Tato bakalářská práce se zabývá hledáním polymorfních mikrosatelitových lokusů u čápa černého (Ciconia nigra) pomocí cross-species PCR amplifikace.
Teoretická část charakterizuje řád Ciconiiformes a jeho fylogenezi, čeleď čápovití, v rámci které se věnuje zejména popisu čápa černého včetně jeho hnízdění, rozmnožování a rozšíření. Dále je zde uvedena charakteristika mikrosatelitů, jejich výskyt, využití a popis mikrosatelitů, které pocházejí od zástupců řádu trubkonosí.
Experimentální část se zabývá cross-species PCR amplifikací, která byla provedena testováním 213 párů primerů na genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa černého, z nichž 207 bylo navrženo pro zástupce řádu trubkonosí, 5 od zástupců řádu dlouhokřídlí a 1 z řádu pěvci. Celkem bylo nalezeno 16 polymorfních mikrosatelitových lokusů s počtem alel 2-4. Sedm lokusů neposkytlo amplifikací žádný produkt a zbývajících 190 mikrosatelitových lokusů bylo monomorfních.
Annotation in English
This bachelor thesis focuses on finding polymorphic microsatellite loci of the Black Stork (Ciconia nigra) using cross-species PCR amplification.
The theoretical part characterizes the order Ciconiiformes and its phylogeny, the stork family and describes the Black Stork, its nesting, reproduction and distribution. It also characterizes the microsatellites, rate and use of microsatellites and describes the microsatellites of the species belonging to the order of the Procellariiformes.
The experimental part focuses on cross-species PCR amplification which was performed by testing 213 pairs of primers on the genomic DNA of 6 unrelated Black stork´s individuals, of which 207 pairs were designed for species of the order Procellariiformes, 5 of the order Charadriiformes and 1 from the order Charadriiformes. There was found a total of 16 polymorhic microsatellite loci with number of alleles ranged from 2 to 4. Seven loci did not amplify the product. The remaining 190 microsatellite loci were monomorphic.
Black stork, microsatellites, cross-species PCR amplification, Procellariiformes
Length of the covering note
47
Language
CZ
Annotation
Tato bakalářská práce se zabývá hledáním polymorfních mikrosatelitových lokusů u čápa černého (Ciconia nigra) pomocí cross-species PCR amplifikace.
Teoretická část charakterizuje řád Ciconiiformes a jeho fylogenezi, čeleď čápovití, v rámci které se věnuje zejména popisu čápa černého včetně jeho hnízdění, rozmnožování a rozšíření. Dále je zde uvedena charakteristika mikrosatelitů, jejich výskyt, využití a popis mikrosatelitů, které pocházejí od zástupců řádu trubkonosí.
Experimentální část se zabývá cross-species PCR amplifikací, která byla provedena testováním 213 párů primerů na genomické DNA 6 nepříbuzných jedinců čápa černého, z nichž 207 bylo navrženo pro zástupce řádu trubkonosí, 5 od zástupců řádu dlouhokřídlí a 1 z řádu pěvci. Celkem bylo nalezeno 16 polymorfních mikrosatelitových lokusů s počtem alel 2-4. Sedm lokusů neposkytlo amplifikací žádný produkt a zbývajících 190 mikrosatelitových lokusů bylo monomorfních.
Annotation in English
This bachelor thesis focuses on finding polymorphic microsatellite loci of the Black Stork (Ciconia nigra) using cross-species PCR amplification.
The theoretical part characterizes the order Ciconiiformes and its phylogeny, the stork family and describes the Black Stork, its nesting, reproduction and distribution. It also characterizes the microsatellites, rate and use of microsatellites and describes the microsatellites of the species belonging to the order of the Procellariiformes.
The experimental part focuses on cross-species PCR amplification which was performed by testing 213 pairs of primers on the genomic DNA of 6 unrelated Black stork´s individuals, of which 207 pairs were designed for species of the order Procellariiformes, 5 of the order Charadriiformes and 1 from the order Charadriiformes. There was found a total of 16 polymorhic microsatellite loci with number of alleles ranged from 2 to 4. Seven loci did not amplify the product. The remaining 190 microsatellite loci were monomorphic.
Black stork, microsatellites, cross-species PCR amplification, Procellariiformes
Research Plan
1. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
2. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce.
3. PCR amplifikace DNA čápa černého s využitím cross-species primerů pro mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu trubkonosí.
Research Plan
1. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
2. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce.
3. PCR amplifikace DNA čápa černého s využitím cross-species primerů pro mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu trubkonosí.
Recommended resources
Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569–573.
Moodley, Y. et al. (2015): Evolutionary factors affecting the cross-species utility of newly developer microsatellite markers in seabirds. Molecular Ecology Resources, 15, 1046–1058.
Kennedy, M. et al. (2013): The phylogenetic relationships of the extant pelicans inferred from DNA sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 66, 215–222.
Bicknell, A.W.J. et al. (2011): Characterisation and predicted genome locations of Leach’s storm-petrel (Oceanodroma leucorhoa) microsatellite loci (Procellariidae, Aves). Conservation Genetics Resources, 3, 711–716.
Briedl, J. et al. (2012): Eighteen polymorphic microsatellite markers in Monteiro’s storm-petrel, Oceanodroma monteiroi, and cross-species amplification in three other Procellariiformes. Molecular Ecology Resources, 9, 913–915.
Recommended resources
Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569–573.
Moodley, Y. et al. (2015): Evolutionary factors affecting the cross-species utility of newly developer microsatellite markers in seabirds. Molecular Ecology Resources, 15, 1046–1058.
Kennedy, M. et al. (2013): The phylogenetic relationships of the extant pelicans inferred from DNA sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 66, 215–222.
Bicknell, A.W.J. et al. (2011): Characterisation and predicted genome locations of Leach’s storm-petrel (Oceanodroma leucorhoa) microsatellite loci (Procellariidae, Aves). Conservation Genetics Resources, 3, 711–716.
Briedl, J. et al. (2012): Eighteen polymorphic microsatellite markers in Monteiro’s storm-petrel, Oceanodroma monteiroi, and cross-species amplification in three other Procellariiformes. Molecular Ecology Resources, 9, 913–915.
Enclosed appendices
-
Appendices bound in thesis
-
Taken from the library
No
Full text of the thesis
Appendices
Reviewer's report
Supervisor's report
Defence procedure record
Obhajobu bakalářské práce studentky Karolíny Musilové zahájil prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc. et Ph.D. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku práce RNDr. Petra Nádvorníka, Ph.D. a oponenta RNDr. Miloslava Kitnera, Ph.D. Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
Čáp černý - charakteristika, rozšíření
Mikrosatelity - charakteristika, využití, hledání
Experimentální provedení práce
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
Ilustrační fotografie studovaného objektu
Postavení C. nigra ve fylogenetické struktuře rodu Ciconia
České ekvivalenty pro cross-species PCR amplifikace a teplota annealingu
Vliv změny teploty annealingu na výsledek PCR amplifikace
Příklady počtu použitých mikrosatelitů pro studie na ptácích
Studentka na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagovala věcně, pohotově a přiměřeně.