hrHPV testing in paired samples was 92.9%. Analysis of miRNA expression changes did not confirm the usability of selected miRNA for triage testing in primary HPV screening.
human papillomavirus, triage test, microRNA, cervical screening
Zásady pro vypracování
Součástí teoretické části diplomové práce bude vypracování literární rešerše na téma asociace infekce lidským papilomavirem (HPV) s rozvojem různých typů nádorových onemocnění. Práce bude poté zaměřena na HPV infekci a její vliv na karcinogenezi cervikálního karcinomu, na primární HPV cervikální skríning a možnosti použití různých triážových testů pro selekci HPV-pozitivních žen s vyšším rizikem rozvoje cervikálního karcinomu. Praktická část bude zaměřena na srovnání HPV pozitivity u párových vzorků - cervikálních stěrů, odebraných gynekologem a cervikovaginálních stěrů, odebraných samoodběrem u minimálně 500 žen ze skríningové populace. U HPV-pozitivních žen bude provedena genotypizace jednotlivých HPV podtypů a bude sledována exprese miRNA. Cílem práce je stanovit miRNA profil, který by byl použitelný jako triážový test pro HPV-pozitivní ženy. Tento miRNA profil bude testován jak u cervikálních, tak u cervikovaginálních stěrů.
Zásady pro vypracování
Součástí teoretické části diplomové práce bude vypracování literární rešerše na téma asociace infekce lidským papilomavirem (HPV) s rozvojem různých typů nádorových onemocnění. Práce bude poté zaměřena na HPV infekci a její vliv na karcinogenezi cervikálního karcinomu, na primární HPV cervikální skríning a možnosti použití různých triážových testů pro selekci HPV-pozitivních žen s vyšším rizikem rozvoje cervikálního karcinomu. Praktická část bude zaměřena na srovnání HPV pozitivity u párových vzorků - cervikálních stěrů, odebraných gynekologem a cervikovaginálních stěrů, odebraných samoodběrem u minimálně 500 žen ze skríningové populace. U HPV-pozitivních žen bude provedena genotypizace jednotlivých HPV podtypů a bude sledována exprese miRNA. Cílem práce je stanovit miRNA profil, který by byl použitelný jako triážový test pro HPV-pozitivní ženy. Tento miRNA profil bude testován jak u cervikálních, tak u cervikovaginálních stěrů.
Seznam doporučené literatury
1. Snoek BC, Verlaat W, Babion I, Novianti PW, van de Wiel MA, Wilting SM, van Trommel NE, Bleeker MCG, Massuger LFAG, Melchers WJG, Sie D, Heideman DAM, Snijders PJF, Meijer CJLM, Steenbergen RDM. Genome-wide microRNA analysis of HPV-positive self-samples yields novel triage markers for early detection of cervical cancer. Int J Cancer. 2018 Sep 7. doi: 10.1002/ijc.31855.
2. Babion I, Snoek BC, van de Wiel MA, Wilting SM, Steenbergen RDM. A Strategy to Find Suitable Reference Genes for miRNA Quantitative PCR Analysis and Its Application to Cervical Specimens. J Mol Diagn. 2017 Sep;19(5):625-637. doi: 10.1016/j.jmoldx.2017.04.010.
3. Babion I, Snoek BC, Novianti PW, Jaspers A, van Trommel N, Heideman DAM, Meijer CJLM, Snijders PJF, Steenbergen RDM, Wilting SM. Triage of high-risk HPV-positive women in population-based screening by miRNA expression analysis in cervical scrapes; a feasibility study. Clin Epigenetics. 2018 Jun 7;10:76. doi: 10.1186/s13148-018-0509-9. eCollection 2018.
4. Pardini B, De Maria D, Francavilla A, Di Gaetano C, Ronco G, Naccarati A.MicroRNAs as markers of progression in cervical cancer: a systematic review. BMC Cancer. 2018 Jun 27;18(1):696. doi: 10.1186/s12885-018-4590-4.
5. Wentzensen N, Schiffman M, Palmer T, Arbyn M. Triage of HPV positive women in cervical cancer screening. J Clin Virol. 2016 Mar;76 Suppl 1:S49-S55. doi: 10.1016/j.jcv.2015.11.015. Epub 2015 Nov 28. Review.
Seznam doporučené literatury
1. Snoek BC, Verlaat W, Babion I, Novianti PW, van de Wiel MA, Wilting SM, van Trommel NE, Bleeker MCG, Massuger LFAG, Melchers WJG, Sie D, Heideman DAM, Snijders PJF, Meijer CJLM, Steenbergen RDM. Genome-wide microRNA analysis of HPV-positive self-samples yields novel triage markers for early detection of cervical cancer. Int J Cancer. 2018 Sep 7. doi: 10.1002/ijc.31855.
2. Babion I, Snoek BC, van de Wiel MA, Wilting SM, Steenbergen RDM. A Strategy to Find Suitable Reference Genes for miRNA Quantitative PCR Analysis and Its Application to Cervical Specimens. J Mol Diagn. 2017 Sep;19(5):625-637. doi: 10.1016/j.jmoldx.2017.04.010.
3. Babion I, Snoek BC, Novianti PW, Jaspers A, van Trommel N, Heideman DAM, Meijer CJLM, Snijders PJF, Steenbergen RDM, Wilting SM. Triage of high-risk HPV-positive women in population-based screening by miRNA expression analysis in cervical scrapes; a feasibility study. Clin Epigenetics. 2018 Jun 7;10:76. doi: 10.1186/s13148-018-0509-9. eCollection 2018.
4. Pardini B, De Maria D, Francavilla A, Di Gaetano C, Ronco G, Naccarati A.MicroRNAs as markers of progression in cervical cancer: a systematic review. BMC Cancer. 2018 Jun 27;18(1):696. doi: 10.1186/s12885-018-4590-4.
5. Wentzensen N, Schiffman M, Palmer T, Arbyn M. Triage of HPV positive women in cervical cancer screening. J Clin Virol. 2016 Mar;76 Suppl 1:S49-S55. doi: 10.1016/j.jcv.2015.11.015. Epub 2015 Nov 28. Review.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
V úvodní části obhajoby student Ondřej Bouška seznámil komisi s hlavními částmi a výsledky své závěrečné práce: "miRNA jako triážový test u HPV-pozitivních pacientů"
Následovalo přečtení posudku vedoucí diplomové práce Dr. Koudelákové a poté oponentky Dr. Jaworek (v zastoupení).
V průběhu obhajoby student reagoval na následující připomínky a dotazy oponentky:
1. U testů QIAscreen (str. 44) a QIAsure (str. 52) máte uvedeno, že testování vzorků bylo provedeno laboranty ÚMTM. Mohl byste, prosím, blíže specifikovat svůj podíl práce na statistickém zpracování dat a vyšetření 1044 párových vzorků metodou Hybrid Capture 2?
2. V experimentální části uvádíte, že pro profilování exprese miRNA bylo na základě odborné literatury vybráno celkem 15 miRNA (str. 49) následně jste testoval pouze 5 miRNA. Mohl byste vysvětlit proč?
3. Na str. 27 uvádíte, že celkem 193 komerčních HPV screeningových testů, z nichž minimálně 127 bylo na trhu volně dostupných, pouze velmi malá část však vyhovuje požadavkům pro HPV screeningové testy v rámci plošného cervikálního screeningu. Jaké jsou požadavky, které musí testy validované pro primární cervikální screening splňovat?
4. V práci uvádíte, že jste jako endogenní kontrolu chtěli použít gen pro hsa-miR-423-3p. Následně jste ale zjistili, že exprese této miRNA je pravděpodobně ovlivněna už samotnou přítomností hrHPV, a proto není vhodná pro normalizaci ostatních testovaných miRNA. Jaké jiné miRNA by bylo možné použít jako endogenní kontrolu místo ní?
Další dotazy z řad členů komise a auditoria:
Doc. Urban: Existuje u nás podobná studie jako ta vaše? Kolik studií je prováděno v zahraničí? Existuje přenos těchto virů mezidruhově?
Prof. Hradil: Uvedl jste, že byl zachycen stejný počet žen oběma screeningovými testy. Jedná se o stejné ženy?
Prof. Hlaváč: Jaká je požadována shoda testů? Práce je tedy zaměřena na porovnání vzorků a různých metod (se známou metodikou)? Jaký je tedy váš podíl na statistickém zpracování?
Doc. Cankař: Je z vaší studie zřejmé, jakou účinnost má očkování proti HPV?
Dr. Krajčovičové: Proč nebyly do studie zahrnuty mladší ročníky? Co znamenají čísla u konkrétních HPV virů.
Mgr. Slavík: Uvažovali jste o použití virových miRNA?
Všechny dotazy položené oponentkou i členy komise student uspokojivě zodpověděl.
Práce byla hodnocena známkou: A