|
Vyučující
|
-
Krepl Miroslav, RNDr.
-
Berka Karel, doc. RNDr. Ph.D.
-
Kührová Petra, Mgr. Ph.D.
-
Zgarbová Marie, Mgr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Popis struktury biomolekul a jejich hierarchie, proteiny, nukleové kyseliny Ukládání struktury, formáty a její získávání experimentem - X-ray krystalografie, NMR, EM a další techniky Databáze PDB, NDB Ostatní databáze (CATH, SCOP, Drugbank) Vizualizace struktury, strukturní porovnávání Predikce struktury a funkce Kontrola kvality predikce, CASP Hledání léčiv - Docking, klastrování Výzvy strukturní bioinformatiky - membránové proteiny, nukleové kyseliny, predikce protein-proteinových interakcí
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Nácvik pohybových a pracovních dovedností
- Příprava na zkoušku
- 60 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Posluchači se seznámí se strukturní bioinformatikou - podskupinou bioinformatiky, která využívá znalosti struktury biomakromolekul ke studiu vztahu mezi strukturou biomakromolekul a jejich biologickou funkcí.
Definovat hlavní pojmy, popsat hlavní přístupy aplikované na strukturní bioinformatiku proteinů
|
|
Předpoklady
|
nespecifikováno
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška
Student musí prokázat schopnost diskutovat na téma zvolené zkoušejícím (2 otázky) a zároveň úspěšně vyřešit bioinformatickou úlohu podle prováděných cvičení.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Bourne P. & Helge W. (Eds.). (2003). Structural Bioinformatics. Wiley.
-
Eidhammer I., Jonassen I., & Taylor WR. (2004). Protein Bioinformatics - An Algorithmic Approach to Sequence and Structure Analysis. Wiley.
-
Leach AR. (2001). Molecular Modelling - Principles and Applications (2 edition). Pearson Education.
-
Orengo CA., Jones DT., Thornton JM. (Eds.). (2003). Bioinformatics - Genes, Proteins and Computers. Bios Scientific Publishers Ltd.
-
Voet D. & Voet JG. (2004). Biochemistry (3rd edition). Wiley.
-
Zvelebil, M. & Baum, J. (2007). Understanding Bioinformatics. Garland Science.
|