Vývoj metodik pro kovalentní imobilizaci nukleových kyselin na pevné nosiče. Optimalizace podmínek (pufry, eluční podmínky, podmínky pro přípravu proteinových extraktů) vhodných pro izolaci a následnou interakci proteinů s nukleovými kyselinami.
Využití připravených metod pro izolaci, identifikaci a případnou kvantifikaci proteinů interagujících s jednořetězovými nukleovými kyselinami. Kvantifikace změn proteinů a jejich hladin mezi buněčnými liniemi před a po aplikaci záření pomocí kvantitativní proteomiky.
Zásady pro vypracování
Vývoj metodik pro kovalentní imobilizaci nukleových kyselin na pevné nosiče. Optimalizace podmínek (pufry, eluční podmínky, podmínky pro přípravu proteinových extraktů) vhodných pro izolaci a následnou interakci proteinů s nukleovými kyselinami.
Využití připravených metod pro izolaci, identifikaci a případnou kvantifikaci proteinů interagujících s jednořetězovými nukleovými kyselinami. Kvantifikace změn proteinů a jejich hladin mezi buněčnými liniemi před a po aplikaci záření pomocí kvantitativní proteomiky.
Seznam doporučené literatury
Gadgil H; Jurado L.A.; Jarrett H.W. (2001): DNA affinity chromatography of transcription factors. Analytical biochemistry 290, 147-178.
Jarrett H.W. (1993): Affinity chromatography with nucleic acid polymers . Journal of Chromatography B-Biomedical application 618, 315-339.
Yaneva M.; Tempst P. (2003): Affinity capture of specific DNA-binding proteins for mass spestrometric identification. Analytical Chemistry 75, 6437-6448.
Ong S.E.; Mann M. (2006) : A practical recipe for stable isotope labeling by amino acids in cell calture (SILAC). NATURE protocols,1(6): 2650-2660.
Ong S.E; Foster L.J; Mann M. (2003): Mass spectrometric-based approaches in quantitative proteomics. Methods 29, 124-130.
Seznam doporučené literatury
Gadgil H; Jurado L.A.; Jarrett H.W. (2001): DNA affinity chromatography of transcription factors. Analytical biochemistry 290, 147-178.
Jarrett H.W. (1993): Affinity chromatography with nucleic acid polymers . Journal of Chromatography B-Biomedical application 618, 315-339.
Yaneva M.; Tempst P. (2003): Affinity capture of specific DNA-binding proteins for mass spestrometric identification. Analytical Chemistry 75, 6437-6448.
Ong S.E.; Mann M. (2006) : A practical recipe for stable isotope labeling by amino acids in cell calture (SILAC). NATURE protocols,1(6): 2650-2660.
Ong S.E; Foster L.J; Mann M. (2003): Mass spectrometric-based approaches in quantitative proteomics. Methods 29, 124-130.