Cílem bakalářské práce bylo otestovat a vyselektovat nejvhodnější metody vyhodnocování změn fenotypu experimentálních rostlin vojtěšky (Medicago sativa L.) na orgánové, pletivové a buněčné úrovni. Objektem experimentů byly transgenní linie stabilně transformovány s konstruktem SIMKK-RNAi k potlačení exprese SIMKK a kontrolní linie kultivaru Regen-SY, které byly pěstovány in vivo v půdě ve stejných kontrolovaných podmínkách. Pomocí softverového programu byly na snímcích listů semi-automatizovaně a manuálně změřeny parametry týkající se strukturálního fenotypu. Zjištěné rozdíly mezi transgenními a kontrolními liniemi mohou být způsobeny změnou regulace vývojových procesů, které ovlivnila změněná exprese signálního proteinu SIMKK.
Anotace v angličtině
The main goal of this bachelor's thesis was to test and to select the most suitable methods for evaluation of some alterations of the phenotype of the experimental plants of alfalfa (Medicago sativa L.) on organ, tissue and cellular levels. The tested plants were control and transgenic lines which were stably transformed with SIMKK-RNAi construct to suppress SIMKK expression. All of the plants were grown in vivo in soil under control conditions. By means of a software program several structural phenotype's parameters of leaves were measured semi-automatically and manually. Ascertained differences between transgenes and controls could be caused by the changes in the regulation of developmental processes which were altered by changes in SIMKK signal protein expression.
Cílem bakalářské práce bylo otestovat a vyselektovat nejvhodnější metody vyhodnocování změn fenotypu experimentálních rostlin vojtěšky (Medicago sativa L.) na orgánové, pletivové a buněčné úrovni. Objektem experimentů byly transgenní linie stabilně transformovány s konstruktem SIMKK-RNAi k potlačení exprese SIMKK a kontrolní linie kultivaru Regen-SY, které byly pěstovány in vivo v půdě ve stejných kontrolovaných podmínkách. Pomocí softverového programu byly na snímcích listů semi-automatizovaně a manuálně změřeny parametry týkající se strukturálního fenotypu. Zjištěné rozdíly mezi transgenními a kontrolními liniemi mohou být způsobeny změnou regulace vývojových procesů, které ovlivnila změněná exprese signálního proteinu SIMKK.
Anotace v angličtině
The main goal of this bachelor's thesis was to test and to select the most suitable methods for evaluation of some alterations of the phenotype of the experimental plants of alfalfa (Medicago sativa L.) on organ, tissue and cellular levels. The tested plants were control and transgenic lines which were stably transformed with SIMKK-RNAi construct to suppress SIMKK expression. All of the plants were grown in vivo in soil under control conditions. By means of a software program several structural phenotype's parameters of leaves were measured semi-automatically and manually. Ascertained differences between transgenes and controls could be caused by the changes in the regulation of developmental processes which were altered by changes in SIMKK signal protein expression.
Cílem práce je zvládnutí laboratorních metod kvalitativního a kvantitativního vyhodnocování fenotypových změn kontrolních a transgenních rostlin vojtěšky.
V rámci teoretické části bude vypracována rešerše zaměřená na problematiku:
1) struktury, anatomie, morfologie a vývojové biologie listů
2) porovnání jednotlivých etap ontogenetického vývoje rostlin vojtěšky v podmínkách in vivo a in vitro
3) transgenóze u vojtěšky
4) podílu signálních proteinů na regulaci vývojových procesů rostlin a jejich reakcí na vnější stresové podmínky
5) metod hodnocení fenotypu rostlin vojtěšky v různých fyziologických podmínkách a v kontextu různých vývojových stádií
V praktické části budou realizovány experimenty zaměřené na cílenou kultivaci kontrolních a transgenních rostlin vojtěšky v podmínkách in vitro a in vivo. Hlavním cílem bude otestovat a vyselektovat nejvhodnější metody vyhodnocování změn fenotypu experimentálních rostlin na orgánové, pletivové a buněčné úrovni.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie (http://biochemie.upol.cz/index.php/cs/studium/zaverecne-prace).
Práce bude odevzdána na sekretariátě Oddělení buněčné biologie CRH ve dvou svázaných výtiscích obsahujících CD s elektronickou verzí závěrečné práce, a to v řádném termínu uvedeném v harmonogramu na webové stránce Katedry biochemie.
Student je povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení
Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Zásady pro vypracování
Cílem práce je zvládnutí laboratorních metod kvalitativního a kvantitativního vyhodnocování fenotypových změn kontrolních a transgenních rostlin vojtěšky.
V rámci teoretické části bude vypracována rešerše zaměřená na problematiku:
1) struktury, anatomie, morfologie a vývojové biologie listů
2) porovnání jednotlivých etap ontogenetického vývoje rostlin vojtěšky v podmínkách in vivo a in vitro
3) transgenóze u vojtěšky
4) podílu signálních proteinů na regulaci vývojových procesů rostlin a jejich reakcí na vnější stresové podmínky
5) metod hodnocení fenotypu rostlin vojtěšky v různých fyziologických podmínkách a v kontextu různých vývojových stádií
V praktické části budou realizovány experimenty zaměřené na cílenou kultivaci kontrolních a transgenních rostlin vojtěšky v podmínkách in vitro a in vivo. Hlavním cílem bude otestovat a vyselektovat nejvhodnější metody vyhodnocování změn fenotypu experimentálních rostlin na orgánové, pletivové a buněčné úrovni.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie (http://biochemie.upol.cz/index.php/cs/studium/zaverecne-prace).
Práce bude odevzdána na sekretariátě Oddělení buněčné biologie CRH ve dvou svázaných výtiscích obsahujících CD s elektronickou verzí závěrečné práce, a to v řádném termínu uvedeném v harmonogramu na webové stránce Katedry biochemie.
Student je povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení
Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Seznam doporučené literatury
1. Dhondt S, Van Haerenborgh D, Van Cauwenbergh C, Merks RMH, Philips W, Beemster GTS, Inze D (2012) Quantitative analysis of venation patterns of Arabidopsis leaves by supervised image analysis. Plant Journal 69: 553563
2. Sack L, Scoffoni C (2013) Leaf venation: structure, function, development, evolution, ecology and applications in the past, present and future. New Phytologist 198: 9831000
3. Ronellenfitsch H, Lasser J, Daly DC, Katifori E (2015) Topological phenotypes constitute a new dimension in the phenotypic space of leaf venation networks. PLoS Comput Biol 11(12): e1004680.
4. Bühler J, Rishmawi L, Pflugfelder D, Huber G, Scharr H, Hülskamp M, Koornneef M, Schurr U, Jahnke S (2015) PhenoVein-A tool for leaf vein segmentation and analysis. Plant Physiology 169: 23592370
5. Smékalová V, Doskočilová A, Komis G, Šamaj J (2014) Crosstalk between secondary messengers, hormones and MAPK modules during abiotic stress signalling in plants. Biotechnology Advances 32(1), 2-11
6. Evert RF, Eichhorn SE, Esau K (2006) Esau's plant anatomy: meristems, cells, and tissues of the plant body: their structure, function, and development. Hoboken, N.J: Wiley-Interscience. ISBN 0-471-73843-3.
7. Šamajová O, Plíhal O, Al-Yousif M, Hirt H, Šamaj J (2013) Improvement of stress tolerance in plants by genetic manipulation of mitogen-activated protein kinases. Biotechnology Advances 31(1),118-128
8. Beck BCH (2010) An introduction to plant structure and development. Plant anatomy for the twenty-first century. Cambridge: Cambridge University Press.
9. Sinha AK, Jaggi M, Raghuram B, Tuteja N (2011) Mitogen-activated protein kinase signaling in plants under abiotic stress. Plant Signaling & Behavior 6: 196-203
Seznam doporučené literatury
1. Dhondt S, Van Haerenborgh D, Van Cauwenbergh C, Merks RMH, Philips W, Beemster GTS, Inze D (2012) Quantitative analysis of venation patterns of Arabidopsis leaves by supervised image analysis. Plant Journal 69: 553563
2. Sack L, Scoffoni C (2013) Leaf venation: structure, function, development, evolution, ecology and applications in the past, present and future. New Phytologist 198: 9831000
3. Ronellenfitsch H, Lasser J, Daly DC, Katifori E (2015) Topological phenotypes constitute a new dimension in the phenotypic space of leaf venation networks. PLoS Comput Biol 11(12): e1004680.
4. Bühler J, Rishmawi L, Pflugfelder D, Huber G, Scharr H, Hülskamp M, Koornneef M, Schurr U, Jahnke S (2015) PhenoVein-A tool for leaf vein segmentation and analysis. Plant Physiology 169: 23592370
5. Smékalová V, Doskočilová A, Komis G, Šamaj J (2014) Crosstalk between secondary messengers, hormones and MAPK modules during abiotic stress signalling in plants. Biotechnology Advances 32(1), 2-11
6. Evert RF, Eichhorn SE, Esau K (2006) Esau's plant anatomy: meristems, cells, and tissues of the plant body: their structure, function, and development. Hoboken, N.J: Wiley-Interscience. ISBN 0-471-73843-3.
7. Šamajová O, Plíhal O, Al-Yousif M, Hirt H, Šamaj J (2013) Improvement of stress tolerance in plants by genetic manipulation of mitogen-activated protein kinases. Biotechnology Advances 31(1),118-128
8. Beck BCH (2010) An introduction to plant structure and development. Plant anatomy for the twenty-first century. Cambridge: Cambridge University Press.
9. Sinha AK, Jaggi M, Raghuram B, Tuteja N (2011) Mitogen-activated protein kinase signaling in plants under abiotic stress. Plant Signaling & Behavior 6: 196-203
Přílohy volně vložené
CD ROM
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
V úvodu obhajoby předseda komise prof. RNDr. Jozef Šamaj, DrSc. představil studenta přítomným akademickým pracovníkům a hostům. V rámci prezentace své práce student seznámil všechny zúčastněné s cíli práce a hlavními metodami využitými při jejím zpracování, dále se získanými výsledky a z nich vyplývajícími závěry.
Následně byl přečten oponentní posudek. Odpovědi na otázky a připomínky uvedené v posudku oponenta a vedoucího diplomové práce student zodpověděl uspokojivě, doložil je vypracované v písemné formě v prezentaci a prezentoval také ústně.
V rámci veřejné diskuse zodpověděl následující dotazy položené přítomnými odborníky:
Dr. Křenek: Proč se od sebe statisticky lišily kontrolní linie? Dokázal byste vysvětlit proč? Jakým způsobem byly připraveny tyto transgenní linie?
Dr. Zapletalová: Jaký počet listů jste využil při hodnocení určitého parametru?
Dr. Takáč: Proč si myslíte, že rozdílný fenotyp je způsobený právě umlčením SIMKK?