Informace o kvalifikační práci Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u čápa bílého (Ciconia ciconia)
V teoretické části jsem se nejprve věnovala taxonomickému zařazením řádu brodiví do systému ptáků a jak se tento systém v minulosti vyvíjel. Uvedla jsem bližší charakteristiku řádu brodiví, čeledi čápovití a čápa bílého jako testovaného druhu. Dále jsem se věnovala obecné charakteristice mikrosatelitů jako takových, mikrosatelitům z řádu tučňáci a univerzálním ptačím mikrosatelitům. V poslední části jsem popsala způsoby hledání mikrosatelitových lokusů se zaměřením na cross-species PCR amplifikaci.
V praktické části jsem testovala polymorfismus mikrosatelitových lokusů na genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa bílého s využitím 173 párů primerů, z nichž 113 bylo od zástupců z řádu tučňáci, 36 párů primerů bylo navržených pro amplifikaci EST ptačích mikrosatelitů a 24 párů primerů navržených pro amplifikaci konzervovaných ptačích mikrosatelitů. Těmito páry primerů jsem u 6 nepříbuzných jedinců čápa bílého detekovala celkem 19 polymorfních lokusů, z toho 9 polymorfních mikrosatelitů bylo navrženo pro mikrosatelity 6 druhů tučňáků a po 5 polymorfních mikrosatelitech navržených pro EST ptačí mikrosatelity a pro konzervované ptačí mikrosatelity.
Anotace v angličtině
In the Theoretical Part, I commenced with the taxonomic categorization of the order Ciconiiformes into the avian system and its historical development. The closer characterisations of the order Ciconiiformes, Ciconiidae and White Stork respectively were provided. Furthermore, microsatellites in general, microsatellites in Sphenisciformes and universal avian microsatellites were characterised. In the last chapter, the methods for finding polymorphic microsatellite loci with the focus on crossspecies PCR amplification were described.
In the Practical Part, I examined the polymorphism of microsatellite loci on genome DNA of 6 non-relative White Storks using 173 pairs of primers. Out of the 173 primers, 113 pairs were extracted from the order of Sphenisciformes, 36 pairs were intended for the amplification of EST avian microsatellites and 24 pairs were intended for the amplification of conserved avian microsatellites. Using the aforementioned pairs of primers, I detected an overall 19 polymorphic loci in 6 non-related White Storks. The 19 identified polymorphic loci consisted of 9 polymorphic microsatellites from the group of microsatellites of 6 Penguin species, 5 polymorphic microsatellites designed for EST avian microsatellites and 5 polymorphic microsatellites designed for conserved avian microsatellites.
Klíčová slova
brodiví, Ciconia ciconia, čáp bílý, mikrosatelity, cross species PCR amplifikace
Klíčová slova v angličtině
Ciconiiformes, Ciconia ciconia, White Stork, microsatellites, crossspecies PCR amplification
Rozsah průvodní práce
45 s.
Jazyk
CZ
Anotace
V teoretické části jsem se nejprve věnovala taxonomickému zařazením řádu brodiví do systému ptáků a jak se tento systém v minulosti vyvíjel. Uvedla jsem bližší charakteristiku řádu brodiví, čeledi čápovití a čápa bílého jako testovaného druhu. Dále jsem se věnovala obecné charakteristice mikrosatelitů jako takových, mikrosatelitům z řádu tučňáci a univerzálním ptačím mikrosatelitům. V poslední části jsem popsala způsoby hledání mikrosatelitových lokusů se zaměřením na cross-species PCR amplifikaci.
V praktické části jsem testovala polymorfismus mikrosatelitových lokusů na genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa bílého s využitím 173 párů primerů, z nichž 113 bylo od zástupců z řádu tučňáci, 36 párů primerů bylo navržených pro amplifikaci EST ptačích mikrosatelitů a 24 párů primerů navržených pro amplifikaci konzervovaných ptačích mikrosatelitů. Těmito páry primerů jsem u 6 nepříbuzných jedinců čápa bílého detekovala celkem 19 polymorfních lokusů, z toho 9 polymorfních mikrosatelitů bylo navrženo pro mikrosatelity 6 druhů tučňáků a po 5 polymorfních mikrosatelitech navržených pro EST ptačí mikrosatelity a pro konzervované ptačí mikrosatelity.
Anotace v angličtině
In the Theoretical Part, I commenced with the taxonomic categorization of the order Ciconiiformes into the avian system and its historical development. The closer characterisations of the order Ciconiiformes, Ciconiidae and White Stork respectively were provided. Furthermore, microsatellites in general, microsatellites in Sphenisciformes and universal avian microsatellites were characterised. In the last chapter, the methods for finding polymorphic microsatellite loci with the focus on crossspecies PCR amplification were described.
In the Practical Part, I examined the polymorphism of microsatellite loci on genome DNA of 6 non-relative White Storks using 173 pairs of primers. Out of the 173 primers, 113 pairs were extracted from the order of Sphenisciformes, 36 pairs were intended for the amplification of EST avian microsatellites and 24 pairs were intended for the amplification of conserved avian microsatellites. Using the aforementioned pairs of primers, I detected an overall 19 polymorphic loci in 6 non-related White Storks. The 19 identified polymorphic loci consisted of 9 polymorphic microsatellites from the group of microsatellites of 6 Penguin species, 5 polymorphic microsatellites designed for EST avian microsatellites and 5 polymorphic microsatellites designed for conserved avian microsatellites.
Klíčová slova
brodiví, Ciconia ciconia, čáp bílý, mikrosatelity, cross species PCR amplifikace
Klíčová slova v angličtině
Ciconiiformes, Ciconia ciconia, White Stork, microsatellites, crossspecies PCR amplification
Zásady pro vypracování
1. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce.
2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
3. PCR amplifikace DNA čápa bílého s využitím cross-species primerů pro ptáky z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů.
Zásady pro vypracování
1. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce.
2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
3. PCR amplifikace DNA čápa bílého s využitím cross-species primerů pro ptáky z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů.
Seznam doporučené literatury
1) Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573.
2) Dawson, D.A. et al. (2013): High-utility conserved avian microsatellite markers enable parentage and population studies across a wide range of species. BMC Genomics, 14, 176.
3) Dawson, D.A. et al. (2010): New methods to identify conserved microsatellite loci and develop primer sets of high cross-species utility as demonstrated for birds. Molecular Ecology Resources, 10, 475-494.
4) Ahmed, S. et al. (2009): Isolation and characterization of macaroni penguin (Eudyptes
chrysolophus) microsatellite loci and their utility in other penguin species (Spheniscidae, AVES). Molecular Ecology Resources, 9, 1530-1535.
5) Vivianna, J.A. et al. (2017): Comparative genome-wide polymorphic microsatellite markers in Antarctic penguins through next generation sequencing. Genetics and Molecular Biology, 840, 676-687.
Seznam doporučené literatury
1) Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573.
2) Dawson, D.A. et al. (2013): High-utility conserved avian microsatellite markers enable parentage and population studies across a wide range of species. BMC Genomics, 14, 176.
3) Dawson, D.A. et al. (2010): New methods to identify conserved microsatellite loci and develop primer sets of high cross-species utility as demonstrated for birds. Molecular Ecology Resources, 10, 475-494.
4) Ahmed, S. et al. (2009): Isolation and characterization of macaroni penguin (Eudyptes
chrysolophus) microsatellite loci and their utility in other penguin species (Spheniscidae, AVES). Molecular Ecology Resources, 9, 1530-1535.
5) Vivianna, J.A. et al. (2017): Comparative genome-wide polymorphic microsatellite markers in Antarctic penguins through next generation sequencing. Genetics and Molecular Biology, 840, 676-687.
Přílohy volně vložené
0
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce studentky Terezy Gajdošíkové zahájil prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucího práce RNDr. Petra Nádvorníka, Ph.D. a oponenta doc. RNDr. Vladana Ondřeje, Ph D.
Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
- čáp bílý: charakteristika druhu
- Mikrosatelity
- Design experimentu
- Optimalizace metody PCR amplifikace
- Identifikace 19 polymorfních lokusů
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
- Původ analyzovaných vzorků
- Použitelnost mikrosatelitních markerů pro stanovení vzdálenějších příbuzenských vztahů než otec-matka- potomek
- Využití mikrosatelitních markerů pro jiné účely než je stanovení paternity
- Důvod volby primerů
- Polymorfnost mikrosatelitních markerů
- Kdo je autorem použitých 173 párů primerů
- Zapojení UP do studia čápa bílého
Studentka na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagovala se váhavě, s dílčími neznalostmi problematiky.