Obsah genomových projektů. Sekvenování genomů prokaryot. Sekvenování genomů eukaryot - Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, Triticum aestivum, Homo sapiens. Databáze sekvencí DNA. Genetické mapování. Mapovací populace. Molekulární markery, jejich typy a příprava. Strategie mapování. Genetické mapy, jejich konstrukce. Knihovny DNA, jejich typy a konstrukce. Fyzické mapování. Metody používané při fyzickém mapování, "fingerprinting". Integrace fyzických a genetických map. Poziční klonování genů, "chromosome walking". Strategie sekvenování DNA ("shotgun", "clone-by-clone", redukční strategie). Anotace sekvencí DNA. Funkční anotace a zařazování genů do rodin. Polymorfismus DNA. SNPs ("single nucleotide polymorphisms") a jejich využití pro "genotyping". Komparativní genomika. Genová exprese a transkriptom. Knihovny cDNA, ESTs ("expressed sequence tags"), DNA arrays a DNA čipy, jejich příprava a využití. Určování funkce genů. Metody funkční genomiky - saturační přímá genetika, vysoko-kapacitní reverzní genetika.
|
-
Birren a kol. (1997). Genome analysis - Mapping Genomes. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York.
-
Brdička, R. Lidský genom na rozhraní tisíciletí. Grada Publishing, Praha, 2001.
-
Cantor, C.R., Smith, C.L. Genomics: The Science and Technology Behind the Human Genome Project, John Wiley and Sons, New York, 1999..
-
Cullis, C.A. Plant Genomics and Proteomics. John Wiley and Sons. Inc., New York, 2004.
-
Gibson, G., Muse, V.S. (2004). A Primer of Genome Science. Sinauer Associates, Inc., Sunderland.
-
Hunt, S. P., Livesey, F. Functional Genomics: A Practical Approach. Oxford University Press, Oxford, 2000..
-
Meksem, K., Kahl, G. (2005). The Handbook of Plant Genome Mapping. Wiley-VCH Verlag, Weinheim.
-
Primrose, S.B. Principles of Genome Analysis: A guide to mapping and sequencing DNA from different organisms. Blackwell Science Inc., 1998..
-
Rashidi, H.H., Buehler, L.K. Bioinformatics Basics. CRC Press, Boca Raton, 2000..
|