|
Vyučující
|
-
Lenobel René, Mgr. Ph.D.
-
Chamrád Ivo, Mgr. Ph.D.
-
Simerský Radim, Mgr. Ph.D.
-
Zemánková Natálie, Mgr.
|
|
Obsah předmětu
|
1. Extrakce rozpustné frakce proteinů z biologického materiálu. 1D nebo 2D elektroforéza. Barvení gelu Commassi Briliant Blue. 2. Izolace proteinových spotů z gelu. Štěpení vybraných proteinů pomocí trypsinu popřípadě i jiných enzymů (např. chymotrypsin) v gelu ("In-gel digestion"). Extrakce naštípaných peptidů z gelu. 3. Příprava extraktů pro analýzu LC-MS. LC-MS analýza extrahovaných peptidů, zpracování MS dat pomocí softwaru Mascot Distiller a identifikace proteinu pomocí veřejně přístupné datatáze MASCOT.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Laborování
- Domácí příprava na výuku
- 1 hodina za semestr
- Účast na výuce
- 20 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Praktické zvládnutí vybraných metod používaných v proteomice.
Po absolvování kurzu by student měl být schopen: - aplikovat použití základních proteomických metod v analýze proteinů - analyzovat získané výsledky (identifikace proteinů, určení molekulové hmotnosti, studium post-translačních modifikací proteinů a další) - zpracovat protokolu o provedené práci a diskutovat získané výsledky
|
|
Předpoklady
|
Základní zkušenosti s prací v laboratoři, absolvování přednášek z proteomiky.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Písemná zkouška
100% účast, dokončení experimentů
|
|
Doporučená literatura
|
-
Keough T., Lacey M. P., Youngquist R. S. (2000). Derivatization procedures to facilitate de novo sequencing of lysine-terminated tryptic peptides using postsource decay matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry, Rapid Communication. Mass Spectrom. 14.
-
Keough T., Youngquist R. S., Lacey M. P. (1999). A method for high-sensitivity peptide sequencing using postsource decay matrix-assisted laser desorption ionization mass spektrometry. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96.
-
Marekov L. N., Steinert P. M. (2003). Charge derivatization by 4-sulfophenyl isothiocyanate enhances peptide sequencing by post-source decay matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. J. Mass Spectrom. 38.
-
Pingoud A., Urbanke C., Hoggett J., Jeltsch A. (2002). Biochemical methods: A concise guide for students and researchers. Wiley-VCH Verlag GmbH, Weinheim, Germany.
-
Wang D., Kalb S. R., Cotter R. J. (2004). Improved procedures for N-terminal sulfonation of peptides for matrix-assisted laser desorption/ionization post-source decay peptide sequencing, Rapid Communication. Mass Spectrom. 18.
-
Westermeier, R., Naven, T. (2002). Proteomics in practice. A laboratory manual of proteome analysis.. Wiley-VCH, Weinheim, Germany.
-
Winter M., Sherman N. E. (2000). Protein sequencing and identification using tandem mass spectrometry. John Wiley & Sons, Inc., New York, NY, USA.
|