Informace o kvalifikační práci Physical localization of in silico identified tandem repeats by FISH in diploid Ae. umbellulata and Ae. comosa and their tetraploid hybrids
- Všechny požadované údaje o této VŠKP jsou vyplněny.
Hlavní téma
Fyzická lokalizace in silico identifikovaných tandemových repetic diploidních Ae. umbellulata a Ae. comosa a jejich tetraploidních hybridů metodou FISH
Hlavní téma v angličtině
Physical localization of in silico identified tandem repeats by FISH in diploid Ae. umbellulata and Ae.
comosa and their tetraploid hybrids
Název dle studenta
Physical localization of in silico identified tandem repeats by FISH in diploid Ae. umbellulata and Ae. comosa and their tetraploid hybrids
Název dle studenta v angličtině
Physical localization of in silico identified tandem repeats by FISH in diploid Ae. umbellulata and Ae. comosa and their tetraploid hybrids
Tato diplomová práce se zaměřuje na rod Aegilops, jeho genetickou příbuznost pšenici a evoluci genomů pšenice a Aegilops. Dále stručně popisuje metody křížení pšenice s cizím druhem, metody identifikace nepůvodních chromosomů a značení sond. Na konec popisuje princip identifikace tandemových repetic in silico, což sloužilo jako základ pro praktickou část.
Praktická část se zabývá použítím nově identifikovaných randemových repetic jako prób u dvou diploidních druhů Ae. umbellulata a Ae. comosa, a také allotetraploidního hybrida Ae. biuncialis, jež nese stejné typy genomů. Na Ae. biuncialis bylá take provedena genomová in situ hybridizace na identifikaci genomového původu každého chromosomu. Ten samý experiment byl proveden na ampfiploidním hybridu pšenice a Ae. biuncialis, nicméně bez jakýhkoliv publikovatelných výsledků, a není tedy zahrnut v sekci Výsledky.
Anotace v angličtině
This thesis focuses on the genus Aegilops, its genetic proximity to wheat and the evolution of wheat and Aegilops genomes. Furthermore, it briefly discusses methods of crossing wheat with alien species, alien chromosome identification and probe labelling. Lastly, it describes the process of in silico tandem repeat identification, which was the basis for the experimental part.
The experimental part discusses use of newly identified tandem repeats as probes on two diploid species Ae. umbellulata and Ae. comosa, as well as on an allotetraploid hybrid Ae. biuncialis which shares their genome types. On Ae. biuncialis, genomic in situ hybridisation was also performed to identify the genomic origin of each chromosome. The same experiment has been performed on a Ae. biuncialis/Triticum amphiploid, however without any publishable results, therefore it is not included in the Results section.
Klíčová slova
Aegilops, pšenice, FISH, GISH, tandemové repetice, sondy
Klíčová slova v angličtině
Aegilops, wheat, FISH, GISH, tandem repeats, probes
Rozsah průvodní práce
55 s. (63 415 znaků)
Jazyk
AN
Anotace
Tato diplomová práce se zaměřuje na rod Aegilops, jeho genetickou příbuznost pšenici a evoluci genomů pšenice a Aegilops. Dále stručně popisuje metody křížení pšenice s cizím druhem, metody identifikace nepůvodních chromosomů a značení sond. Na konec popisuje princip identifikace tandemových repetic in silico, což sloužilo jako základ pro praktickou část.
Praktická část se zabývá použítím nově identifikovaných randemových repetic jako prób u dvou diploidních druhů Ae. umbellulata a Ae. comosa, a také allotetraploidního hybrida Ae. biuncialis, jež nese stejné typy genomů. Na Ae. biuncialis bylá take provedena genomová in situ hybridizace na identifikaci genomového původu každého chromosomu. Ten samý experiment byl proveden na ampfiploidním hybridu pšenice a Ae. biuncialis, nicméně bez jakýhkoliv publikovatelných výsledků, a není tedy zahrnut v sekci Výsledky.
Anotace v angličtině
This thesis focuses on the genus Aegilops, its genetic proximity to wheat and the evolution of wheat and Aegilops genomes. Furthermore, it briefly discusses methods of crossing wheat with alien species, alien chromosome identification and probe labelling. Lastly, it describes the process of in silico tandem repeat identification, which was the basis for the experimental part.
The experimental part discusses use of newly identified tandem repeats as probes on two diploid species Ae. umbellulata and Ae. comosa, as well as on an allotetraploid hybrid Ae. biuncialis which shares their genome types. On Ae. biuncialis, genomic in situ hybridisation was also performed to identify the genomic origin of each chromosome. The same experiment has been performed on a Ae. biuncialis/Triticum amphiploid, however without any publishable results, therefore it is not included in the Results section.
Klíčová slova
Aegilops, pšenice, FISH, GISH, tandemové repetice, sondy
Klíčová slova v angličtině
Aegilops, wheat, FISH, GISH, tandem repeats, probes
Zásady pro vypracování
1) - Osvojení si praktických kroků fluorescenční a genomové in situ hybridizace na rostlinných chromosomech
2) - Příprava nových FISH sond z in silico identifikovaných tandemových repetic
3) - Fyzické mapovaní tandemových repetic na U a M genomických chromosomů diploidních a tetraploidních druhů Aegilops metodami FISH a GISH
4) - Ověření použitelnosti nových sond pro tandemové repetice na identifikaci chromosomů Aegilops u potomstva hybridů mezi Aegilops a pšenicí
Zásady pro vypracování
1) - Osvojení si praktických kroků fluorescenční a genomové in situ hybridizace na rostlinných chromosomech
2) - Příprava nových FISH sond z in silico identifikovaných tandemových repetic
3) - Fyzické mapovaní tandemových repetic na U a M genomických chromosomů diploidních a tetraploidních druhů Aegilops metodami FISH a GISH
4) - Ověření použitelnosti nových sond pro tandemové repetice na identifikaci chromosomů Aegilops u potomstva hybridů mezi Aegilops a pšenicí
Seznam doporučené literatury
Schwarzacher T and Heslop-Harrison JS (2000) Practical In Situ Hybridization. BIOS Scientific Publishers, Oxford.
Molnár I, Benavente E and Molnár-Láng M (2009) Detection of intergenomic chromosome rearrangements in irradiated Triticum aestivum Aegilops biuncialis amphiploids by multicolour genomic in situ hybridization. Genome 52: 156-165.
Molnár I, Cifuentes M, Schneider A, Benavente E, Molnár-Láng M. (2011) Association between SSR- rich chromosome regions and intergenomic translocation breakpoints in natural populations of allopolyploid wild wheats. Annals of Botany 107(1): 65-76.
Molnár I, Vrána J, Burešová V, Cápal P, Farkas A, Darkó É, Cseh A, Kubaláková M, Molnár-Láng M, Doležel J (2016) Dissecting the U, M, S and C genomes of wild relatives of bread wheat (Aegilops spp.) into chromosomes and exploring their synteny with wheat. The Plant Journal, 88(3): 452467.
Seznam doporučené literatury
Schwarzacher T and Heslop-Harrison JS (2000) Practical In Situ Hybridization. BIOS Scientific Publishers, Oxford.
Molnár I, Benavente E and Molnár-Láng M (2009) Detection of intergenomic chromosome rearrangements in irradiated Triticum aestivum Aegilops biuncialis amphiploids by multicolour genomic in situ hybridization. Genome 52: 156-165.
Molnár I, Cifuentes M, Schneider A, Benavente E, Molnár-Láng M. (2011) Association between SSR- rich chromosome regions and intergenomic translocation breakpoints in natural populations of allopolyploid wild wheats. Annals of Botany 107(1): 65-76.
Molnár I, Vrána J, Burešová V, Cápal P, Farkas A, Darkó É, Cseh A, Kubaláková M, Molnár-Láng M, Doležel J (2016) Dissecting the U, M, S and C genomes of wild relatives of bread wheat (Aegilops spp.) into chromosomes and exploring their synteny with wheat. The Plant Journal, 88(3): 452467.
Přílohy volně vložené
1 CD
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu diplomové práce studenta Jana Jurečky zahájil prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc. Student seznámil komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucího práce MSc. Istvána Molnára, Ph.D. a oponenta Mahmouda Saida Ph.D.
Student pak reagoval na připomínky a dotazy.
Prezentace studenta obsahovala tato témata:
- Main goals of the thesis
- Aegilops: characterization, importance of chromosomes identification
- Tandem repeats identified in silico,
- Aegilops plant material, design of experiments
- Identification of individual chromosomes,
- Identification specific genetic changes between diploid and tetraploid lines, typical for the specific Ae. species as well as the homologies between Ae. umbellulata, comosa and biuncialis.
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
- Possibility of using FISH to visualize position of other type of DNA molecules
- Advantage of indirect method
- Samples of successful transfer of traits of Aegilops sp.
- Chromosome changes and re-organisation of Ae. biuncialis, Ae. umbelullata
- Comparisons of probes, alignment of them
- Missing citations
- Continuation of work, problem of the detectability of specific parts
Student na dotazy položené oponentem práce a členy komise reagoval pohotově, se znalostí problematiky.