Sinice predstavujú veľkú skupinu prokaryotických organizmov, ktoré sú schopné produkovať kyslík prostredníctvom fotosyntézy. Vyskytujú sa v sladkovodnom i morskom prostredí, pôde, skalách ale často prežívajú aj v extrémnych podmienkach, ako sú púšte či polárne oblasti. Taxonómia siníc je tradične založená na morfológii, avšak s príchodom genetických informácií sa považuje za neplatnú. Morfologická variabilita je v porovnaní s genetickou omnoho menšia. Sinica Microcoleus je kozmopolitne rozšíreným druhom a vyskytuje sa predovšetkým v pôde. Taxonómia siníc je komplikovaná a stále málo preskúmaná. Cieľom diplomovej práce je priniesť nové poznatky v taxonómii sinice rodu Microcoleus. Vo výskumnej časti bolo použitých 35 kmeňov, ktoré boli podrobené morfologickej a fylogenetickej analýze. Vo fylogenetickej analýze bola použitá sekvencia génu 16S rRNA. Na základe genetickej analýzy bolo definovaných 8 skupín, ktoré boli priradené k 5 už existujúcim druhom rodu Microcoleus.
Anotace v angličtině
Cyanobacteria are a large group of prokaryotic organisms that are able to produce oxygen through photosynthesis. They occur in freshwater and marine environments, soil, rocks, but often survive in extreme conditions, such as deserts or polar areas. The taxonomy of cyanobacteria has traditionally been based on morphology, but with the new genetic information it is considered invalid. Morphological variability is much smaller compared to genetic variability. The cyanobacterium Microcoleus is a cosmopolitan species and occurs primarily in soil. The taxonomy of cyanobacteria is complicated and still poorly understood. The aim of the thesis is to bring new knowledge in the taxonomy of the cyanobacteria genus Microcoleus. In the research part, 35 strains were used, which were subjected to morphological and phylogenetic analysis. In the phylogenetic analysis was used the 16S rRNA gene sequence. On the basis of genetic analysis, 8 groups were defined, which were assigned to 5 already existing species of the genus Microcoleus.
Sinice predstavujú veľkú skupinu prokaryotických organizmov, ktoré sú schopné produkovať kyslík prostredníctvom fotosyntézy. Vyskytujú sa v sladkovodnom i morskom prostredí, pôde, skalách ale často prežívajú aj v extrémnych podmienkach, ako sú púšte či polárne oblasti. Taxonómia siníc je tradične založená na morfológii, avšak s príchodom genetických informácií sa považuje za neplatnú. Morfologická variabilita je v porovnaní s genetickou omnoho menšia. Sinica Microcoleus je kozmopolitne rozšíreným druhom a vyskytuje sa predovšetkým v pôde. Taxonómia siníc je komplikovaná a stále málo preskúmaná. Cieľom diplomovej práce je priniesť nové poznatky v taxonómii sinice rodu Microcoleus. Vo výskumnej časti bolo použitých 35 kmeňov, ktoré boli podrobené morfologickej a fylogenetickej analýze. Vo fylogenetickej analýze bola použitá sekvencia génu 16S rRNA. Na základe genetickej analýzy bolo definovaných 8 skupín, ktoré boli priradené k 5 už existujúcim druhom rodu Microcoleus.
Anotace v angličtině
Cyanobacteria are a large group of prokaryotic organisms that are able to produce oxygen through photosynthesis. They occur in freshwater and marine environments, soil, rocks, but often survive in extreme conditions, such as deserts or polar areas. The taxonomy of cyanobacteria has traditionally been based on morphology, but with the new genetic information it is considered invalid. Morphological variability is much smaller compared to genetic variability. The cyanobacterium Microcoleus is a cosmopolitan species and occurs primarily in soil. The taxonomy of cyanobacteria is complicated and still poorly understood. The aim of the thesis is to bring new knowledge in the taxonomy of the cyanobacteria genus Microcoleus. In the research part, 35 strains were used, which were subjected to morphological and phylogenetic analysis. In the phylogenetic analysis was used the 16S rRNA gene sequence. On the basis of genetic analysis, 8 groups were defined, which were assigned to 5 already existing species of the genus Microcoleus.
V taxonomii sinic se stále častěji objevují druhy, které lze rozeznat pouze s použitím molekulárních znaků. Tyto druhy se nazývají kryptické. Sinice identifikované do rodu Microcoleus se vyskytují kosmopolitně a jsou značně diverzifikovanou skupinou, která je málo prozkoumaná. Tato diplomová práce si klade za cíl přinést nové poznatky v druhové diverzitě a taxonomii v rodu Microcoleus. Vybrané kmeny budou charakterizovány pomocí světelné mikroskopie. Dále bude použito sekvenování genu 16S rRNA s následnou rekonstrukcí fylogeneze. Spolu s ekologickými informacemi přinesou tyto data další poznání této významné skupiny sinic.
Zásady pro vypracování
V taxonomii sinic se stále častěji objevují druhy, které lze rozeznat pouze s použitím molekulárních znaků. Tyto druhy se nazývají kryptické. Sinice identifikované do rodu Microcoleus se vyskytují kosmopolitně a jsou značně diverzifikovanou skupinou, která je málo prozkoumaná. Tato diplomová práce si klade za cíl přinést nové poznatky v druhové diverzitě a taxonomii v rodu Microcoleus. Vybrané kmeny budou charakterizovány pomocí světelné mikroskopie. Dále bude použito sekvenování genu 16S rRNA s následnou rekonstrukcí fylogeneze. Spolu s ekologickými informacemi přinesou tyto data další poznání této významné skupiny sinic.
Seznam doporučené literatury
Dvořák, P., Hašler, P. & Poulíčková, A. (2012). Phylogeography of the Microcoleus vaginatus (cyanobacteria) from three continents – a spatial and temporal characterization. PLoS ONE 7: e40153. Dvořák, P., Poulíčková, A., Hašler, P., Belli, M., Casamatta, D.A. & Papini, A. (2015). Species concepts and speciation factors in cyanobacteria, with connection to the problems of diversity and classification. Biodiversity and Conservation, 24: 739-757. Dvořák, P., Casamatta, D.A., Hašler, P., Jahodářová, E., Norwich, A.R. & Poulíčková, A. 2017a. Diversity of the Cyanobacteria. In Modern Topics in the Phototrophic Prokaryotes. Springer, Cham., pp. 3-46. Whitton, B.A. & Potts, M. (2000). The ecology of cyanobacteria: their diversity in time and space. Springer, Berlin.
Seznam doporučené literatury
Dvořák, P., Hašler, P. & Poulíčková, A. (2012). Phylogeography of the Microcoleus vaginatus (cyanobacteria) from three continents – a spatial and temporal characterization. PLoS ONE 7: e40153. Dvořák, P., Poulíčková, A., Hašler, P., Belli, M., Casamatta, D.A. & Papini, A. (2015). Species concepts and speciation factors in cyanobacteria, with connection to the problems of diversity and classification. Biodiversity and Conservation, 24: 739-757. Dvořák, P., Casamatta, D.A., Hašler, P., Jahodářová, E., Norwich, A.R. & Poulíčková, A. 2017a. Diversity of the Cyanobacteria. In Modern Topics in the Phototrophic Prokaryotes. Springer, Cham., pp. 3-46. Whitton, B.A. & Potts, M. (2000). The ecology of cyanobacteria: their diversity in time and space. Springer, Berlin.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, mapy, tabulky
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
V úvodu své prezentace diplomantka seznámila komisi s aktuálními poznatky týkající se ekologie a (krypto)diverzity kosmopolitní sinice rodu Microcoleus a představila cíle své práce. Následně prezentovala základní metodické přístupy, zahrnující kultivace a izolace vzorků, molekulární analýzy a tvorby fylogenetického stromu. Výsledky byly prezentovány převážně formou barevných mikroskopických fotografií, kde autorka demonstrovala zásadní rozdíly mezi vymezenými taxony sinic rodu Microcoleus. V diskuzi s oponentkou práce (prof. Poulíčková) odpovídala pohotově na 3 dotazy a dále s přehledem reagovala i na dotazy ostatních členů komise, týkající se např. vlivu prostředí na morfologii studovaných sinic (doc. Rulík) či barvy sinic jakožto adekvátního znaku pro determinaci (prof. Poulíčková).