|
Vyučující
|
-
Friedecký David, prof. RNDr. Ph.D.
-
Kvasnička Aleš, Mgr. Ph.D.
-
Kouřil Štěpán, Mgr. Ph.D.
-
Dobešová Dana, Mgr.
|
|
Obsah předmětu
|
Metabolomika a lipidomika představují zástupce tzv. omics metod, kde se uplatňuje kombinace separačních technik s hmotností spektrometrii pro studium komplexního profilu metabolitů(metabolomu) a lipidů (lipidom). Tyto metody našly široké uplatnění jednak v pochopení patobiochemických procesů a při hledání nových biomarkerů u studovaných onemocnění. Cvičení bude navazovat na teoretické znalosti získané v předmětu KBC/OM Omické metody v diagnostice a bude se sestávat z provedení celého metabolomického a lipidomického workflow na vybraných biologických vzorcích. Studenti budou detailně seznámeni s designem studie, přípravou vzorků, provedením samotné analýzy vzorků, procesování změřených záznamů z hmotnostní spektrometrie, transformací dat, statistickým vyhodnocením a s aplikací bioinformatických nástrojů. Nakonec studenti provedou rešerši na dané téma, aby zhodnotili přínos omických metod vzhledem ke známým informacím o daném onemocnění.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Laborování, Aktivizující práce ve skupinách
- Účast na výuce
- 52 hodin za semestr
- Domácí příprava na výuku
- 15 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem předmětu je prakticky seznámit studenty s metodami používanými v rámci metabolomiky a lipidomiky.
Studenti získají informace jak postupovat v rámci metabolických studií při přípravě vzorků, provedení samotné analýzy vzorků, procesování změřených záznamů z hmotnostní spektrometrie, transformací dat, statistickým vyhodnocením a s aplikací bioinformatických nástrojů.
|
|
Předpoklady
|
Student zná základní principy analytickách metod, jako jsou chromatografické metody a hmotnostní spektrometrie.
KBC/OM
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Analýza výkonů studenta, Písemný test
Písemné testy, vypracované protokoly.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Edited ByRon Wehrens, Reza Salek. Metabolomics, Practical Guide to Design and Analysis, 2019, eBook ISBN9781315370583.
-
Editors: Alessandra Sussulini. Metabolomics: From Fundamentals to Clinical Applications, 2017, ISBN: 978-3-319-47656-8.
-
Editors: Martin Giera. Clinical Metabolomics, Methods and Protocols, 2018, ISBN: 978-1-4939-7592-1.
-
Editors: Paul Wood. Lipidomics, 2017, ISBN: 978-1-4939-6946-3.
|