Tato bakalářská práce se zabývá trichomy, jejich vlivem na albedo, biosyntetickou drahou flavonoidů, jejich regulací na úrovni transkripce a jejich účinky na lidské zdraví. V teoretické části jsem popsala publikované alely a geny zodpovědné za pigmentaci trichomů. Popsané mutace v těchto genech však nevysvětlují fenotyp u všech variet. Cílem praktické části je najít a ověřit kandidátní geny, které by dovysvětlily pigmentaci trichomů. K tomu jsem použila bioinformatické nástroje SNPViz v2.0, AccuTool, BLAST a Katalog alel sóji. Za použití zmíněných nástrojů jsem vyloučila původně navržený publikovaný gen Glyma.16g016500. Naopak jsem nalezla statisticky významnější mutace v genomických oblastech asociovaných s pigmentací, tyto geny jsem navrhla jako kandidátní.
Annotation in English
This bachelor thesis deals with a study of trichomes of Glycine max, their effect to albedo, the biosynthesis of flavonoid, regulation of this biosynthesis at the transcriptional level and effect of flavonoids to human health. The theoretical part deals with published alleles and genes which are responsible for the pigmentation of trichomes. However, not all of the phenotypic variance is explained by published alleles and genes. The goal of the practical part is to find and verify candidates genes, which would explain the remaining phenotype. In this study there were used bioinformatical tools such as SNPViz v2.0, AccuTool, BLAST and Soybean Allele Catalogue. By using the mentioned tools, the proposed gene Glyma.16g016500 was excluded. I found statistically more significant mutations in the genomic regions associated with pigmentation, these genes were proposed as candidates.
Tato bakalářská práce se zabývá trichomy, jejich vlivem na albedo, biosyntetickou drahou flavonoidů, jejich regulací na úrovni transkripce a jejich účinky na lidské zdraví. V teoretické části jsem popsala publikované alely a geny zodpovědné za pigmentaci trichomů. Popsané mutace v těchto genech však nevysvětlují fenotyp u všech variet. Cílem praktické části je najít a ověřit kandidátní geny, které by dovysvětlily pigmentaci trichomů. K tomu jsem použila bioinformatické nástroje SNPViz v2.0, AccuTool, BLAST a Katalog alel sóji. Za použití zmíněných nástrojů jsem vyloučila původně navržený publikovaný gen Glyma.16g016500. Naopak jsem nalezla statisticky významnější mutace v genomických oblastech asociovaných s pigmentací, tyto geny jsem navrhla jako kandidátní.
Annotation in English
This bachelor thesis deals with a study of trichomes of Glycine max, their effect to albedo, the biosynthesis of flavonoid, regulation of this biosynthesis at the transcriptional level and effect of flavonoids to human health. The theoretical part deals with published alleles and genes which are responsible for the pigmentation of trichomes. However, not all of the phenotypic variance is explained by published alleles and genes. The goal of the practical part is to find and verify candidates genes, which would explain the remaining phenotype. In this study there were used bioinformatical tools such as SNPViz v2.0, AccuTool, BLAST and Soybean Allele Catalogue. By using the mentioned tools, the proposed gene Glyma.16g016500 was excluded. I found statistically more significant mutations in the genomic regions associated with pigmentation, these genes were proposed as candidates.
Sója luštinatá Glycine max [L.] Merr. je komodita celosvětového významu a poptávka po ní se neustále zvyšuje. Jedním z hlavních cílů přípravy nových kultivarů sóji je proto posouvat hranice zeměpisných šířek vhodných pro pěstování sóji.
Mezi klasické agronomicky důležité znaky sóji jako je doba kvetení a dozrávání, výnos, odolnost a podobě se tak začínají uplatňovat i znaky mající vliv na odrazivost světla listovou plochou nebo schopnost rostliny přirozeně zadržovat
vzdušnou vlhkost. Mezi tyto znaky patří i morfologie trichomů. Bylo zjištěno, že variety sóji s kudrnatým typem trichomů, žlutohnědými trichomy a linie s malou hustotou trichomů na plochu odrážejí záření více než variety se
vzpřímenými či přilehlými trichomy, šedými trichomy a větší hustotou trichomů.
Teoretická část bakalářské práce se bude zabývat rešerší na téma morfologie trichomů jako důležitého agronomického znaku sóji. Praktická část se bude zabývat ověření identifikovaných alternativních alel u linií s různou intenzitou
šedého zbarvení trichomů.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie (http://biochemie.upol.cz/index.php/cs/studium/zaverecne-prace).
Vzhledem k aktuálnímu nastavenému režimu na UP v souvislosti s pandemií Covid-19 v době odevzdání závěrečných prací ve školním roce 2020/2021 je student povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Student odevzdá dva svázané výtisky závěrečné práce přímo zkušební komisi v den obhajoby. Vzhledem k omezeným možnostem vypalování nemusí být CD s elektronickou verzí součástí BP.
Research Plan
Sója luštinatá Glycine max [L.] Merr. je komodita celosvětového významu a poptávka po ní se neustále zvyšuje. Jedním z hlavních cílů přípravy nových kultivarů sóji je proto posouvat hranice zeměpisných šířek vhodných pro pěstování sóji.
Mezi klasické agronomicky důležité znaky sóji jako je doba kvetení a dozrávání, výnos, odolnost a podobě se tak začínají uplatňovat i znaky mající vliv na odrazivost světla listovou plochou nebo schopnost rostliny přirozeně zadržovat
vzdušnou vlhkost. Mezi tyto znaky patří i morfologie trichomů. Bylo zjištěno, že variety sóji s kudrnatým typem trichomů, žlutohnědými trichomy a linie s malou hustotou trichomů na plochu odrážejí záření více než variety se
vzpřímenými či přilehlými trichomy, šedými trichomy a větší hustotou trichomů.
Teoretická část bakalářské práce se bude zabývat rešerší na téma morfologie trichomů jako důležitého agronomického znaku sóji. Praktická část se bude zabývat ověření identifikovaných alternativních alel u linií s různou intenzitou
šedého zbarvení trichomů.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie (http://biochemie.upol.cz/index.php/cs/studium/zaverecne-prace).
Vzhledem k aktuálnímu nastavenému režimu na UP v souvislosti s pandemií Covid-19 v době odevzdání závěrečných prací ve školním roce 2020/2021 je student povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Student odevzdá dva svázané výtisky závěrečné práce přímo zkušební komisi v den obhajoby. Vzhledem k omezeným možnostem vypalování nemusí být CD s elektronickou verzí součástí BP.
Recommended resources
Gilbert et al. 2018, Doughty et al. 2011, Lee et al. 1999, Bandillo et al. 2017
Recommended resources
Gilbert et al. 2018, Doughty et al. 2011, Lee et al. 1999, Bandillo et al. 2017
Enclosed appendices
-
Appendices bound in thesis
illustrations, graphs, schemes, tables
Taken from the library
Yes
Full text of the thesis
Appendices
Reviewer's report
Supervisor's report
Defence procedure record
V úvodu obhajoby předsedkyně komise doc. RNDr. Lenka Luhová, Ph.D. představila studentku přítomným akademickým pracovníkům a hostům. V rámci prezentace své práce Pigmentace trichomů sóji luštinaté Glycine max [L.] Merr. jako důležitý agronomický znak studentka seznámila všechny zúčastněné s cíli práce a hlavními metodami využitými při jejím zpracování, dále se získanými výsledky a z nich vyplývajícími závěry.
Následně byl přečten posudek vedoucí práce a oponentský posudek. Studentka zodpověděla dotazy položené v posudku oponentky. Odpověděla také na dotazy členů zkušební komise:
doc. Luhová: Jakou roli hraje zbarvení trichomů?
prof. Petřivalský: Transgenní sója - vychází z referenčního genomu?