| Název předmětu | Pokročilý oborový seminář 2 |
|---|---|
| Kód předmětu | KEB/POSE2 |
| Organizační forma výuky | Seminář |
| Úroveň předmětu | Magisterský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Semestr | Letní |
| Počet ECTS kreditů | 1 |
| Vyučovací jazyk | Čeština |
| Statut předmětu | Povinný |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
Popis 3D struktury molekul a biomakromolekul, souřadnicový systém, formáty datových souborů, typy zobrazení jednotlivých charakteristik molekul. Databáze struktur biomolekul (PDB/NDB, PDBsum), práce se software pro zobrazení a editaci molekul (PyMOL, COOT a Chimera), vyhledávání strukturních motivů biomolekul, povrchu, dutin, tunelů, strukturní alignment a porovnávání. Molekulová mechanika, působení silového pole (deformace vazeb a úhlů) a jeho aplikace pro přípravu struktur k modelování, simulacím, běžná silová pole pro studium biomolekul, hyperplocha potenciální energie, konformace molekul a jejich potenciální energie. Struktura proteinů a její klíčové charakteristiky pro in silico modelování (ionizace aminokyselinových residuí, sekundární, terciární a vyšší struktury proteinů, folding proteinů, predikce 3D struktury a využití homologního modelování a AI AlphaFold. Struktura nukleových kyselin a její klíčové charakteristiky pro in silico modelování, predikce 3D struktury a vyšších struktur RNA. Molekulová dynamika, popis a modelování inter-a intra-molekulárních interakcí biomakromolekul, konfigurace a popis vazby nízkomolekulárních ligandů v biomolekulách, simulace vlivu teploty, solventu, využití pro analýzu stability vazby. Molekulové dokování definice, hardwarové a softwarové požadavky a přístupy, příprava ligandu a biomolekuly (cíle), simulace možných orientací, skórovací funkce, rigidní a flexibilní dokování, využití kvantových výpočetních přístupů. Využití modelů k vývoji nových ligandů (léčiv) - (Q)SAR, vztah mezi strukturou a aktivitou látek, porovnání modelů s reálným experimentem. Enzymová kinetika, výpočty hodnot Km a Vmax, typy inhibic, výpočty Kd, energetika interakcí (?H a ?G).
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
| Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming), Demonstrace, Aktivizující (simulace, hry, dramatizace) |
| Výstupy z učení |
|
Cílem je osvojení si práce s databázemi a softwarem pro vizualizaci a modelování 3D struktur.
Studenti získají praktické zkušenosti s molekulovým dokováním, molekulovou dynamikou a analýzou interakcí biomakromolekul, což jim umožní aplikovat tyto metody v oblasti in silico modelování, predikce struktur a vývoje nových ligandů. |
| Předpoklady |
|
nespecifikováno
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
nespecifikováno
|
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr | |
|---|---|---|---|---|
| Fakulta: Přírodovědecká fakulta | Studijní plán (Verze): Strukturní biologie (2026) | Kategorie: Biologické obory | 1 | Doporučený ročník:1, Doporučený semestr: Letní |