1. Biologické vlastnosti a funkce nukleových kyselin. Centrální dogma, transkripce a translace. Struktura genů. Regulace genové exprese, regulace transkripce a translace, epigenetika, princip fungování miRNA, siRNA. Genomika a její metodiky. Blotovací techniky. 2. Enzymy. Popis, vlastnosti, třídy enzymů, enzymová kinetika, aktivátory a inhibitory. Interakce proteinů s malými molekulami. IC50. Enzymové eseje. 3. Proteomika. Definice proteomu, vztah mezi expresí genů a proteomem, metody využívané v proteomice: Izolace proteinů a jejich charakterizace (elektroforetické metody 1D, 2D, HPLC, SILAC, afinitní chromatografie, Western blot, hmotnostní spektroskopie - MALDI, ESI - ionizace, analýza, detekce). 4. Vysokokapacitní screening léčiv, knihovny látek, jejich typy. Kombinatoriální přístup k organické syntéze. Vývoj léčiv (historický souhrn ? od tradiční medicíny po racionální design nových léčiv). 5. Vztah mezi strukturou a aktivitou malých molekul, jeho kvantifikace, předpovědi vlastností nových sloučenin. Molekulární modelování. Deskriptory. Bioisostery. QSAR. Fyzikální, chemické a biologické vlastnosti léčiv. Lipinského pravidla, lipofilicita vs. hydrofilicita, ADME-TOX vlastnosti a jejich předpovědi in silico. 6. Cíle léčby na molekulární úrovni. Proteiny, enzymy, receptory, signální dráhy. Vazba ligandu na cíl - fyzikální podstata (entropický a enthalpický příspěvek). Antigeny a protilátky. 7. Využití fluorescence a luminiscence v chemické biologii. Princip fluorescence, vlastnosti fluorescenčních látek a jejich kvantifikace. Fluorescenční proteiny a nukleosidy. Genové reportéry, luminiscenční technologie v mapování buněčných drah. 8. Bioortogonální reakce a jejich využití. Click reakce s využitím katalyzátoru a bez katalyzátoru. Další příklady cykloadičních reakcí kompatibilních s živým organizmem. Principy, stereochemie. 9. Metody pro chemickou biologii. Aptamery a jejich selekce. DNA-kódované chemické knihovny (DEL). Dvouhybridový systém. ChIP. 10. Metody pro studium interakce mezi ligandy a jejich proteinovými cíli - ITC, SPR, DSF, anisotropie fluorescence. 11. Metody pro specifické štěpení DNA sekvencí a jejich požití.
|