Pachycladon exilis je mesopolyploidní druh endemický na Novém Zélandě, který vznikl z allopolyploidního předka před asi 2 miliony let. V rámci diplomové práce byla provedena komparativní analýza P. exilis s Arabidopsis lyrata, byly porovnávány subgenomu v rámci P. exilis a následně provedena komparativní analýza se sestaveným transkriptomem Crucihimalaya himalaica. Podařilo se vytvořit metodiku pro identifikaci kandidátních subgenomů P. exilis a jejich přiřazení k rodičovským genomům.
Annotation in English
Pachycladon exilis is a mesopolyploid species, endemic in New Zealand with an allopolyploid origin. This diploma thesis focuses on a comparative analysis of P. exilis and Arabidopsis lyrata, a comparison of P. exilis subgenomes and comparative analysis with Crucihimalaya himalaica. The thesis provide a methodology for identification of candidate subgenomes of P. exilis and their assignment to a potential evolutionary parental genomes.
Pachycladon exilis je mesopolyploidní druh endemický na Novém Zélandě, který vznikl z allopolyploidního předka před asi 2 miliony let. V rámci diplomové práce byla provedena komparativní analýza P. exilis s Arabidopsis lyrata, byly porovnávány subgenomu v rámci P. exilis a následně provedena komparativní analýza se sestaveným transkriptomem Crucihimalaya himalaica. Podařilo se vytvořit metodiku pro identifikaci kandidátních subgenomů P. exilis a jejich přiřazení k rodičovským genomům.
Annotation in English
Pachycladon exilis is a mesopolyploid species, endemic in New Zealand with an allopolyploid origin. This diploma thesis focuses on a comparative analysis of P. exilis and Arabidopsis lyrata, a comparison of P. exilis subgenomes and comparative analysis with Crucihimalaya himalaica. The thesis provide a methodology for identification of candidate subgenomes of P. exilis and their assignment to a potential evolutionary parental genomes.
1) Vypracování literární rešerše na téma evoluce genomu v kontextu polyploidie, sestavování genomické sekvence a komparativní analýza.
2) Porovnání genových oblastí dvou subgenomů P. exilis.
3) Provedení srovnávací analýzy s genomy Arabidopsis lyrata a Crucihimalaya himalaica.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie (http://biochemie.upol.cz/index.php/cs/studium/zaverecne-prace).
Práce bude odevzdána na sekretariátě Katedry biochemie ve dvou svázaných výtiscích obsahujících CD s elektronickou verzí závěrečné práce, a to v řádném termínu uvedeném v harmonogramu Katedry biochemie.
Student je povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení
Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Research Plan
1) Vypracování literární rešerše na téma evoluce genomu v kontextu polyploidie, sestavování genomické sekvence a komparativní analýza.
2) Porovnání genových oblastí dvou subgenomů P. exilis.
3) Provedení srovnávací analýzy s genomy Arabidopsis lyrata a Crucihimalaya himalaica.
Závěrečná práce bude vypracována v souladu s doporučeným stylem pro závěrečné práce na oboru Biochemie PřF UP uvedeným na webové stránce Katedry biochemie (http://biochemie.upol.cz/index.php/cs/studium/zaverecne-prace).
Práce bude odevzdána na sekretariátě Katedry biochemie ve dvou svázaných výtiscích obsahujících CD s elektronickou verzí závěrečné práce, a to v řádném termínu uvedeném v harmonogramu Katedry biochemie.
Student je povinen vložit ekvivalentní elektronickou podobu závěrečné práce do systému STAG a doplnit povinné údaje o své práci (viz Opatření děkana Přírodovědecké fakulty UP v Olomouci k provedení některých ustanovení
Studijního a zkušebního řádu UP v Olomouci a Rigorózního řádu UP v Olomouci).
Recommended resources
1) Nagarajan N, Pop M. (2013) Sequence assembly demystified. Nat Rev Genet. 14(3):157-67
2) Mudge JM, Harrow J. (2016) The state of play in higher eukaryote gene annotation. Nat Rev Genet. 17(12):758-772
3) Renny-Byfield S, Wendel JF. (2014) Doubling down on genomes: polyploidy and crop plants. Am J Bot. 101(10):1711-25.
4) další práce publikované v odborných periodikách
Recommended resources
1) Nagarajan N, Pop M. (2013) Sequence assembly demystified. Nat Rev Genet. 14(3):157-67
2) Mudge JM, Harrow J. (2016) The state of play in higher eukaryote gene annotation. Nat Rev Genet. 17(12):758-772
3) Renny-Byfield S, Wendel JF. (2014) Doubling down on genomes: polyploidy and crop plants. Am J Bot. 101(10):1711-25.
4) další práce publikované v odborných periodikách
Týká se praxe
No
Enclosed appendices
-
Appendices bound in thesis
-
Taken from the library
Yes
Full text of the thesis
Appendices
Reviewer's report
Supervisor's report
Defence procedure record
V úvodu obhajoby předseda komise představil studentku. Pokračovalo se obhajobou diplomové práce s názvem Komparativní analýza subgenomů Pachycladon exilis. V práci byl analyzován genom novozélandské endemitní rostliny Pachycladon exilis. V genomu byly rozlišeny subgenomy. Srovnávací analýza zahrnovala rostliny Arabidopsis lyrata a Crucihimalaya himalaia. Na úvod byla zmíněna kontrola sestavení dat z genomového sekvencování, použit byl program BUSCO. Byly připraveny knihovny pro hodnocení anotace. Výsledkem byla genomová sekvence s anotovanými geny. Pro komparativní analýzy byl využit program MCScanX. Autorka představila grafické výstupy výsledků s Identifikací předpokládaných homologních chromosomových oblastí, odkazy na dva existující subgenomy. Komentován byl rozdíl mezi variantami genomu scaffold 13 a 51. Nalezeny byly sesterské geny, jedinečné a duplikované geny, pseudogeny. Pro komparativní analýzu byl k dispozici i transkriptom Crucihimalaya himalaica.
Následně byl přečten posudek vedoucího práce a oponentský posudek. Studentka zodpověděla úspěšně dotazy z posudku oponenta a dotazy členů komise:
1) Jaký je český ekvivalent anglického termínu "scaffold"?
2) Jak se dá vysvětlit existující příbuznost novozélandské a himalájské rostliny?
