| Název předmětu | Praktická bioinformatika |
|---|---|
| Kód předmětu | KBC/PGPB |
| Organizační forma výuky | Konzultace |
| Úroveň předmětu | Doktorský |
| Rok studia | nespecifikován |
| Semestr | Zimní a letní |
| Počet ECTS kreditů | 5 |
| Vyučovací jazyk | Čeština, Angličtina |
| Statut předmětu | nespecifikováno |
| Způsob výuky | Kontaktní |
| Studijní praxe | Nejedná se o pracovní stáž |
| Doporučené volitelné součásti programu | Není |
| Vyučující |
|---|
|
| Obsah předmětu |
|
Biologické databáze - databáze sekvencí; specializované databáze biomolekul (např. proteolytické enzymy, restrikční endonukleasy); formáty dat v databázích; získávání informací z biologických databází; příprava vlastních databází. Práce se sekvencemi proteinů a nukleových kyselin - predikce prostorové struktury, vlastností a funkce biomolekul na základě sekvence; mnohočetné přiřazení sekvencí; sekvenční logo; predikce genových intronů a nukleotidových polymorfismů. Molekulová fylogenetika - genové ortology a paralogy; konstrukce fylogenetických stromů - vzdálenostní a znakové metody, software pro fylogenetiku; vizualizace fylogenetických stromů. Genomika a proteomika - skládání genomových sekvencí; funkční genomika; identifikace a kvantifikace proteinů ve vzorku; analýza a predikce posttranslačních modifikací a protein-proteinových interakcí. Glykomika - struktura a diverzita sacharidů; databáze sacharidů a glykoenzymů; experimentální analýza glykanů a glykoproteinů, software pro predikci glykosylace a interpretaci glykomických dat; interakce protein-sacharid a její analýza. Další témata pro bioinformatiku v biochemii - analýza obrazu (elektroforéza); analýza dat ze spojení chromatografie a hmotnostní spektrometrie; manuální interpretace tandemových hmotnostních spekter peptidů a oligonukleotidů; analýza dat z měření enzymové kinetiky; MALDI hmotnostní spektrometrie mikroorganismů a její využití pro fylogenetiku.
|
| Studijní aktivity a metody výuky |
| Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming) |
| Výstupy z učení |
|
Biologické databáze, práce se sekvencemi proteinů a nukleových kyselin, molekulová fylogenetika, genomika a proteomika, glykomika, další témata pro bioinformatiku v biochemii.
|
| Předpoklady |
|
Úspěšně absolvované bakalářské a magisterské studium oboru biochemie.
|
| Hodnoticí metody a kritéria |
|
Ústní zkouška
Komise - zkouška - úspěšné zvládnutí odpovědí na tři širší otázky. |
| Doporučená literatura |
|
| Studijní plány, ve kterých se předmět nachází |
| Fakulta | Studijní plán (Verze) | Kategorie studijního oboru/specializace | Doporučený semestr |
|---|