|
Vyučující
|
-
Bělíček Jakub, Mgr.
-
Hájek Libor, Ing.
-
Kryštof Vladimír, prof. RNDr. Ph.D.
|
|
Obsah předmětu
|
Práce s odbornou literaturou. Obecné bibliografické databáze (Pubmed, Web of Science, EBSCO, ProQuest, atd). Plnotextové databáze obecné a vydavatelské. Biotechnologické a medicínské databáze (NCBI, ExPASy, EMBL-EBI, HGNC). Sekvenční a strukturní databáze. Srovnávání sekvencí nukleových kyselin a proteinů. Vyhledávání genů. Funkční genomika. Klasifikace proteinů a proteomika. Posttranslační modifikace proteinů. Fylogenetické studie a srovnávací genomika.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
|
Přednášení, Metody práce s textem (učebnicí, knihou), Demonstrace, Laborování
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem předmětu je naučit studenty efektivně vyhledávat, hodnotit a využívat informační zdroje v biologii a medicíně, včetně databází vědecké literatury, patentů, chemických sloučenin a bioinformatických databází.
Student umí efektivně vyhledávat odborné články v databázích (PubMed, Web of Science, Scopus), orientuje se v patentových databázích (Espacenet, WIPO, USPTO), ovládá vyhledávání informací o chemických látkách (Reaxys, PubChem, ChEMBL), je schopen využívat bioinformatické databáze (PDB, UniProt, Ensembl) pro vlastní práci, provádí základní analýzy genových sekvencí (alignment, tvorba fylogenetických stromů), dokáže navrhnout primery pro PCR a provést teoretickou přípravu klonování DNA, umí citovat a správně pracovat s odbornou literaturou.
|
|
Předpoklady
|
Základní znalosti biologie a chemie odpovídající bakalářskému stupni. Základní práce s počítačem a internetem.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Písemná zkouška, Seminární práce
100%-ní účast na seminářích, 80% úspěšnost u písemného testu
|
|
Doporučená literatura
|
-
Baxevanis AD, Ouellette BFF. (2004). Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. WileyBlackwell; 3rd Edition edition.
-
Bishop, M.J. (1999). Genetics Databases. Academic Press.
-
Claverie, J.M. (2006). Bioinformatics for Dummies. John Wiley & Sons; 2nd Edition edition.
-
Sadek, H.A. (2006). Bioinformatics: Principles and Basic Internet Applications. Trafford Publishing.
|