| Název předmětu | Molekulové modelování |
|---|---|
| Kód předmětu | KFC/PGSMM |
| Organizační forma výuky | Konzultace |
| Úroveň předmětu | Doktorský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Semestr | Zimní a letní |
| Počet ECTS kreditů | 20 |
| Vyučovací jazyk | Čeština, Angličtina |
| Statut předmětu | Povinně-volitelný |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
1. popis molekuly v souřadném systému, kartézské a vnitřní souřadnice, možnosti konverze, běžné typy datových souborů a jejich formáty, zobrazení molekuly, různé typy zobrazení molekul, povrchy molekul atp. 2. molekulová mechanika, silové pole a jeho jednotlivé příspěvky; problémy elektrostatických a van der Waalsových příspěvků, možnosti a aplikace MM 3. klasická molekulová dynamika, simulační protokoly, praktické možnosti nasazení metody, limitace 4. hyperplocha potenciální energie, metody procházení energetických hyperploch, konformační prohledávání 5. počítačové simulace, výpočet termodynamických funkcí, praktické aspekty simulací, periodické boxy, dlouhodosahové síly 6. Solvent 7. QM/MM metody
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
Monologická (výklad, přednáška, instruktáž)
|
| Výstupy z učení |
|
Cílem přednášky je seznámit studenty s moderním molekulovým modelováním.
Hodnotit konkrétní metody a postupy, vysvětlit výsledky získané metodami molekulového modelování |
| Předpoklady |
|
nespecifikováno
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Ústní zkouška
|
| Doporučená literatura |
|
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr |
|---|