|
Vyučující
|
-
Doležel Jaroslav, prof. Ing. DrSc.
|
|
Obsah předmětu
|
Klasifikace cytometrických technik, kvantitativní charakterizace buněk a zobrazovací cytometrie. Principy laminárního proudění, unášecí tekutina, hydrodynamická a akustická fokusace, mikrofluidika na čipu. Zdroje excitačního světla, optické filtry, detektory rozptylu a fluorescence, prostorová separace laserů. Fotodiody, fotonásobiče, parametry světelného pulzu, identifikace dubletů, digitalizace dat a datové formáty. Fluorescence, Stokesův posun, kompenzace fluorescence a spektrální cytometrie (spectral unmixing). Principy a módy třídění buněk, čistota, výtěžek, třídění spermií a purifikace chromozomů. Analýza protoplastů, životnost buněk, reportérové geny, somatická hybridizace a studium chloroplastů. Izolace jader, DNA fluorochromy, standardizace měření obsahu DNA a třídění chromozomů pro genomiku. Analýza fytoplanktonu, fytopatologie, technologie Luminex a multiplexní analýzy, diagnostika apoptózy. Imunofenotypizace, CD nomenklatura, měření fyziologických parametrů, hmotnostní cytometrie, in vivo průtoková cytometrie a fotoakustický jev.
|
|
Studijní aktivity a metody výuky
|
Přednášení, Monologická (výklad, přednáška, instruktáž), Dialogická (diskuze, rozhovor, brainstorming)
- Účast na výuce
- 12 hodin za semestr
- Domácí příprava na výuku
- 12 hodin za semestr
|
|
Výstupy z učení
|
Cílem předmětu je poskytnout studentům ucelený přehled o fyzikálních, optických a technologických principech průtokové, spektrální a hmotnostní cytometrie včetně pokročilých technik třídění buněk a chromozomů. Absolventi porozumí procesům detekce signálu a zpracování dat a získají schopnost kriticky volit a aplikovat cytometrické metody v rostlinné biologii, ekologii, biotechnologiích i biomedicínském výzkumu.
Po absolvování kurzu je student schopen: - Vysvětlit fyzikální a technické principy fluidiky, optické dráhy, detekce signálu a digitalizace dat v cytometrii. - Porovnat principy klasické kompenzace fluorescence s procesem "spectral unmixing" u spektrální cytometrie. - Popsat mechanismy, módy a kritické parametry třídění buněk (cell sorting) a chromozomů. - Charakterizovat metodické postupy analýzy jaderné DNA, stanovení velikosti genomu a analýzy buněčného cyklu u rostlinných i živočišných modelů. - Zvolit adekvátní cytometrické fluorochromové značení a metody pro řešení specifických otázek v ekologii, fytopatologii a biomedicíně. - Interpretovat vícerozměrná cytometrická data a standardizovat proces měření. - Kriticky zhodnotit vědecké články využívající cytometrické a třídicí techniky.
|
|
Předpoklady
|
Předpokladem pro studium je základní znalost buněčné biologie, genetiky a optických principů mikroskopie, doplněná o praktické dovednosti práce v laboratoři.
|
|
Hodnoticí metody a kritéria
|
Ústní zkouška
Aktivní zapojení do výuky a úspěšné absolvování ústního kolokvia.
|
|
Doporučená literatura
|
-
Darzynkiewicz, Z., Crissman, H.A. (1990). Methods In Cell Biology: Flow Cytometry. San Diego.
-
DARZYNKIEWICZ, Z., CRISSMAN, H.A., ROBINSON, J.P. (2000). Methods in Cell Biology: Cytometry, 3rd Edition. San Diego.
-
DOLEŽEL, J., GREILHUBER, J., SUDA, J. (2007). Cytometry with Plant Cells. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA.
-
Eckschlager, T. a kolektiv. (1999). Průtoková cytometrie v klinické praxi. Praha.
-
Robinson, J.P., Darzynkiewicz, Z. (1997). Current Protocols in Cytometry. New York.
-
Shapiro, H.M. (2003). Practical Flow Cytometry, 4th Edition. John Wiley and Sons, Inc., New York.
|