Tato bakalářská práce se zabývá charakteristikou Little cherry virus 1 (LChV-1) a jeho významem v kulturním a planém patosytému meruňky obecné (Prunus armeniaca L.). V teoretické části je uvedena charakteristika a význam meruňky obecné, základní informace o čeledi Closteroviridae a jejích rodech. Dále je uvedena charakteristika Little cherry virus 1 a chorob, se kterými je jeho výskyt asociován. V rámci charakteristiky LChV-1 je popsána jeho biologie, okruh hostitelů, geografický výskyt, způsob přenosu na hostitele, detekční metody, organizace genomu a genetická variabilita. LChV-1 se původně vyskytoval pouze u třešně obecné (Prunus avium (L.) L.) a višně obecné (Prunus cerasus L.), následně byl zaznamenán jeho výskyt v latentní podobě na dalších zástupcích rodu Prunus. Zástupci rodu Prunus patří mezi významné a oblíbené kulturní peckoviny, proto je velmi důležité rozšiřovat okruh znalostí ohledně LChV-1. Experimentální část je tedy zaměřena na studium výskytu Little cherry virus 1 v souboru 40 vzorků meruňky obecné (Prunus armeniaca L.) ze 4 různých lokalit z jižní Moravy za použití dvojí kombinace primerů. Virus byl detekován s frekvencí četnosti výskytu 37,5 % na třech lokalitách ze čtyř. Dále byly získány parciální sekvence ORF8 a plášťového proteinu vybraných izolátů LChV-1. Fylogenetickou analýzou nebyla potvrzena geografická ani hostitelská specifita LChV-1 izolátů.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis is about a characterization of Little cherry virus 1 (LChV-1) and its importance in the cultural and wild pathosystem of apricots (Prunus armeniaca L.). In the theoretical part, there are presented the characterization and importance of apricot, basic information about the family Closteroviridae and its genera. Subsequently, there are described the characterization of Little cherry virus 1 and the diseases wchich its occurrence is associated with. In terms of characterization of LChV-1 is described its biology, host range, geographical distribution, way of transmission to hosts, detection methods, genome organization and genetic variability. LChV-1 was originally found only on sweet cherrie (Prunus avium (L.) L.) and sour cherries (Prunus cerasus L.), then it was subsequently reported in a latent form on other representatives of the genus Prunus. Representatives of the genus Prunus are one of the most important and popular cultural stone fruit, therefore it is very important to expand the knowledge of LChV-1. The experimental part is focused on the study of the occurrence of Little cherry virus 1 (LChV-1) in a collection of 40 samples of apricot (Prunus armeniaca L.) from 4 different locations from South Moravia using a two pairs of primers. The virus was detected with a frequency of the occurrence 37,5 % at three locations out of four. Subsequently , it was obtained partial sequences of the open reading frame 8 (ORF8) and the coat protein selected isolates of LChV-1. The phylogenetic analysis did not prove any geographical or host specificity of LChV-1 isolates.
Klíčová slova
Little cherry virus 1, Little cherry disease, Prunus armeniaca L., četnost výskytu, genetická variabilita
Klíčová slova v angličtině
Little cherry virus 1, Little cherry disease, Prunus armeniaca L., frequency of appearance, genetic variability
Rozsah průvodní práce
57 s.
Jazyk
CZ
Anotace
Tato bakalářská práce se zabývá charakteristikou Little cherry virus 1 (LChV-1) a jeho významem v kulturním a planém patosytému meruňky obecné (Prunus armeniaca L.). V teoretické části je uvedena charakteristika a význam meruňky obecné, základní informace o čeledi Closteroviridae a jejích rodech. Dále je uvedena charakteristika Little cherry virus 1 a chorob, se kterými je jeho výskyt asociován. V rámci charakteristiky LChV-1 je popsána jeho biologie, okruh hostitelů, geografický výskyt, způsob přenosu na hostitele, detekční metody, organizace genomu a genetická variabilita. LChV-1 se původně vyskytoval pouze u třešně obecné (Prunus avium (L.) L.) a višně obecné (Prunus cerasus L.), následně byl zaznamenán jeho výskyt v latentní podobě na dalších zástupcích rodu Prunus. Zástupci rodu Prunus patří mezi významné a oblíbené kulturní peckoviny, proto je velmi důležité rozšiřovat okruh znalostí ohledně LChV-1. Experimentální část je tedy zaměřena na studium výskytu Little cherry virus 1 v souboru 40 vzorků meruňky obecné (Prunus armeniaca L.) ze 4 různých lokalit z jižní Moravy za použití dvojí kombinace primerů. Virus byl detekován s frekvencí četnosti výskytu 37,5 % na třech lokalitách ze čtyř. Dále byly získány parciální sekvence ORF8 a plášťového proteinu vybraných izolátů LChV-1. Fylogenetickou analýzou nebyla potvrzena geografická ani hostitelská specifita LChV-1 izolátů.
Anotace v angličtině
This bachelor thesis is about a characterization of Little cherry virus 1 (LChV-1) and its importance in the cultural and wild pathosystem of apricots (Prunus armeniaca L.). In the theoretical part, there are presented the characterization and importance of apricot, basic information about the family Closteroviridae and its genera. Subsequently, there are described the characterization of Little cherry virus 1 and the diseases wchich its occurrence is associated with. In terms of characterization of LChV-1 is described its biology, host range, geographical distribution, way of transmission to hosts, detection methods, genome organization and genetic variability. LChV-1 was originally found only on sweet cherrie (Prunus avium (L.) L.) and sour cherries (Prunus cerasus L.), then it was subsequently reported in a latent form on other representatives of the genus Prunus. Representatives of the genus Prunus are one of the most important and popular cultural stone fruit, therefore it is very important to expand the knowledge of LChV-1. The experimental part is focused on the study of the occurrence of Little cherry virus 1 (LChV-1) in a collection of 40 samples of apricot (Prunus armeniaca L.) from 4 different locations from South Moravia using a two pairs of primers. The virus was detected with a frequency of the occurrence 37,5 % at three locations out of four. Subsequently , it was obtained partial sequences of the open reading frame 8 (ORF8) and the coat protein selected isolates of LChV-1. The phylogenetic analysis did not prove any geographical or host specificity of LChV-1 isolates.
Klíčová slova
Little cherry virus 1, Little cherry disease, Prunus armeniaca L., četnost výskytu, genetická variabilita
Klíčová slova v angličtině
Little cherry virus 1, Little cherry disease, Prunus armeniaca L., frequency of appearance, genetic variability
Zásady pro vypracování
1. Vypracování rešerše, shrnující aktuální poznatky o hostitelském okruhu, výskytu a genetické variabilitě původců choroby maloplodosti třešní.
2. Izolace RNA, detekce viru pomocí RT-PCR a elektroforetické separace, sekvenování PCR produktů, bioinformatická analýza.
3. Skríning výskytu LChV1 v kulturním patosystému s důrazem na P. armeniaca srovnání používaných detekčních metod. Molekulární charakteristika detekovaných izolátů.
Zásady pro vypracování
1. Vypracování rešerše, shrnující aktuální poznatky o hostitelském okruhu, výskytu a genetické variabilitě původců choroby maloplodosti třešní.
2. Izolace RNA, detekce viru pomocí RT-PCR a elektroforetické separace, sekvenování PCR produktů, bioinformatická analýza.
3. Skríning výskytu LChV1 v kulturním patosystému s důrazem na P. armeniaca srovnání používaných detekčních metod. Molekulární charakteristika detekovaných izolátů.
Seznam doporučené literatury
Šafářová D., Faure C., Candresse T., Navrátil M., Nečas T., Marais A. (2017) First report of Little cherry virus 1 infecting apricot in the Czech Republic. Plant Disease 101 (5): 845-846.
Rott M. E., Jelkmann W. (2001) Detection and Partial Characterization of a Second Closterovirus Associated with Little Cherry Disease, Little cherry virus-2. Phytopathology 91 (3): 261-267.
Rubio M., MartínezGómez P., Marais A., SánchezNavarro J.A., Pallás V., Candresse T. (2017) Recent advances and prospects in Prunus virology. Annals of Applied Biology 171 (2): 125-138.
Glasa M., Benedikova D., Predajňa L. (2015) First report of Little cherry virus-1 in Slovakia. Journal of Plant Pathology 97(3):542.
Wang J., Zhu D., Tan Y., Zong X., Wei H., Hammond R.W., Liu Q. (2016) Complete nucleotide sequence of little cherry virus 1 (LChV-1) infecting sweet cherry in China. Archives of Virology 161(3): 749-753.
Seznam doporučené literatury
Šafářová D., Faure C., Candresse T., Navrátil M., Nečas T., Marais A. (2017) First report of Little cherry virus 1 infecting apricot in the Czech Republic. Plant Disease 101 (5): 845-846.
Rott M. E., Jelkmann W. (2001) Detection and Partial Characterization of a Second Closterovirus Associated with Little Cherry Disease, Little cherry virus-2. Phytopathology 91 (3): 261-267.
Rubio M., MartínezGómez P., Marais A., SánchezNavarro J.A., Pallás V., Candresse T. (2017) Recent advances and prospects in Prunus virology. Annals of Applied Biology 171 (2): 125-138.
Glasa M., Benedikova D., Predajňa L. (2015) First report of Little cherry virus-1 in Slovakia. Journal of Plant Pathology 97(3):542.
Wang J., Zhu D., Tan Y., Zong X., Wei H., Hammond R.W., Liu Q. (2016) Complete nucleotide sequence of little cherry virus 1 (LChV-1) infecting sweet cherry in China. Archives of Virology 161(3): 749-753.
Přílohy volně vložené
1 CD ROM
Přílohy vázané v práci
-
Převzato z knihovny
Ano
Plný text práce
Přílohy
Posudek(y) oponenta
Hodnocení vedoucího
Záznam průběhu obhajoby
Obhajobu bakalářské práce studentky Kateřiny Neumanové zahájil prof. RNDr. Zdeněk Dvořák, DrSc. et Ph.D. Studentka seznámila komisi s hlavními částmi a výsledky své práce. Následovalo přečtení posudku vedoucí práce Mgr. Dany Šafářové, Ph.D. a oponentky Mgr. Veroniky Ševčíkové.
Studentka pak reagovala na připomínky a dotazy.
Prezentace studentky obsahovala tato témata:
- Little cherry virus 1 - charakteristika, systematické zařazení, patogenita, hostitelé
- Experimentální materiál a jeho sběr v terénu
- Laboratorní provedení experimentální části práce
- Bioinformatická analýza dat a fylogenetické výstupy
V rozpravě byly uvedeny následující připomínky či nastoleny tyto problémy:
- Struktura kapitoly 3.3
- Citace literatury chybějící v textové části, ale obsažené v seznamu literatury
- Výběr lokalit sběru na jižní Moravě, kritéria výběru
- Nespecifický produkt PCR s primery navrženými Glasa a kol.
- Skríning dalších virů napadajících meruňky
- Použití pozitivní kontroly při testování negativity vzorků
- Termíny "kulturní" a "planý" patosystém meruněk
- Šíření Little cherry virus 1 mezi stromy resp. mezi lokalitami
Studentka na dotazy položené oponentkou práce a členy komise reagovala pohotově, věcně, se znalostí problematiky.