Náplní této bakalářské práce bylo nalezení polymorfních mikrosatelitních lokusů u pelikána skvrnozobého pomocí cross-species PCR amplifikace.
V teoretické části jsem se věnovala zařazení pelikána skvrnozobého do systému, popisu řádu pelikáni, rodu pelikán a pelikána skvrnozobého. Dále je zde uvedena obecná charakteristika mikrosatelitů a jejich dělení.
V praktické části jsem používala metodu cross-species PCR amplifikace pro testování polymorfismu mikrosatelitních lokusů u 6 nepříbuzných jedinců pelikána skvrnozobého s využitím 213 párů primerů. 207 párů primerů bylo navrženo pro zástupce z řádu trubkonosí. 5 párů primerů od zástupců řádu dlouhokřídlí a 1 od zástupce řádu pěvci poskytly u zástupců z řádu trubkonosí polymorfní produkt, proto byly také využity pro testování. Z těchto mikrosatelitů jich 22 poskytlo polymorfní produkt, 189 monomorfní produkt a dva páry primerů produkt neposkytly.
Annotation in English
The aim of this bachelor's thesis was to find polymorphic microsatellite loci of the spot-billed pelican by employing the cross-species PCR amplification.
The theoretical part of my thesis was focused on scientific classification of the spot-billed pelican, the description of the family Pelecanidae, the genus Pelecanus and the species P. phillipensis. It also included a general characteristic and typecasting of microsatellites.
In the practical part, I have applied the cross-species PCR amplification method to test the polymorphism of microsatellite loci of six unrelated individuals of the spot-billed pelican, using 213 primer pairs. 207 primer pairs were designed from members of Procellariiformes. 5 primer pairs from members of Charadriiformes and 1 primer pair from a member of Passeriformes have provided the polymorphic product for Procellariiformes species, hence the utilisation of these for testing. Of these microsatellites, 22 have provided the polymorphic product, 189 provided the monomorphic product, ant two primer pairs have provided none
Náplní této bakalářské práce bylo nalezení polymorfních mikrosatelitních lokusů u pelikána skvrnozobého pomocí cross-species PCR amplifikace.
V teoretické části jsem se věnovala zařazení pelikána skvrnozobého do systému, popisu řádu pelikáni, rodu pelikán a pelikána skvrnozobého. Dále je zde uvedena obecná charakteristika mikrosatelitů a jejich dělení.
V praktické části jsem používala metodu cross-species PCR amplifikace pro testování polymorfismu mikrosatelitních lokusů u 6 nepříbuzných jedinců pelikána skvrnozobého s využitím 213 párů primerů. 207 párů primerů bylo navrženo pro zástupce z řádu trubkonosí. 5 párů primerů od zástupců řádu dlouhokřídlí a 1 od zástupce řádu pěvci poskytly u zástupců z řádu trubkonosí polymorfní produkt, proto byly také využity pro testování. Z těchto mikrosatelitů jich 22 poskytlo polymorfní produkt, 189 monomorfní produkt a dva páry primerů produkt neposkytly.
Annotation in English
The aim of this bachelor's thesis was to find polymorphic microsatellite loci of the spot-billed pelican by employing the cross-species PCR amplification.
The theoretical part of my thesis was focused on scientific classification of the spot-billed pelican, the description of the family Pelecanidae, the genus Pelecanus and the species P. phillipensis. It also included a general characteristic and typecasting of microsatellites.
In the practical part, I have applied the cross-species PCR amplification method to test the polymorphism of microsatellite loci of six unrelated individuals of the spot-billed pelican, using 213 primer pairs. 207 primer pairs were designed from members of Procellariiformes. 5 primer pairs from members of Charadriiformes and 1 primer pair from a member of Passeriformes have provided the polymorphic product for Procellariiformes species, hence the utilisation of these for testing. Of these microsatellites, 22 have provided the polymorphic product, 189 provided the monomorphic product, ant two primer pairs have provided none
1. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce. 2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů. 3. PCR amplifikace DNA pelikána skvrnozobého s využitím cross-species primerů pro mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu trubkonosí.
Research Plan
1. Vypracování rešerše na téma bakalářské práce. 2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů. 3. PCR amplifikace DNA pelikána skvrnozobého s využitím cross-species primerů pro mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu trubkonosí.
Recommended resources
1) Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573. 2) Moodley, Y. et al. (2015): Evolutionary factors affecting the cross-species utility of newly developer microsatellite markers in seabirds. Molecular Ecology Resources, 15, 1046-1058. 3) Kennedy, M. et al. (2013): The phylogenetic relationships of the extant pelicans inferred from DNA sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 66, 215-222. 4) Bicknell, A.W.J. et al. (2011): Characterisation and predicted genome locations of Leach´s storm-petrel (Oceanodroma leucorhoa) microsatellite loci (Procellariidae, Aves). Conservation Genetics Resources, 3, 711-716. 5) Briedl, J. et al. (2012): Eighteen polymorphic microsatellite markers in Monteiro´s storm-petrel, Oceanodroma monteiroi, and cross-species amplification in three other Procellariiformes. Molecular Ecology Resources, 9, 913-915.
Recommended resources
1) Prum, R.O. et al. (2015): A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573. 2) Moodley, Y. et al. (2015): Evolutionary factors affecting the cross-species utility of newly developer microsatellite markers in seabirds. Molecular Ecology Resources, 15, 1046-1058. 3) Kennedy, M. et al. (2013): The phylogenetic relationships of the extant pelicans inferred from DNA sequence data. Molecular Phylogenetics and Evolution, 66, 215-222. 4) Bicknell, A.W.J. et al. (2011): Characterisation and predicted genome locations of Leach´s storm-petrel (Oceanodroma leucorhoa) microsatellite loci (Procellariidae, Aves). Conservation Genetics Resources, 3, 711-716. 5) Briedl, J. et al. (2012): Eighteen polymorphic microsatellite markers in Monteiro´s storm-petrel, Oceanodroma monteiroi, and cross-species amplification in three other Procellariiformes. Molecular Ecology Resources, 9, 913-915.
Enclosed appendices
-
Appendices bound in thesis
tables
Taken from the library
Yes
Full text of the thesis
Appendices
Reviewer's report
Supervisor's report
Defence procedure record
Obhajobu bakalářské práce studentky Barbory Mackové zahájil prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucího práce RNDr. Petra Nádvorníka, Ph.D. a oponenta doc. RNDr. Vladana Ondřeje, Ph.D.
Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
- Pelikán skvrnozobý - charakteristika druhu
- Mikrosatelity a jejich využití v populačních studiích
- Design experimentální práce
- Identifikace polymorfních mikrosatelitů
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
- Taxonomické rozdělení ptáků do dvou linií, Paleoghathae a Neognathae; evoluční konsekvence
- Budoucnost a využití mikrostatelitů v době NGS a RADSeq sekvenování
- Interpretace elektroforetogramů
- Polymorfnost použitých mikrosatelitů, porovnání s literaturou
- Příbuznost jedinců, kontrola příbuznosti
Studentka na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagovala adekvátně, se znalostí problematiky.