Opravné dráhy poškození DNA jsou nezbytné pro udržení stability genomu organismů. I přes významný pokrok učiněný v pochopení fungování zmíněných drah zůstává mnoho proteinů zapojených do těchto procesů neidentifikovaných. Tato práce měla za cíl přispět k porozumění mechanismů opravných drah DNA studiem zapojení sedmi kandidátních proteinů u huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana). Semena linií huseníčku s homozygotní mutací v genu kódujícím daný protein byla podrobena testům s genotoxickými látkami, které vyvolávaly různé formy poškození DNA. Proteiny XYL1 a STUBL5 byly vyloučeny ze zapojení se do opravných drah. Heterozygotní linie BIC2-1/bic2-1 a STUBL5-1/stubl5-1 potenciálně obsahují další neidentifikovanou mutaci, což je potřeba potvrdit či vyvrátit v budoucích testech.
Anotace v angličtině
DNA damage repair pathways are essential for maintaining genome stability in organisms. Despite significant progress made in understanding the functioning of these pathways, many proteins involved in these processes remain unidentified. This thesis aimed to contribute to the understanding of DNA repair mechanisms by studying the involvement of seven candidate proteins in Arabidopsis thaliana. Seeds of Arabidopsis lines with homozygous mutations in the gene encoding the candidate protein were subjected to tests with genotoxic chemicals which induced various forms of DNA damage. Proteins XYL1 and STUBL5 were excluded from involvement in DNA repair pathways. Heterozygous lines BIC2-1/bic2-1 and STUBL5-1/stubl5-1 potentially bear additional unidentified mutations which needs to be confirmed or refuted in future tests.
Klíčová slova
Arabidopsis thaliana, BCP1, oprava DNA
Klíčová slova v angličtině
Arabidopsis thaliana, BCP1, DNA repair
Rozsah průvodní práce
46 s.
Jazyk
CZ
Anotace
Opravné dráhy poškození DNA jsou nezbytné pro udržení stability genomu organismů. I přes významný pokrok učiněný v pochopení fungování zmíněných drah zůstává mnoho proteinů zapojených do těchto procesů neidentifikovaných. Tato práce měla za cíl přispět k porozumění mechanismů opravných drah DNA studiem zapojení sedmi kandidátních proteinů u huseníčku rolního (Arabidopsis thaliana). Semena linií huseníčku s homozygotní mutací v genu kódujícím daný protein byla podrobena testům s genotoxickými látkami, které vyvolávaly různé formy poškození DNA. Proteiny XYL1 a STUBL5 byly vyloučeny ze zapojení se do opravných drah. Heterozygotní linie BIC2-1/bic2-1 a STUBL5-1/stubl5-1 potenciálně obsahují další neidentifikovanou mutaci, což je potřeba potvrdit či vyvrátit v budoucích testech.
Anotace v angličtině
DNA damage repair pathways are essential for maintaining genome stability in organisms. Despite significant progress made in understanding the functioning of these pathways, many proteins involved in these processes remain unidentified. This thesis aimed to contribute to the understanding of DNA repair mechanisms by studying the involvement of seven candidate proteins in Arabidopsis thaliana. Seeds of Arabidopsis lines with homozygous mutations in the gene encoding the candidate protein were subjected to tests with genotoxic chemicals which induced various forms of DNA damage. Proteins XYL1 and STUBL5 were excluded from involvement in DNA repair pathways. Heterozygous lines BIC2-1/bic2-1 and STUBL5-1/stubl5-1 potentially bear additional unidentified mutations which needs to be confirmed or refuted in future tests.
Klíčová slova
Arabidopsis thaliana, BCP1, oprava DNA
Klíčová slova v angličtině
Arabidopsis thaliana, BCP1, DNA repair
Zásady pro vypracování
1. Literární rešerše a teoretický úvod do tématu
2. Izolace nukleových kyselin
3. PCR amplifikace, gelová elektroforéza a purifikace PCR produktů
4. Selekce rostlin citlivých ke genotoxickým látkám
5. Příprava vzorků a fluorescenční mikroskopie
6. Analýza dat
Zásady pro vypracování
1. Literární rešerše a teoretický úvod do tématu
2. Izolace nukleových kyselin
3. PCR amplifikace, gelová elektroforéza a purifikace PCR produktů
4. Selekce rostlin citlivých ke genotoxickým látkám
5. Příprava vzorků a fluorescenční mikroskopie
6. Analýza dat
Seznam doporučené literatury
1. Díaz, M., Pečinková, P., Nowicka, A., Baroux, C., Sakamoto, T., Gandha, P. Y., ... & Pečinka, A. (2019). The SMC5/6 complex subunit NSE4A is involved in DNA damage repair and seed development. The Plant Cell, 31(7), 1579-1597.
2. Ricaud, L., Proux, C., Renou, J. P., Pichon, O., Fochesato, S., Ortet, P., & Montané, M. H. (2007). ATM-mediated transcriptional and developmental responses to γ-rays in Arabidopsis. PloS one, 2(5), e430.
3. Yoshiyama, K. O. (2015). SOG1: a master regulator of the DNA damage response in plants. Genes & Genetic Systems, 15-00011.
Seznam doporučené literatury
1. Díaz, M., Pečinková, P., Nowicka, A., Baroux, C., Sakamoto, T., Gandha, P. Y., ... & Pečinka, A. (2019). The SMC5/6 complex subunit NSE4A is involved in DNA damage repair and seed development. The Plant Cell, 31(7), 1579-1597.
2. Ricaud, L., Proux, C., Renou, J. P., Pichon, O., Fochesato, S., Ortet, P., & Montané, M. H. (2007). ATM-mediated transcriptional and developmental responses to γ-rays in Arabidopsis. PloS one, 2(5), e430.
3. Yoshiyama, K. O. (2015). SOG1: a master regulator of the DNA damage response in plants. Genes & Genetic Systems, 15-00011.
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
schémata
Převzato z knihovny
Ne
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce studenta Michala Steigera zahájil prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. Student seznámil komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudků vedoucí práce Mgr. Jovanky Vladejić a oponentky Mgr. Evy Dvořák Tomaštíkové, Ph.D.
Student pak reagoval na připomínky a dotazy.
Prezentace studenta obsahovala tato témata:
odpověď rostlinné buňky na poškození DNA
kandidátní proteiny zapojené opravách poškození DNA