Informace o kvalifikační práci Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus).
- Všechny požadované údaje o této VŠKP jsou vyplněny.
Hlavní téma
Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus)
Hlavní téma v angličtině
Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus)
Název dle studenta
Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus).
Název dle studenta v angličtině
Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus).
V této bakalářské práci jsem pomocí metody cross-species PCR amplifikace hledala polymorfní mikrosatelitní lokusy vyskytující se u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus). Amplifikované mikrosatelitní lokusy pocházely od ptáků z řádu tučňáci a univerzálních ptačích mikrosatelitů (EST ptačích mikrosatelitů a konzervovaných ptačích mikrosatelitů).
V teoretické části jsem se zabývala taxonomickým zařazením pelikána bílého a jeho charakteristikou. Popsala jsem řád pelikáni, čeleď pelikánovití a také biologii pelikána bílého. Dále jsem se zabývala obecnou charakteristikou mikrosatelitů a popsala jsem mikrosatelity z řádu tučňáci a univerzální ptačí mikrosatelity.
V praktické části jsem provedla cross-species PCR amplifikaci celkem se 173 páry primerů na genomické DNA šesti nepříbuzných jedinců pelikána bílého. Z nich bylo 113 párů primerů navržených pro amplifikaci mikrosatelitů 9 druhů tučňáků, 36 párů primerů pro amplifikaci EST ptačích mikrosatelitů a 24 párů primerů pro amplifikaci konzervovaných ptačích mikrosatelitů. Prostřednictvím 34 párů primerů jsem u 6 nepříbuzných jedinců pelikána bílého nalezla celkem 35 polymorfních mikrosatelitních lokusů, protože jeden pár primerů (TG13-016) poskytl dva polymorfní produkty. 18 párů primerů poskytujících polymorfní produkt bylo navrženo pro mikrosatelity 7 druhů tučňáků, 9 párů primerů poskytujících 10 polymorfních produktů bylo navrženo pro EST ptačí mikrosatelity a 7 párů primerů poskytujících polymorfní produkt bylo navrženo pro konzervované ptačí mikrosatelity.
Anotace v angličtině
In this bachelor thesis I used the method of cross species PCR amplification to search for polymorphic microsatellite loci occurring in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus). Amplified microsatellite loci came from Sphenisciformes and universal avian microsatellites (EST avian microsatellites and conserved avian microsatellites).
The theoretical part looked into taxonomic classification of Great White Pelican and its characteristic. I described the order of the pelicans, the family of the pelican and the biology of the Great White Pelican. Then I looked into general characteristics of microsatellites and I described microsatellites of the Sphenisciformes and universal avian microsatellites.
In the experimental part I did cross-species PCR amplification of a total of 173 pairs of primers on genomic DNA of six unrelated individuals of Great White Pelican. Of these, 113 pairs of primers were designed to amplify microsatellites in 9 species of penguins, 36 pairs of primers were designed to amplify EST avian microsatellites and 24 pairs of primers were designed to amplify conserved avian microsatellites. I found 34 pairs of primers that amplify 35 polymorphic microsatellite loci in Great White Pelican because one pair of primer (TG13-016) provided two polymorphic products. 18 pairs of primers providing a polymorphic product were designed for the microsatellites of 7 species of penguins, 9 pairs of primers providing 10 polymorphic products were designed for EST avian microsatellites and 7 pairs of primers providing 7 polymorphic products were designed for conserved avian microsatellites.
Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus), penguins (Sphenisciformes), DNA, microsatellite, cross-species PCR amplification
Rozsah průvodní práce
51
Jazyk
CZ
Anotace
V této bakalářské práci jsem pomocí metody cross-species PCR amplifikace hledala polymorfní mikrosatelitní lokusy vyskytující se u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus). Amplifikované mikrosatelitní lokusy pocházely od ptáků z řádu tučňáci a univerzálních ptačích mikrosatelitů (EST ptačích mikrosatelitů a konzervovaných ptačích mikrosatelitů).
V teoretické části jsem se zabývala taxonomickým zařazením pelikána bílého a jeho charakteristikou. Popsala jsem řád pelikáni, čeleď pelikánovití a také biologii pelikána bílého. Dále jsem se zabývala obecnou charakteristikou mikrosatelitů a popsala jsem mikrosatelity z řádu tučňáci a univerzální ptačí mikrosatelity.
V praktické části jsem provedla cross-species PCR amplifikaci celkem se 173 páry primerů na genomické DNA šesti nepříbuzných jedinců pelikána bílého. Z nich bylo 113 párů primerů navržených pro amplifikaci mikrosatelitů 9 druhů tučňáků, 36 párů primerů pro amplifikaci EST ptačích mikrosatelitů a 24 párů primerů pro amplifikaci konzervovaných ptačích mikrosatelitů. Prostřednictvím 34 párů primerů jsem u 6 nepříbuzných jedinců pelikána bílého nalezla celkem 35 polymorfních mikrosatelitních lokusů, protože jeden pár primerů (TG13-016) poskytl dva polymorfní produkty. 18 párů primerů poskytujících polymorfní produkt bylo navrženo pro mikrosatelity 7 druhů tučňáků, 9 párů primerů poskytujících 10 polymorfních produktů bylo navrženo pro EST ptačí mikrosatelity a 7 párů primerů poskytujících polymorfní produkt bylo navrženo pro konzervované ptačí mikrosatelity.
Anotace v angličtině
In this bachelor thesis I used the method of cross species PCR amplification to search for polymorphic microsatellite loci occurring in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus). Amplified microsatellite loci came from Sphenisciformes and universal avian microsatellites (EST avian microsatellites and conserved avian microsatellites).
The theoretical part looked into taxonomic classification of Great White Pelican and its characteristic. I described the order of the pelicans, the family of the pelican and the biology of the Great White Pelican. Then I looked into general characteristics of microsatellites and I described microsatellites of the Sphenisciformes and universal avian microsatellites.
In the experimental part I did cross-species PCR amplification of a total of 173 pairs of primers on genomic DNA of six unrelated individuals of Great White Pelican. Of these, 113 pairs of primers were designed to amplify microsatellites in 9 species of penguins, 36 pairs of primers were designed to amplify EST avian microsatellites and 24 pairs of primers were designed to amplify conserved avian microsatellites. I found 34 pairs of primers that amplify 35 polymorphic microsatellite loci in Great White Pelican because one pair of primer (TG13-016) provided two polymorphic products. 18 pairs of primers providing a polymorphic product were designed for the microsatellites of 7 species of penguins, 9 pairs of primers providing 10 polymorphic products were designed for EST avian microsatellites and 7 pairs of primers providing 7 polymorphic products were designed for conserved avian microsatellites.
Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus), penguins (Sphenisciformes), DNA, microsatellite, cross-species PCR amplification
Zásady pro vypracování
1. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce.
2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
3. PCR amplifikace DNA pelikána bílého s využitím cross-species primerů pro ptáky z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů.
Zásady pro vypracování
1. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce.
2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
3. PCR amplifikace DNA pelikána bílého s využitím cross-species primerů pro ptáky z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů.
Seznam doporučené literatury
1) Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573.
2) Dawson, D.A. et al. (2013): High-utility conserved avian microsatellite markers enable parentage and population studies across a wide range of species. BMC Genomics, 14, 176.
3) Dawson, D.A. et al. (2010): New methods to identify conserved microsatellite loci and
develop primer sets of high cross-species utility as demonstrated for birds. Molecular Ecology Resources, 10, 475-494.
4) Ahmed, S. et al. (2009): Isolation and characterization of macaroni penguin (Eudyptes chrysolophus) microsatellite loci and their utility in other penguin species (Spheniscidae, AVES). Molecular Ecology Resources, 9, 1530-1535.
5) Vivianna, J.A. et al. (2017): Comparative genome-wide polymorphic microsatellite markers in Antarctic penguins through next generation sequencing. Genetics and Molecular Biology, 840, 676-687.
Seznam doporučené literatury
1) Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573.
2) Dawson, D.A. et al. (2013): High-utility conserved avian microsatellite markers enable parentage and population studies across a wide range of species. BMC Genomics, 14, 176.
3) Dawson, D.A. et al. (2010): New methods to identify conserved microsatellite loci and
develop primer sets of high cross-species utility as demonstrated for birds. Molecular Ecology Resources, 10, 475-494.
4) Ahmed, S. et al. (2009): Isolation and characterization of macaroni penguin (Eudyptes chrysolophus) microsatellite loci and their utility in other penguin species (Spheniscidae, AVES). Molecular Ecology Resources, 9, 1530-1535.
5) Vivianna, J.A. et al. (2017): Comparative genome-wide polymorphic microsatellite markers in Antarctic penguins through next generation sequencing. Genetics and Molecular Biology, 840, 676-687.
Přílohy volně vložené
1 CD
Přílohy vázané v práci
ilustrace, grafy, schémata, tabulky
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce studentky Hany Kremlové zahájil prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucího práce RNDr. Petra Nádvorníka, Ph.D.
a oponenta RNDr. Miloslava Kitnera, Ph.D.
Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
- pelikán bílý: charakteristika druhu
- mikrosatelity: charakteristika, vznik a výskyt v genomu organismů, praktické využití
- design experimentu s použitím cross-species primerů pro ptáky řádu tučňáci
- identifikace 35 polymorfních mikrosatelitních lokusů
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
- formální nedostatky: psaní číslic na začátku vět
- molekulární lepidlo: slangový laboratorní termín a jeho náhrada
- využití mikrosatelitních markerů pro studium fylogeneze u ptáků a jiných organismů: publikace
- molekulární markery upřednosňované v systematice organismů
- původ mikrosatelitů: vznik mikrosatelitů delecí (?)
- příbuznost testovaných jedinců, definice příbuznosti; detekce příbuzných jedinců v testovaném souboru vzorků
Studentka na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagovala adekvátně, s znalostí prezentované problematiky.