Informace o kvalifikační práci Cílená metabolomická analýza vzorků krevních skvrn pacientů s deficitem acyl-CoA-dehydrogenasy mastných kyselin s krátkým řetězcem (SCADD)
Deficit acyl-CoA dehydrogenasy mastných kyselin s krátkým řetězcem (SCADD) se řadí mezi autosomálně recesivní poruchy mitochondriální -oxidace. Je způsoben mutacemi v genu ACADS. Onemocnění je doprovázeno různými klinickými symptomy (např. metabolickou acidosou, opožděným vývojem, záchvaty), případně mohou být pacienti zcela asymptomatičtí. Vzrůstá proto potřeba zavést SCADD mezi onemocnění, která se vyšetřují v rámci novorozeneckého screeningu České republiky.
V praktické části byly cílenou metabolomickou analýzou, za využití kapalinové chromatografie ve spojení s tandemovou hmotnostní spektrometrií, hledány nové biomarkery onemocnění. Byly porovnávány suché krevní skvrny získané od novorozenců s diagnosou SCADD a kontrol. Data byla zpracována a statisticky vyhodnocena. Změny byly nalezeny v hladinách acylkarnitinů (butyrylkarnitin, decanoylkarnitin, decenoylkarnitin), organických kyselin (ethylmalonát, betain) a purinů (inosin, hypoxanthin, IMP). Kombinace těchto metabolitů může vést ke zvýšení selektivity pro záchyt onemocnění.
Anotace v angličtině
Short-chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency (SCADD) belongs to autosomal recessive disorders of mitochondrial -oxidation. It is caused by mutations in the ACADS gene. The disease is accompained by a variety of clinical signs (eg. metabolic acidosis, devepmental delay, seizures), or patients may be completely asymptomatic. There is a growing need to introduce SCADD among the diseases that are being investigated in the neonatal screening of the Czech republic.
In the practical part, target metabolomic analysis was used to find new biomarkers of the disease. Dry blood spots obtained from neonates with SCADD and controls were analysed by liquid chromatography coupled with tandem mass spektrometry. The data was processed and statisticaly evaluated. Changes were found in the levels of acylcarnitines (butyrylcarnitine, decanoylcarnitine, decenoylcarnitine), organic acids (ethylmalonate, betaine) and purines (inosine, hypoxanthine and IMP). Combination of these metabolites may lead to an increased selectivity of disease detection.
Beta-oxidation of fatty acids, SCADD, mass spectrometry, metabolomics, statistical analysis
Rozsah průvodní práce
56 s. (64 471 znaků)
Jazyk
CZ
Anotace
Deficit acyl-CoA dehydrogenasy mastných kyselin s krátkým řetězcem (SCADD) se řadí mezi autosomálně recesivní poruchy mitochondriální -oxidace. Je způsoben mutacemi v genu ACADS. Onemocnění je doprovázeno různými klinickými symptomy (např. metabolickou acidosou, opožděným vývojem, záchvaty), případně mohou být pacienti zcela asymptomatičtí. Vzrůstá proto potřeba zavést SCADD mezi onemocnění, která se vyšetřují v rámci novorozeneckého screeningu České republiky.
V praktické části byly cílenou metabolomickou analýzou, za využití kapalinové chromatografie ve spojení s tandemovou hmotnostní spektrometrií, hledány nové biomarkery onemocnění. Byly porovnávány suché krevní skvrny získané od novorozenců s diagnosou SCADD a kontrol. Data byla zpracována a statisticky vyhodnocena. Změny byly nalezeny v hladinách acylkarnitinů (butyrylkarnitin, decanoylkarnitin, decenoylkarnitin), organických kyselin (ethylmalonát, betain) a purinů (inosin, hypoxanthin, IMP). Kombinace těchto metabolitů může vést ke zvýšení selektivity pro záchyt onemocnění.
Anotace v angličtině
Short-chain acyl-CoA dehydrogenase deficiency (SCADD) belongs to autosomal recessive disorders of mitochondrial -oxidation. It is caused by mutations in the ACADS gene. The disease is accompained by a variety of clinical signs (eg. metabolic acidosis, devepmental delay, seizures), or patients may be completely asymptomatic. There is a growing need to introduce SCADD among the diseases that are being investigated in the neonatal screening of the Czech republic.
In the practical part, target metabolomic analysis was used to find new biomarkers of the disease. Dry blood spots obtained from neonates with SCADD and controls were analysed by liquid chromatography coupled with tandem mass spektrometry. The data was processed and statisticaly evaluated. Changes were found in the levels of acylcarnitines (butyrylcarnitine, decanoylcarnitine, decenoylcarnitine), organic acids (ethylmalonate, betaine) and purines (inosine, hypoxanthine and IMP). Combination of these metabolites may lead to an increased selectivity of disease detection.
Beta-oxidation of fatty acids, SCADD, mass spectrometry, metabolomics, statistical analysis
Zásady pro vypracování
Vypracování rešerše odborné literatury na dané téma; Příprava vzorků krevních skvrn; Cílená metabolomická analýza technikami LC-MS/MS a Orbitrap LC-MS; Vyhodnocení metabolomických dat a srovnání s literaturou
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie (http://biochemie.upol.cz/index.php/cs/studium/zaverecne-prace).
Práce bude odevzdána na sekretariátě Katedry biochemie ve dvou svázaných výtiscích obsahujících CD s elektronickou verzí závěrečné práce, a to v řádném termínu uvedeném v harmonogramu Katedry biochemie.
Student je povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení
Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Zásady pro vypracování
Vypracování rešerše odborné literatury na dané téma; Příprava vzorků krevních skvrn; Cílená metabolomická analýza technikami LC-MS/MS a Orbitrap LC-MS; Vyhodnocení metabolomických dat a srovnání s literaturou
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie (http://biochemie.upol.cz/index.php/cs/studium/zaverecne-prace).
Práce bude odevzdána na sekretariátě Katedry biochemie ve dvou svázaných výtiscích obsahujících CD s elektronickou verzí závěrečné práce, a to v řádném termínu uvedeném v harmonogramu Katedry biochemie.
Student je povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení
Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Seznam doporučené literatury
- JETHVA, Reena; BENNETT, Michael J.; VOCKLEY, Jerry. Short-chain acyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency. Molecular genetics and metabolism, 2008, 95.4: 195-200.
- VAN MALDEGEM, Bianca T., et al. Clinical, biochemical, and genetic heterogeneity in short-chain acyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency. Jama, 2006, 296.8: 943-952.
Seznam doporučené literatury
- JETHVA, Reena; BENNETT, Michael J.; VOCKLEY, Jerry. Short-chain acyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency. Molecular genetics and metabolism, 2008, 95.4: 195-200.
- VAN MALDEGEM, Bianca T., et al. Clinical, biochemical, and genetic heterogeneity in short-chain acyl-coenzyme A dehydrogenase deficiency. Jama, 2006, 296.8: 943-952.
Přílohy volně vložené
1 CD
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
V úvodu obhajoby předsedkyně komise doc. RNDr. Lenka Luhová, Ph.D. představila studentku přítomným akademickým pracovníkům a hostům. V rámci prezentace své práce studentka seznámila všechny zúčastněné s cíli práce a hlavními metodami využitými při jejím zpracování, dále se získanými výsledky a z nich vyplývajícími závěry.
Následně byl přečten oponentní posudek. Odpovědi na otázky a připomínky uvedené v posudku oponenta a vedoucího bakalářské práce studentka zodpověděla uspokojivě, doložila je vypracované v písemné formě a prezentovala také ústně.
V rámci veřejné diskuse zodpověděla následující dotazy položené přítomnými odborníky:
doc. Luhová: Jaká je četnost onemocnění?
dr. Danihlík: V jakých jednotkách jsou hodnoty na ose y u krabicových grafů?
dr. Zalabák: Jaké výhody má tento metabolomický přístup oproti metodám molekulární biologie?
doc. Petřivalský: Jak probíhá přesná identifikace, když nepoužíváte standardy?
Otázka z publika: Pozorovala jste nějaké změny na základě etnické příslušnosti?