Pro vytvoření nových léčiv je potřeba dostatek informací o daných sloučeninách. Dnešní databáze obsahují jen omezený počet fyzikálně-chemických vlastností. Knihovna vytvořená v rámci bakalářské práce si klade za úkol tento nedostatek odstranit. Při predikci a výpočtu vlastností látek byl použit program Qikprop. Následná validace dat je založena na experimentálních hodnotách rozpustnosti ve vodě, rozdělovacím koeficientu oktanol/voda a molekulové hmotnosti. Knihovna je dostupná na adrese http://pokusnice.upol.cz/bc/.
Anotace v angličtině
Plenty of information is needed for the purposes of new drug development. Current databases contain only limited number of physical-chemical properties. Goal of the library created in this bachelor thesis is to eliminate the lack of properties. Qikprop software was used for prediction and calculation of physical-chemical properties. Folowing data validation is based on experimentally obtained data of water solutability, octanol/water partition coefficient and molecular weight. Library is freely accessible at http://pokusnice.upol.cz/bc/.
Chemical library, database, physical-chemical properties, Qikprop
Rozsah průvodní práce
35 s., 6 s. příloh
Jazyk
CZ
Anotace
Pro vytvoření nových léčiv je potřeba dostatek informací o daných sloučeninách. Dnešní databáze obsahují jen omezený počet fyzikálně-chemických vlastností. Knihovna vytvořená v rámci bakalářské práce si klade za úkol tento nedostatek odstranit. Při predikci a výpočtu vlastností látek byl použit program Qikprop. Následná validace dat je založena na experimentálních hodnotách rozpustnosti ve vodě, rozdělovacím koeficientu oktanol/voda a molekulové hmotnosti. Knihovna je dostupná na adrese http://pokusnice.upol.cz/bc/.
Anotace v angličtině
Plenty of information is needed for the purposes of new drug development. Current databases contain only limited number of physical-chemical properties. Goal of the library created in this bachelor thesis is to eliminate the lack of properties. Qikprop software was used for prediction and calculation of physical-chemical properties. Folowing data validation is based on experimentally obtained data of water solutability, octanol/water partition coefficient and molecular weight. Library is freely accessible at http://pokusnice.upol.cz/bc/.
Chemical library, database, physical-chemical properties, Qikprop
Zásady pro vypracování
1. Vypracování literární rešerše
2. Prostudování uvedené odborné literatury
3. Výpočty chemicko-fyzikálních vlastností látek obsažených v databázi ChemblDB a DrugBank
4. Vyhodnocení výsledků a uložení do databáze
5. Zpracování prezentace uložených dat
6. Vypracování bakalářské práce
7. Příprava a prezentace multimediální prezentace bakalářské práce
Zásady pro vypracování
1. Vypracování literární rešerše
2. Prostudování uvedené odborné literatury
3. Výpočty chemicko-fyzikálních vlastností látek obsažených v databázi ChemblDB a DrugBank
4. Vyhodnocení výsledků a uložení do databáze
5. Zpracování prezentace uložených dat
6. Vypracování bakalářské práce
7. Příprava a prezentace multimediální prezentace bakalářské práce
Seznam doporučené literatury
Alvarez J., Schochet B, Virtual screening in Drug Discovery, 2005
původní časopisecká sdělení dle vlastní literární rešerše
Schrödinger Release 2018-3: QikProp, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018
Schrödinger Release 2018-3: Maestro, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018
Seznam doporučené literatury
Alvarez J., Schochet B, Virtual screening in Drug Discovery, 2005
původní časopisecká sdělení dle vlastní literární rešerše
Schrödinger Release 2018-3: QikProp, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018
Schrödinger Release 2018-3: Maestro, Schrödinger, LLC, New York, NY, 2018
Přílohy volně vložené
-
Přílohy vázané v práci
ilustrace, grafy, schémata, tabulky
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Student přednesl základní teze své práce ve stručné a přehledné prezentaci. Vedoucí a Oponent přečetli své posudky a student reagoval na vznesené dotazy a připomínky. Následně student odpovídal na dotazy z pléna (viz Zápis z obhajoby BP).