Tato diplomová práce se zabývá B-nehodgkinským lymfomem (B-NHL) a molekulárně cytogenetickými změnami, které jej doprovázejí a mají diagnostický a prognostický význam. Patří mezi ně zejména přestavby kandidátních genů MYC, BCL2 a BCL6, ale i další aberace. Nejvhodnějším způsobem jejich detekce je cytogenetické a molekulárně cytogenetické vyšetření nativního nádorového materiálu, ten je však u většiny pacientů obtížné získat. Proto se vyšetření nejčastěji provádí metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH) na parafínových (FFPE) řezech nádorových tkání odebraných pro histologické vyšetření.
V období od října 2018 do března 2020 bylo celkem vyšetřeno 43 pacientů s B-NHL, u kterých bylo třeba upřesnit diagnózu a stanovit subtyp onemocnění. Dalších 23 pacientů bylo vyšetřeno retrospektivně ve spolupráci s Ústavem klinické a molekulární patologie. Tento soubor pacientů byl sestaven na základě morfologického a histologického nálezu high-grade B-buněčného lymfomu, u kterého bylo podezření na diagnózu double/triple hit lymfomu (DHL/THL). U všech pacientů byla provedena FISH na FFPE řezech s komerčně dostupnými genovými sondami. Pokud byl k dispozici nativní nádorový materiál, bylo provedeno klasické cytogenetické vyšetření metodou FISH, případně mFISH, (mnohobarevná FISH) na kultivovaných buňkách. Z prvního souboru 43 pacientů bylo úspěšně vyšetřeno 34 pacientů, z toho u 30 byly nalezeny různé chromozomové aberace, které byly zahrnuty do klinického hodnocení a napomohly k přesnějšímu stanovení diagnózy a léčebného postupu. Z 23 retrospektivně vyšetřených pacientů s podezřením na high-grade B-lymfom, bylo úspěšně vyšetřeno 14 pacientů. Jedna pacientka byla na základě prokázané přestavby genů MYC a BCL6 zařazena do nově vzniklé kategorie DHL.
Anotace v angličtině
This master thesis is focused on B-nonhodgkin lymphoma (B-NHL) and accompanying molecular cytogenetic changes, which have diagnostic and prognostic significance. These include, in particular, rearrangements of the candidate genes MYC, BCL2 and BCL6, but also other aberrations. The best way to detect these aberrations is to perform cytogenetic and molecular cytogenetic examination of native tumor material. Unfortunately, it is difficult to obtain suitable material in most patients. Therefore the examination is most often performed by fluorescence in situ hybridization (FISH) on formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue taken for histological examination.
A total of 43 patients with B-NHL were examined from October 2018 to March 2020, in whom the diagnosis had to be clarified and the disease subtype specified. Another cohort of 23 patients was examined retrospectively in collaboration with the Institute of Clinical and Molecular Pathology. These patients were selected based on morphological and histological findings of high-grade B-cell lymphoma, in which a diagnosis of double/triple hit lymphoma (DHL/THL) was suspected. All of them were investigated by FISH on FFPE tissues with the commercially available probes. If native tumor material was available, classical cytogenetic examination supplemented with FISH or mFISH (multicolor FISH) was performed on cultured cells. Thirty-four patients out of 43 patients of the first group, were successfully examined. Various chromosomal aberrations were found in 30 of them. Results were included in the clinical decision making and contributed to specify the diagnosis and to determine appropriate treatment strategy. Fourteen patients out of 23 retrospectively examined patients with suspected high-grade B-lymphoma,were successfully tested. One patient was included in the newly formed DHL category based on a rearrangement of the MYC and BCL6 genes.
B-nonhodgkin lymphoma (B-NHL), diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue, fluorescence in situ hybridization (FISH)
Rozsah průvodní práce
57
Jazyk
CZ
Anotace
Tato diplomová práce se zabývá B-nehodgkinským lymfomem (B-NHL) a molekulárně cytogenetickými změnami, které jej doprovázejí a mají diagnostický a prognostický význam. Patří mezi ně zejména přestavby kandidátních genů MYC, BCL2 a BCL6, ale i další aberace. Nejvhodnějším způsobem jejich detekce je cytogenetické a molekulárně cytogenetické vyšetření nativního nádorového materiálu, ten je však u většiny pacientů obtížné získat. Proto se vyšetření nejčastěji provádí metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH) na parafínových (FFPE) řezech nádorových tkání odebraných pro histologické vyšetření.
V období od října 2018 do března 2020 bylo celkem vyšetřeno 43 pacientů s B-NHL, u kterých bylo třeba upřesnit diagnózu a stanovit subtyp onemocnění. Dalších 23 pacientů bylo vyšetřeno retrospektivně ve spolupráci s Ústavem klinické a molekulární patologie. Tento soubor pacientů byl sestaven na základě morfologického a histologického nálezu high-grade B-buněčného lymfomu, u kterého bylo podezření na diagnózu double/triple hit lymfomu (DHL/THL). U všech pacientů byla provedena FISH na FFPE řezech s komerčně dostupnými genovými sondami. Pokud byl k dispozici nativní nádorový materiál, bylo provedeno klasické cytogenetické vyšetření metodou FISH, případně mFISH, (mnohobarevná FISH) na kultivovaných buňkách. Z prvního souboru 43 pacientů bylo úspěšně vyšetřeno 34 pacientů, z toho u 30 byly nalezeny různé chromozomové aberace, které byly zahrnuty do klinického hodnocení a napomohly k přesnějšímu stanovení diagnózy a léčebného postupu. Z 23 retrospektivně vyšetřených pacientů s podezřením na high-grade B-lymfom, bylo úspěšně vyšetřeno 14 pacientů. Jedna pacientka byla na základě prokázané přestavby genů MYC a BCL6 zařazena do nově vzniklé kategorie DHL.
Anotace v angličtině
This master thesis is focused on B-nonhodgkin lymphoma (B-NHL) and accompanying molecular cytogenetic changes, which have diagnostic and prognostic significance. These include, in particular, rearrangements of the candidate genes MYC, BCL2 and BCL6, but also other aberrations. The best way to detect these aberrations is to perform cytogenetic and molecular cytogenetic examination of native tumor material. Unfortunately, it is difficult to obtain suitable material in most patients. Therefore the examination is most often performed by fluorescence in situ hybridization (FISH) on formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue taken for histological examination.
A total of 43 patients with B-NHL were examined from October 2018 to March 2020, in whom the diagnosis had to be clarified and the disease subtype specified. Another cohort of 23 patients was examined retrospectively in collaboration with the Institute of Clinical and Molecular Pathology. These patients were selected based on morphological and histological findings of high-grade B-cell lymphoma, in which a diagnosis of double/triple hit lymphoma (DHL/THL) was suspected. All of them were investigated by FISH on FFPE tissues with the commercially available probes. If native tumor material was available, classical cytogenetic examination supplemented with FISH or mFISH (multicolor FISH) was performed on cultured cells. Thirty-four patients out of 43 patients of the first group, were successfully examined. Various chromosomal aberrations were found in 30 of them. Results were included in the clinical decision making and contributed to specify the diagnosis and to determine appropriate treatment strategy. Fourteen patients out of 23 retrospectively examined patients with suspected high-grade B-lymphoma,were successfully tested. One patient was included in the newly formed DHL category based on a rearrangement of the MYC and BCL6 genes.
B-nonhodgkin lymphoma (B-NHL), diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), formalin fixed paraffin embedded (FFPE) tissue, fluorescence in situ hybridization (FISH)
Zásady pro vypracování
Cílem práce je určení přestaveb kandidátních genů pomocí metody FISH (fluorescenční in-situ hybridizace) u pacientů s B-nehodgkinskými lymfomy (B-NHL) 1.Sestavení souboru pacientů s B-NHL s imunohistochemicky stanovenou expresí genů MYC, BCL2, BCL6 a dalších 2.Provádění metody FISH na parafinových řezech tkání s použitím sond specifických pro B-NHL: MYC, BCL2, BCL6 a dalších, vyhodnocení výsledků pod fluorescenčním mikroskopem 3.Analýza získaných dat a jejich klinického významu 4.Studium literatury
Zásady pro vypracování
Cílem práce je určení přestaveb kandidátních genů pomocí metody FISH (fluorescenční in-situ hybridizace) u pacientů s B-nehodgkinskými lymfomy (B-NHL) 1.Sestavení souboru pacientů s B-NHL s imunohistochemicky stanovenou expresí genů MYC, BCL2, BCL6 a dalších 2.Provádění metody FISH na parafinových řezech tkání s použitím sond specifických pro B-NHL: MYC, BCL2, BCL6 a dalších, vyhodnocení výsledků pod fluorescenčním mikroskopem 3.Analýza získaných dat a jejich klinického významu 4.Studium literatury
Seznam doporučené literatury
Indrák K. Hematologie a transfúzní lékařství. Triton 2013. Michalová K. Úvod do lidské cytogenetiky . IDVPZ Brno 1999. Adam Z., Vorlíček J a kol. Hematologie II. Přehled maligních hematologických nemocí. Grada 2001. Lexová S. a kol. Hematologie pro zdravotní laboranty, 1.díl. IDVPZ Brno 2000. Swerdlow SH a kol. WHO Classification of Tumours of Hematopoietic and Lymphoid Tissues, Lyon 2017. Hudeček J a kol. Double-hit difuzní velkobuněčný B-lymfom. Onkológia, 2015. Merron B a kol. Double hit lymphoma: How do we define it and how do we treat it? Best Pract Res Clin Haematol. 2018. Rosenthal A a kol. High grade B-cell lymphoma with rearrangements of MYC and BCL2 and/or BCL6: Double hit and triple hit lymphomas and double expressing lymphoma. Blood Rev. 2017.
Seznam doporučené literatury
Indrák K. Hematologie a transfúzní lékařství. Triton 2013. Michalová K. Úvod do lidské cytogenetiky . IDVPZ Brno 1999. Adam Z., Vorlíček J a kol. Hematologie II. Přehled maligních hematologických nemocí. Grada 2001. Lexová S. a kol. Hematologie pro zdravotní laboranty, 1.díl. IDVPZ Brno 2000. Swerdlow SH a kol. WHO Classification of Tumours of Hematopoietic and Lymphoid Tissues, Lyon 2017. Hudeček J a kol. Double-hit difuzní velkobuněčný B-lymfom. Onkológia, 2015. Merron B a kol. Double hit lymphoma: How do we define it and how do we treat it? Best Pract Res Clin Haematol. 2018. Rosenthal A a kol. High grade B-cell lymphoma with rearrangements of MYC and BCL2 and/or BCL6: Double hit and triple hit lymphomas and double expressing lymphoma. Blood Rev. 2017.
Přílohy volně vložené
CD ROM
Přílohy vázané v práci
grafy, schémata, tabulky
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu diplomové práce studentky Bc. Barbory Čudové zahájil prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc. et Ph.D. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce.
Následovalo přečtení posudku vedoucí práce Mgr. Heleny Urbánkové, Ph.D. a oponentky RNDr. Mileny Holzerové, Ph.D.
Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
- B - nehodgkinovské lymfomy - etiologie, charakteristika, dělení
- Přestavby chromozomů asociované s jednotlivými typy lymfomů
- FISH vzorků z tkání s lymfomy - způsob provedení, princip, úskalí metody
- Příprava biologického materiálu k analýze pomocí FISH
- Experimentální provedení práce a její výsledky
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
- Ovlivnění translokačních partnerů genem IGH a jeho působení
- Klasické cytogenetické a molekulárně cytogenetické vyšetření
- Technické zpracování FISH
- Jiný způsob provedení řezů než s použitím parafinu
Studentka na dotazy položené oponentkou práce a členy komise reagovala pohotově, věcně a přiměřeně.