Thesis info Analýza a charakteristika vybraných polymorfních cross-species mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber)
- All mandatory fields for this Thesis are filled in.
Main topic
Analýza a charakteristika vybraných polymorfních cross-species mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber)
Main topic in English
The analysis and characterization of selected polymorphic cross-species microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Caribbean Flamingo (Phoenicopterus ruber)
Title according to student
Analýza a charakteristika vybraných polymorfních cross-species mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber)
English title as given by the student
The analysis and characterization of selected polymorphic cross-species microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Caribbean Flamingo (Phoenicopterus ruber)
V této diplomové práci jsem analyzovala a charakterizovala vybrané mikrosatelity u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber).
V teoretické části jsem se zabývala systémem ptáků především na základě molekulárních metod s důrazem na řád plameňáci (Phoenicopteriformes) a taxonomii plameňáka karibského, jeho biologii a ekologii. Následně jsem se věnovala molekulárně genetickým charakteristikám populací s důrazem na mikrosatelity. Také jsem popsala veškeré dosud charakterizované polymorfní mikrosatelity pro plameňáka karibského.
V praktické části jsem pomocí cross-species PCR amplifikace analyzova 22 polymorfních mikrosatelitů na DNA 30 nepříbuzných jedinců plameňáka karibského, které jsem následně charakterizovala v programu Cervus 3.0.6 a testovala pomocí programu Genepop 4.2.
Annotation in English
In this master's thesis I analyzed and characterized selected microsatellites in American flamingo (Phoenicopterus ruber).
In the theoretical part I dealt with the system of birds mainly on the basis of molecular methods with emphasis on the Phoenicopteriformes and taxonomy of the American flamingo, its biology and ecology. Subsequently I focused on molecular genetic characteristics of populations with emphasis on microsatellites. I have also described all the previously characterized polymorphic microsatellites for the American flamingo.
In the practical part I analyzed 22 polymorphic microsatellites by cross-species PCR amplification of DNA of 30 unrelated individuals of the American flamingo, which I subsequently described in Cervus 3.0.6 and tested using Genepop 4.2.
American flamingo, Phoenicopterus ruber, microsatellite, cross-species PCR amplification, penguin
Length of the covering note
ix s., 58 s.
Language
CZ
Annotation
V této diplomové práci jsem analyzovala a charakterizovala vybrané mikrosatelity u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber).
V teoretické části jsem se zabývala systémem ptáků především na základě molekulárních metod s důrazem na řád plameňáci (Phoenicopteriformes) a taxonomii plameňáka karibského, jeho biologii a ekologii. Následně jsem se věnovala molekulárně genetickým charakteristikám populací s důrazem na mikrosatelity. Také jsem popsala veškeré dosud charakterizované polymorfní mikrosatelity pro plameňáka karibského.
V praktické části jsem pomocí cross-species PCR amplifikace analyzova 22 polymorfních mikrosatelitů na DNA 30 nepříbuzných jedinců plameňáka karibského, které jsem následně charakterizovala v programu Cervus 3.0.6 a testovala pomocí programu Genepop 4.2.
Annotation in English
In this master's thesis I analyzed and characterized selected microsatellites in American flamingo (Phoenicopterus ruber).
In the theoretical part I dealt with the system of birds mainly on the basis of molecular methods with emphasis on the Phoenicopteriformes and taxonomy of the American flamingo, its biology and ecology. Subsequently I focused on molecular genetic characteristics of populations with emphasis on microsatellites. I have also described all the previously characterized polymorphic microsatellites for the American flamingo.
In the practical part I analyzed 22 polymorphic microsatellites by cross-species PCR amplification of DNA of 30 unrelated individuals of the American flamingo, which I subsequently described in Cervus 3.0.6 and tested using Genepop 4.2.
American flamingo, Phoenicopterus ruber, microsatellite, cross-species PCR amplification, penguin
Research Plan
1. Vypracování rešerše na téma diplomové práce.
2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
3. PCR amplifikace DNA plameňáka karibského s využitím cross-species primerů pro vybrané polymorfní mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu tučňáci a konzervované ptačí mikrosatelity a byly popsány v bakalářské práci Zlochová, A. (2017): Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber). Bakalářská práce (Dep. In: Knihovna Biologických oborů PřF UP v Olomouci).
Research Plan
1. Vypracování rešerše na téma diplomové práce.
2. Shromáždění dostupných literárních zdrojů.
3. PCR amplifikace DNA plameňáka karibského s využitím cross-species primerů pro vybrané polymorfní mikrosatelity, které jsou známé u ptáků z řádu tučňáci a konzervované ptačí mikrosatelity a byly popsány v bakalářské práci Zlochová, A. (2017): Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber). Bakalářská práce (Dep. In: Knihovna Biologických oborů PřF UP v Olomouci).
Recommended resources
1. Prum, R.O. et al. (2015). A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573.
2. Dawson, D.A. et al. (2013): High-utility conserved avian microsatellite markers enable parentage and population studies across a wide range of species. BMC Genomics, 14, 176.
3. Dawson, D.A. et al. (2010): New methods to identify conserved microsatellite loci and develop primer sets of high cross-species utility as demonstrated for birds. Molecular Ecology Resources 10, 475-494.
4. Ahmed, S. et al. (2009): Isolation and characterization of macaroni penguin (Eudyptes chrysolophus) microsatellite loci and their utility in other penguin species (Spheniscidae, AVES). Molecular Ecology Resources 9, 1530-1535.
5. Boessenkool, S. et al. (2008): Isolation and characterization of microsatellite loci from the yellow-eyed penguin (Megadyptes antipodes). Molecular Ecology Resources 8, 1043-1045.
Recommended resources
1. Prum, R.O. et al. (2015). A comprehensive phylogeny of birds (Aves) using targeted next-generation DNA sequencing. Nature, 526, 569-573.
2. Dawson, D.A. et al. (2013): High-utility conserved avian microsatellite markers enable parentage and population studies across a wide range of species. BMC Genomics, 14, 176.
3. Dawson, D.A. et al. (2010): New methods to identify conserved microsatellite loci and develop primer sets of high cross-species utility as demonstrated for birds. Molecular Ecology Resources 10, 475-494.
4. Ahmed, S. et al. (2009): Isolation and characterization of macaroni penguin (Eudyptes chrysolophus) microsatellite loci and their utility in other penguin species (Spheniscidae, AVES). Molecular Ecology Resources 9, 1530-1535.
5. Boessenkool, S. et al. (2008): Isolation and characterization of microsatellite loci from the yellow-eyed penguin (Megadyptes antipodes). Molecular Ecology Resources 8, 1043-1045.
Enclosed appendices
-
Appendices bound in thesis
illustrations, graphs, tables
Taken from the library
Yes
Full text of the thesis
Appendices
Reviewer's report
Supervisor's report
Defence procedure record
V úvodu obhajoby diplomové práce studentka Šuláková Monika představila práci na téma Analýza a charakteristika vybraných polymorfních cross-species mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber)
Na začátku obhajoby studentka seznámila s cíli své práce a charakterizovala zájmové druhy ve své studii. Dále se věnovala metodám analýzy vzorků.
Výsledky práce studentka prezentovala pomocí tabulek a grafů.
Posudek vedoucího práce hodnotil práci velice kladně a ocenil pečlivost a samostatnost studentky.
Posudek oponenta hodnotil práci kladně po obsahové i formální stránce.
V reakci na posudek studentka dostatečně odpověděla na všechny dotazy.
Na dotazy komise studentka odpověděla dostatečně. Komise vytýkala formální nedostatky prezentace.