Půdní sinice a jejich diverzita jsou neprozkoumanou oblastí v algologickém světě. Tato diplomová práce je zaměřena na studii druhové diverzity sinic v okolí Konicka. Determinace sinic a následná izolace vzorků byla provedena dle běžných metod využívaných v algologické laboratoři. Morfologická charakteristika byla provedena pomocí světelného mikroskopu. Fylogenetická analýza byla provedena na základě sekvencí 16S rRNA a ITS. Tato práce ukazuje, že v okolí Konicka se nacházejí již molekulárně prostudované druhy sinic. Jedná se o Microcoleus vaginatus, Anagnostidinema carotinosum, Ancylothrix terrestris a Laspinema thermale. Několik kmenů bylo také identifikováno jako Microcoleus sp. a Phormidium sp. Byly ale objeveny i zcela nové, dosud nepopsané linie sinic, které jsou úzce spojeny se sinicemi rodu Ancylothrix a Planktothrix. Jedná se o nově pojmenovaný druh Ancylothrix feudum, a nově pojmenovaný rod Distillera.
Anotace v angličtině
Soil cyanobacteria and its diversity are an unexplored area in the algae world. This diploma work focuses on the study of species diversity of cyanobacteria around Konice. The determination of cyanobacteria and its consequent sample isolation was conducted according to the usual methods used in an algological laboratory. The morphological was performes in the light microscope and phylogenetic analysis was conducted using 16S rRNA and ITS sequencing. This work demonstrates that there already are molecularly studied species of cyanobacteria around Konice. These include Microcoleus vaginatus, Anagnostidinema carotinosum, Ancylothrix terrestris and Laspinema thermale. Several strains were also identified, such as Microcoleus sp. and Phormidium sp. However, completely new, not yet described cyanobacteria lineages, were also discovered, which are closely related to the Ancylothrix and Planktothrix cyanobacteria geneses. It is a newly named species of Ancylothrix feudum, and a newly named genus of Distillera.
cyanobacteria, species diversity, sequencing, Konicko, taxonomy
Rozsah průvodní práce
67
Jazyk
CZ
Anotace
Půdní sinice a jejich diverzita jsou neprozkoumanou oblastí v algologickém světě. Tato diplomová práce je zaměřena na studii druhové diverzity sinic v okolí Konicka. Determinace sinic a následná izolace vzorků byla provedena dle běžných metod využívaných v algologické laboratoři. Morfologická charakteristika byla provedena pomocí světelného mikroskopu. Fylogenetická analýza byla provedena na základě sekvencí 16S rRNA a ITS. Tato práce ukazuje, že v okolí Konicka se nacházejí již molekulárně prostudované druhy sinic. Jedná se o Microcoleus vaginatus, Anagnostidinema carotinosum, Ancylothrix terrestris a Laspinema thermale. Několik kmenů bylo také identifikováno jako Microcoleus sp. a Phormidium sp. Byly ale objeveny i zcela nové, dosud nepopsané linie sinic, které jsou úzce spojeny se sinicemi rodu Ancylothrix a Planktothrix. Jedná se o nově pojmenovaný druh Ancylothrix feudum, a nově pojmenovaný rod Distillera.
Anotace v angličtině
Soil cyanobacteria and its diversity are an unexplored area in the algae world. This diploma work focuses on the study of species diversity of cyanobacteria around Konice. The determination of cyanobacteria and its consequent sample isolation was conducted according to the usual methods used in an algological laboratory. The morphological was performes in the light microscope and phylogenetic analysis was conducted using 16S rRNA and ITS sequencing. This work demonstrates that there already are molecularly studied species of cyanobacteria around Konice. These include Microcoleus vaginatus, Anagnostidinema carotinosum, Ancylothrix terrestris and Laspinema thermale. Several strains were also identified, such as Microcoleus sp. and Phormidium sp. However, completely new, not yet described cyanobacteria lineages, were also discovered, which are closely related to the Ancylothrix and Planktothrix cyanobacteria geneses. It is a newly named species of Ancylothrix feudum, and a newly named genus of Distillera.
cyanobacteria, species diversity, sequencing, Konicko, taxonomy
Zásady pro vypracování
Půdní sinice jsou málo prozkoumanou skupinou. To platí i pro temperátní zónu. Morfologická identifikace druhů je stížena kryptickou diverzitou, a proto je potřeba použít molekulární metody s vyšším rozlišením na úrovni rodu i druhu. Diplomová práce se bude zabývat morfologickou a molekulární charakteristikou sinic, které se vyskytují na půdních biotopech v blízkosti města Konice. Morfologická data v kombinaci s fylogenetickými analýzami povedou k přesnějšímu určení druhů a také k identifikaci neznámých linií.
Zásady pro vypracování
Půdní sinice jsou málo prozkoumanou skupinou. To platí i pro temperátní zónu. Morfologická identifikace druhů je stížena kryptickou diverzitou, a proto je potřeba použít molekulární metody s vyšším rozlišením na úrovni rodu i druhu. Diplomová práce se bude zabývat morfologickou a molekulární charakteristikou sinic, které se vyskytují na půdních biotopech v blízkosti města Konice. Morfologická data v kombinaci s fylogenetickými analýzami povedou k přesnějšímu určení druhů a také k identifikaci neznámých linií.
Seznam doporučené literatury
KAŠTOVSKÝ, J., HAUER, T., GERIŠ, R., CHATTOVÁ, B., JURÁŇ, J., LEPŠOVÁ-SKÁCELOVÁ, O., PITELKOVÁ, P., PUSZTAI, M., ŠKALOUD, P., ŠŤASTNÝ, J., ČAPKOVÁ, K., BOHUNICKÁ, M. a MÜHLSTEINOVÁ, R. (2018): Atlas sinic a řas ČR 1. powerprint, Praha, 384 s. ISBN 978-80-7568-124-9.
HAŠLER, P., DVOŘÁK P., JOHANSEN J. R., KITNER M., ONDŘEJ V. a POULÍČKOVA A. Morphological and molecular study of epipelic filamentous genera Phormidium, Microcoleus and Geitlerinema (Oscillatoriales, Cyanophyta/Cyanobacteria). Fottea. 2012, 12(2), 341-356. ISSN 18025439.
DVOŘÁK, P., CASAMATTA A. D., HAŠLER P., JAHODÁŘOVÁ E., NORWICH A. R. a POULÍČKOVÁ A. Diversity of the Cyanobacteria. Cham: Springer International Publishing. 2017, 3-46. ISBN 978-3-319-46259-2.
KOMÁREK J., KAŠTOVSKÝ J., MAREŠ J. & JOHANSEN J. R. (2014): Taxonomic classification of cyanoprokaryotes (cyanobacterial genera) 2014, using a polyphasic approach. – Preslia 86: 295–335.
MORRIS, S. J. a BLACKWOOD Ch.B. THE ECOLOGY OF SOIL ORGANISMS. Soil Microbiology, Ecology and Biochemistry. Elsevier. 2007, 195-229. ISBN 9780125468077.
Seznam doporučené literatury
KAŠTOVSKÝ, J., HAUER, T., GERIŠ, R., CHATTOVÁ, B., JURÁŇ, J., LEPŠOVÁ-SKÁCELOVÁ, O., PITELKOVÁ, P., PUSZTAI, M., ŠKALOUD, P., ŠŤASTNÝ, J., ČAPKOVÁ, K., BOHUNICKÁ, M. a MÜHLSTEINOVÁ, R. (2018): Atlas sinic a řas ČR 1. powerprint, Praha, 384 s. ISBN 978-80-7568-124-9.
HAŠLER, P., DVOŘÁK P., JOHANSEN J. R., KITNER M., ONDŘEJ V. a POULÍČKOVA A. Morphological and molecular study of epipelic filamentous genera Phormidium, Microcoleus and Geitlerinema (Oscillatoriales, Cyanophyta/Cyanobacteria). Fottea. 2012, 12(2), 341-356. ISSN 18025439.
DVOŘÁK, P., CASAMATTA A. D., HAŠLER P., JAHODÁŘOVÁ E., NORWICH A. R. a POULÍČKOVÁ A. Diversity of the Cyanobacteria. Cham: Springer International Publishing. 2017, 3-46. ISBN 978-3-319-46259-2.
KOMÁREK J., KAŠTOVSKÝ J., MAREŠ J. & JOHANSEN J. R. (2014): Taxonomic classification of cyanoprokaryotes (cyanobacterial genera) 2014, using a polyphasic approach. – Preslia 86: 295–335.
MORRIS, S. J. a BLACKWOOD Ch.B. THE ECOLOGY OF SOIL ORGANISMS. Soil Microbiology, Ecology and Biochemistry. Elsevier. 2007, 195-229. ISBN 9780125468077.