Aryl uhľovodíkový receptor je ligandom aktivovaný transkripčný faktor. Neaktívny sa nachádza v cytoplazme a po aktivácii sa presúva do jadra. Zúčastňuje sa širokého spektra fyziologických procesov v ľudskom organizme, najznámejším z nich je metabolizmus xenobiotík.
Táto bakalárska práca je zameraná na štúdium transkripčnej aktivity AhR v bunkách reportérovej línie AZ-AhR po ich ovplyvnení vybranými skupinami látok. Pomocou luciferázovej reportérovej eseje sme zistili, že látky FICZ, PEL, BER, PCB126, TCDD, BaP, IAD, IPY výrazne indukovali transkripčnú aktivitu AhR. Na základe získaných výsledkov môžeme tvrdiť, že najvýraznejšími agonistickými účinkami na AhR sa prejavovali FICZ a TCDD. Praktická časť sa taktiež venovala sledovaniu životaschopnosti buniek po pôsobení jednotlivých skupín látok pomocou MTT testu. Experimenty ukázali, že žiadna z látok nemala výrazný cytotoxický účinok na testovanú bunkovú líniu AZ-AhR.
Anotace v angličtině
The aryl hydrocarbon receptor is a ligand-activated transcription factor. The inactive AhR is located in the cytoplasm and after activation it is translocated into the nucleus. It participates in a wide range of physiological processes in the human body, the most known of which is metabolism of xenobiotics.
This bachelor's thesis is focused on the study of AhR transcriptional activity in cells of the reporter cell line AZ-AhR after application of selected groups of substances. Using a luciferase reporter assay, we found that the substances FICZ, PEL, BER, PCB126, TCDD, BaP, IAD, IPY significantly induced AhR transcriptional activity. Based on the obtained results, we can claim that FICZ and TCDD had the most intense agonist effects on the AhR. The practical part was also focused on monitoring the viability of cells after the exposure to selected groups of substances using a MTT test. The experiments showed that none of the substances had a significant cytotoxic effect on the tested AZ-AhR cell line.
Klíčová slova
aryl uhľovodíkový receptor, ligand, luciferázová reportérová esej, MTT test
Klíčová slova v angličtině
aryl hydrocarbon receptor, ligand, luciferase reporter assay, MTT test
Rozsah průvodní práce
68
Jazyk
SK
Anotace
Aryl uhľovodíkový receptor je ligandom aktivovaný transkripčný faktor. Neaktívny sa nachádza v cytoplazme a po aktivácii sa presúva do jadra. Zúčastňuje sa širokého spektra fyziologických procesov v ľudskom organizme, najznámejším z nich je metabolizmus xenobiotík.
Táto bakalárska práca je zameraná na štúdium transkripčnej aktivity AhR v bunkách reportérovej línie AZ-AhR po ich ovplyvnení vybranými skupinami látok. Pomocou luciferázovej reportérovej eseje sme zistili, že látky FICZ, PEL, BER, PCB126, TCDD, BaP, IAD, IPY výrazne indukovali transkripčnú aktivitu AhR. Na základe získaných výsledkov môžeme tvrdiť, že najvýraznejšími agonistickými účinkami na AhR sa prejavovali FICZ a TCDD. Praktická časť sa taktiež venovala sledovaniu životaschopnosti buniek po pôsobení jednotlivých skupín látok pomocou MTT testu. Experimenty ukázali, že žiadna z látok nemala výrazný cytotoxický účinok na testovanú bunkovú líniu AZ-AhR.
Anotace v angličtině
The aryl hydrocarbon receptor is a ligand-activated transcription factor. The inactive AhR is located in the cytoplasm and after activation it is translocated into the nucleus. It participates in a wide range of physiological processes in the human body, the most known of which is metabolism of xenobiotics.
This bachelor's thesis is focused on the study of AhR transcriptional activity in cells of the reporter cell line AZ-AhR after application of selected groups of substances. Using a luciferase reporter assay, we found that the substances FICZ, PEL, BER, PCB126, TCDD, BaP, IAD, IPY significantly induced AhR transcriptional activity. Based on the obtained results, we can claim that FICZ and TCDD had the most intense agonist effects on the AhR. The practical part was also focused on monitoring the viability of cells after the exposure to selected groups of substances using a MTT test. The experiments showed that none of the substances had a significant cytotoxic effect on the tested AZ-AhR cell line.
Klíčová slova
aryl uhľovodíkový receptor, ligand, luciferázová reportérová esej, MTT test
Klíčová slova v angličtině
aryl hydrocarbon receptor, ligand, luciferase reporter assay, MTT test
Zásady pro vypracování
1. Vypracování literární rešerše na téma bakalářské práce.
2. Osvojení si základních technik práce v laboratoři tkáňových kultur.
3. Stanovení účinku vybraných látek na viabilitu buněk reportérové linie AZ-AHR pomocí metody MTT.
4. Určení vlivu vybraných látek na transkripční aktivitu AhR prostřednictvím "reporter gene assay" metody.
5. Zpracování a vyhodnocení výsledků, sepsání bakalářské práce.
Zásady pro vypracování
1. Vypracování literární rešerše na téma bakalářské práce.
2. Osvojení si základních technik práce v laboratoři tkáňových kultur.
3. Stanovení účinku vybraných látek na viabilitu buněk reportérové linie AZ-AHR pomocí metody MTT.
4. Určení vlivu vybraných látek na transkripční aktivitu AhR prostřednictvím "reporter gene assay" metody.
5. Zpracování a vyhodnocení výsledků, sepsání bakalářské práce.
Seznam doporučené literatury
1. Larigot L. et al. (2018) AhR signaling pathways and regulatory functions. Biochimie Open 7: 1–9
2. Otarola G. et al. (2017) Aryl hydrocarbon receptor‐based bioassays for dioxin detection: thinking outside the box. Journal of Applied Toxicology 38: 437–449
3. Novotná A. et al. (2011) Novel stably transfected gene reporter human hepatoma cell line for assessment of AhR transcriptional activity: construction and characterization. Environmental Science & Technology 45: 10133–10139
4. Vondráček J. et al. (2017): Assessment of the aryl hydrocarbon receptor-mediated activities of polycyclic aromatic hydrocarbons in human cell-based reporter gene assay. Environmental Pollution, 220: 307–316
Seznam doporučené literatury
1. Larigot L. et al. (2018) AhR signaling pathways and regulatory functions. Biochimie Open 7: 1–9
2. Otarola G. et al. (2017) Aryl hydrocarbon receptor‐based bioassays for dioxin detection: thinking outside the box. Journal of Applied Toxicology 38: 437–449
3. Novotná A. et al. (2011) Novel stably transfected gene reporter human hepatoma cell line for assessment of AhR transcriptional activity: construction and characterization. Environmental Science & Technology 45: 10133–10139
4. Vondráček J. et al. (2017): Assessment of the aryl hydrocarbon receptor-mediated activities of polycyclic aromatic hydrocarbons in human cell-based reporter gene assay. Environmental Pollution, 220: 307–316
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce Alexandry Brašeňové zahájil doc. Ing. Radim Vrzal, Ph.D. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudků vedoucího práce RNDr. Petera Illése, Ph.D. a oponentky Mgr. Lucie Sládekové.
Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
AhR receptor – charakteristika, funkce
Adherentní buněčná linie AZ-AhR
Látky testované v práci – charakteristika
Design experimentu
Test účinku endogenních ligandů, přírodních látek, environmentálních polutantů, metabolitů střevní mikrobioty na aktivitu AhR – MTT test, luciferázová esej
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
Horší kvalita zpracování popisu obrázků, výsledků a diskuse, formální chyby
Místo vázání ligandu na Ahr – allosterické vazebné místo
Transfekce buněk HepG2 reportérovým plazmidem
Příčiny největšího poškození toxickými účinky u ryb – bioakumulace a biomagnifikace
Depletované médium – jeho použití
Proliferační účinky benzo(a)pyrenu a pelargonidinu – (ne)existující práce, špatná formulace v textu
Odlišná transkripční aktivita KYNA po 4 a 24 h – zdůvodnění
Příčiny pro testování cytotoxicity látek na buněčné linii AZ-AhR
Struktura plazmidu, Dre místo
Kvantitativní hodnocení, ověření pomocí statistických metod
Bilirubin – vysvětlení pro absence jeho aktivity v souvislosti s AhR
Studentka na dotazy položené oponentkou práce a členy komise reagovala adekvátně, se znalostmi problematiky.